Nuovo Virus Cinese

[burian br]

@Perlecano @burian br @barry @snowaholic @jack9

Il seguente articolo è opera di soggetto ultraspecializzato. Non le solite robe da 2 lire che si leggono in giro nei blog e sui giornali o peggio in tv.

COVID lessons I have learned in 2021 – la bottega

alcuni estratti per me più importanti:

All of the most important variants – certainly all of those who became dominant – have not developed linearly from each other. Delta did not arise from Alpha and Omicron did not arise from Delta (or Beta). That was not a predictable development by any means but it does carry some important implications in terms of vaccinology. We knew Delta had acquired some decent properties of immune escape towards all the vaccines and in the Autumn of 2021 most scientists would have welcomed a vaccine update based on Delta’s Spike sequence, based on the assumption that any future variant would have evolved on Delta’s backbone. However, given how omicron evolved, it is now reasonable to assume that a Delta specific vaccine would not have helped towards omicron – in fact, it is even possible to speculate the opposite: a Delta specific vaccine may confer less protection toward omicron than the vaccines currently available!

The first variants (Alpha, Delta) were selected against a very different landscape. Pressure for those was linked to their sheer contagious ability, not on immune escape. Omicron (with Lambda and Beta) on the other hand evolved in a different setting in which pressure was mostly towards immune evasion. Some had proposed that Delta represented “peak fitness” of the virus (Burioni et al) but, as population geneticists know well, it is not appropriate to talk about peak fitness when the fitness landscape changes continuously. What should we expect then? Given that immunity seems to be extremely short lasted, we should expect a continuous change of fitness landscape that will select new escape variants.

We should certainly expect that the virus now has a much larger evolutionary pressure towards immune escape and the evanescent nature of immune protection, with waining manifesting itself after a few weeks, creates perfect conditions for further selection.

I would also command extreme caution towards the idea that the evolutionary landscape is restricted to ACE2 binding. We have multiple solid evidence of co-receptors and/or alternative receptors involved in cell entry of Sars-Cov-2 and we do know that other beta-coronaviruses do not use ACE2 at all (MERS-CoV, for instance, uses DPP4 as its main receptor). The unprecedented evolutionary pressure toward Spike implies that tropism could change and, with it, the disease profile (including symptomatology and the age/severity profile). The remarkable number of residues changes in the RBD of omicron’s Spike is an alarming sign that this could happen.

One aspect of omicron’s severity was not discussed as required: omicron descends from the original strain and therefore its severity should be compared to the original strain, not to Delta. Is omicron’s virulence higher or lower than the original Wuhan strain? Alpha doubled the risk of hospitalization compared to the original strain and Delta doubled the risk of hospitalization compared to Alpha. Omicron has evolved from the original strain, not from Delta, so the narrative of the virus getting milder is rather unsupported if we compare omicron severity to Delta’s severity.

Mio pensiero:
per me ha senso quest'anno programmare richiami ogni 4 mesi in attesa che (mi sbilancio: in un annetto) vengano risolti i problemi di cui all'articolo postato nella rincorsa alla variante. Gli studi ci sono e non sono in alto mare.

Nonostante le mazzate nell'articolo io tendo ad avere fiducia che il prossimo Natale non avremo questi pensieri.

Grazie Gianni, un articolo davvero illuminante e che offre spunti cui non avevo mai pensato!

La prima cosa che mi viene in mente è che effettivamente ha ragionissima quando scrive che non ha alcun senso parlare di virus che si è indebolito perchè la Omicron non deriva da Alfa e Delta! Al massimo va confrontata con il virus predecessore, rispetto al quale non saprei, tra vaccini e infezioni già avvenute, se sia effettivamente più grave.
E' un aspetto molto importante, perchè sarebbe come confrontare il regime di un sovrano con quello del re precedente, peccato che non essendo questo nuovo sovrano figlio del re precedente, e dunque formato su quelle basi, ogni confronto è improponibile.


C'è però una cosa che vorrei dire: è vero, tutte le varianti finora dominanti sono emerse da ceppi distinti, però non tutti così lontani.
La Alfa è cugina di primo grado della delta, entrambe nipoti del virus francese (il virus isolato in Francia a fine Febbraio 2020, che dalle analisi genomiche risultava originare anch'esso dalla famosa manager Webasto, ma giunto in Francia quasi subito, nei primi giorni, in un qualche modo).
La Omicron discende dal virus di Codogno, ed è cugina (lontana) della gamma.
Finora tutte le mutazioni che hanno dato origine a virus dominanti discendono sempre da quel virus cinese giunto a Monaco di Baviera il 20 Gennaio 2020.
Ha senso pensare che future varianti insorgeranno pertanto da questo ramo e da queste varianti (all'epoca erano varianti anche il virus italiano e il virus franco-americano), quindi creare vaccini multivalenti (contro tutte le varianti che hanno dominato) associati al vaccino classico che finora ci siamo inoculati in due o tre dosi è per me la strada da seguire.

[Cristian_Marchi]

Non è il vaccino ad essere una sega, è il virus che sta evolvendo molto più rapidamente di quanto si pensasse.
Ne sono stupito anch'io, ma non per i vaccini come detto ma per la capacità del virus di sovvertire così rapidamente le carte in tavola.



E' quello che dicevo stamattina anch'io a mio padre. Vedremo con il passare dei mesi che succederà all'immunità.
Bisogna puntare a vaccini multivalenti, questa è la soluzione per quanto mi riguarda, e dalle parole di Moderna pare che almeno loro ci stiano già lavorando.


No, non ci sono, anzi, il sistema immunitario è stimolato a fare qualcosa anzichè girarsi i pollici e magari disregolarsi (teoria dell'igiene, che correla l'incremento di patologie autoimmuni e allergie in Occidente al calo di infezioni contro cui il sistema immune deve combattere).
Aggiungo che tra un vaccino tipo Novavax e uno a mRNA non cambia la risposta immunitaria, che viene sempre e comunque stimolata. I vaccini classici forniscono sempre istruzioni, il principio è lo stesso, la differenza è il mezzo con cui avviene l'istruzione.

Comunque non vedo l'ora che si sapranno più dati sui vaccini proteici. Chissà se potranno essere la soluzione

[The Ramandolo Man]

Non è il vaccino ad essere una sega, è il virus che sta evolvendo molto più rapidamente di quanto si pensasse.
Ne sono stupito anch'io, ma non per i vaccini come detto ma per la capacità del virus di sovvertire così rapidamente le carte in tavola.

ma finirà mai di fare mutazioni che eludono i vaccini o sarà sempre capace di farlo in modo pericoloso ? certamente non mi riferisco al covid in particolare ma a cose simili che agiscono allo stesso modo

Cmq devono muovere le chiappe sul somministrare le dosi nelle regioni . non si puo' arrivare ad avere attese di mesi se la cosa è così . Io a fine novembre ero riuscito a prenotare ma per i primi di febbraio . poi andando a vedere nei giorni successivi ho trovato un posto a inizio gennaio . son sempre a 6 mesi dalla vaccinazione e vedendo la tabella dei dati non è che mi sento molto al sicuro essendo circondato a lavoro da idioti .

[Corry]

Si parlo sul serio, non mi sono più informato è non ho più letto qui, ho 1300 pagine arretrate, non credo mi metterò a leggerle! Ho sentito della omicron da un tg ad inizio dicembre!

Che invidia! Beato te che ci sei riuscito!

Comunque ti spiego io
Omicron è un virus artificiale immesso in circolazione dai Cinesi in combutta con le Bigfarma per rimediare a sta cazzzzata fatta con il Covid.
Questa variante è stata studiata per diventare prevalente al 100% e debellare gli altri ceppi. Rimane però una leggera pericolosità e una grandissima contagiosità in modo da arricchire le multinazionali senza sterminare l’umanità.

[burian br]

ma finirà mai di fare mutazioni che eludono i vaccini o sarà sempre capace di farlo in modo pericoloso ? certamente non mi riferisco al covid in particolare ma a cose simili che agiscono allo stesso modo

Il virus continuerà a mutare, e sembra essere bravo nel farlo rapidamente. Quindi sì, continuerà probabilmente a farlo, anche se non è detto che accadrà ogni 6 mesi, magari ogni N anni.
In parte ci siamo ritrovati scoperti perchè il vaccino è tarato sul virus di Wuhan, che ormai è molto lontano geneticamente (anche se è sempre valido), in parte perchè la variante è uscita letteralmente dal nulla per un buco di sequenziamento in Africa, dove si sequenzia zero.

[ale97]

Ah ecco, appena scritto la stessa cosa
Il gp serve a poco niente come contagi visto che la stragrande maggioranza avviene in ambito privato o nelle scuole under 6 senza mascherina


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Secondo me non proprio, i contagi avvengono in molti altri luoghi come ho spesso detto. Per questo penso che con la Delta un po' di influenza nella velocità di diffusione del.virus ce la potesse avere il gp, ora con Omicron molto meno finché non hanno praticamente tutti la terza dose.

In linea generale si, direi che serve molto piú per convincere i non vaccinati a farlo che come misura epidemiologica in sé, soprattutto al momento. Il problema é che temo che chi non si é vaccinato ora non lo farà o cercherà di non "cedere" in tutti i modi qualunque saranno le restrizioni e le conseguenze previste....per loro é quasi una questione di vita o di morte, sono davvero dei fanatici in tanti.
Anche se la.vera prova del nove sarebbe l'eventuale abolizione dell'uso del tampone per lavorare: peró chi anche qui decide di perdere il lavoro piuttosto che fare il vaccino beh, direi che si puó davvero valutare come "irrecuperabile"....

[verza81]

Secondo me non proprio, i contagi avvengono in molti altri luoghi come ho spesso detto. Per questo penso che con la Delta un po' di influenza nella velocità di diffusione del.virus ce la potesse avere il gp, ora con Omicron molto meno finché non hanno praticamente tutti la terza dose.

In linea generale si, direi che serve molto piú per convincere i non vaccinati a farlo che come misura epidemiologica in sé, soprattutto al momento. Il problema é che temo che chi non si é vaccinato ora non lo farà o cercherà di non "cedere" in tutti i modi qualunque saranno le restrizioni e le conseguenze previste....per loro é quasi una questione di vita o di morte, sono davvero dei fanatici in tanti.
Anche se la.vera prova del nove sarebbe l'eventuale abolizione dell'uso del tampone per lavorare: peró chi anche qui decide di perdere il lavoro piuttosto che fare il vaccino beh, direi che si puó davvero valutare come "irrecuperabile"....

Io ho sentito diversi novax che, se il gp fosse stato prorogato per lavorare anche nel 2022, se lo sarebbero fatto.
Poi come dicevo giustamente basterebbe mettere il supergp per lavorare, allora si che almeno un altro milione li recuperi
E come detto da jack mi pare, sarebbe da mettere anche per il rdc


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[The Ramandolo Man]

Il virus continuerà a mutare, e sembra essere bravo nel farlo rapidamente. Quindi sì, continuerà probabilmente a farlo, anche se non è detto che accadrà ogni 6 mesi, magari ogni N anni.
In parte ci siamo ritrovati scoperti perchè il vaccino è tarato sul virus di Wuhan, che ormai è molto lontano geneticamente (anche se è sempre valido), in parte perchè la variante è uscita letteralmente dal nulla per un buco di sequenziamento in Africa, dove si sequenzia zero.

Capito . Domandavo perché non ricordo chi in TV dei vari virologi diceva che il virus non muterà per sempre o almeno muterà ma gli effetti della mutazione non avrebbero comportato grossi problemi . Non so a quale decennio si riferisse a sto punto .

Adesso abbreviano la validità greenpass . Quasi conviene che ti fissano una data per il futuro richiamo subito ..

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[Cristian_Marchi]

Grazie Gianni, un articolo davvero illuminante e che offre spunti cui non avevo mai pensato!

La prima cosa che mi viene in mente è che effettivamente ha ragionissima quando scrive che non ha alcun senso parlare di virus che si è indebolito perchè la Omicron non deriva da Alfa e Delta! Al massimo va confrontata con il virus predecessore, rispetto al quale non saprei, tra vaccini e infezioni già avvenute, se sia effettivamente più grave.
E' un aspetto molto importante, perchè sarebbe come confrontare il regime di un sovrano con quello del re precedente, peccato che non essendo questo nuovo sovrano figlio del re precedente, e dunque formato su quelle basi, ogni confronto è improponibile.


C'è però una cosa che vorrei dire: è vero, tutte le varianti finora dominanti sono emerse da ceppi distinti, però non tutti così lontani.
La Alfa è cugina di primo grado della delta, entrambe nipoti del virus francese (il virus isolato in Francia a fine Febbraio 2020, che dalle analisi genomiche risultava originare anch'esso dalla famosa manager Webasto, ma giunto in Francia quasi subito, nei primi giorni, in un qualche modo).
La Omicron discende dal virus di Codogno, ed è cugina (lontana) della gamma.
Finora tutte le mutazioni che hanno dato origine a virus dominanti discendono sempre da quel virus cinese giunto a Monaco di Baviera il 20 Gennaio 2020.
Ha senso pensare che future varianti insorgeranno pertanto da questo ramo e da queste varianti (all'epoca erano varianti anche il virus italiano e il virus franco-americano), quindi creare vaccini multivalenti (contro tutte le varianti che hanno dominato) associati al vaccino classico che finora ci siamo inoculati in due o tre dosi è per me la strada da seguire.

Prima di tutto conviene vedere se i vaccini proteici sono efficaci contro tutte le varianti.
Secondo, se si devono aggiornare i vaccini a mRNA, si devono aggiornare PER TUTTE LE VARIANTI. Anche quelle che non si sono diffuse. In modo che se c'è una variante che discende da una piccola che non si è diffusa, sei molto più coperto

[burian br]

Eppure in Italia si ha la stessa pendenza che si ha in altri Paesi colpiti da Omicron, forse in Lombardia (quella in fase piú avanzata) anche superiore.

Naturalmente le disposizioni italiane riducono di per sé il rischio di contagio di determinate persona, ma il rovescio della medaglia é : quante di queste persone (considerando anche la lunga durata della quarantena) che hanno sintomi o sono contatti stretti evitano di sottoporsi a tampone o comunque di farlo presso strutture pubbliche in modo da essere "tracciati"?

Secondo me tantissimi. Credo ci siano anche in Germania e UK ovviamente, ma credo che le nostre modalità incentivino a farlo in misura molto maggiore.

Per me, da qualunque lato la si guardi, resta assurdo il metodo che richiede il tampone negativo per poter terminare l'isolamento.
Ricordo ancora bene che una persona dovette restare in isolamento per 3(o 6?) mesi l'anno scorso, ditemi voi se i costi sociali e psicologici non diventano maggiori dei rischi, dimostrati risibili da vari studi e dal fatto per cui la Germania in questi due anni non ha mica avuto chissà quali problemi in piú dell'Italia a causa di questa norma.

C'è un semplice motivo matematico per cui sembra non esserci effetto, ed è spiegabile col tasso di positività.
Se solo il 5-10% dei tamponi è risultato positivo in UK, ad esempio, da Giugno, ciò significa che il 90-95% è negativo:

UK: Share of COVID-19 tests that are positive - Our World in Data

Sì, ci sono tamponi falsi negativi, ma sono una netta minoranza in periodi in cui il Covid gira a medio-bassa circolazione, anche se prevalgono antigenici dalla specificità bassa.
Ergo, c'è un 90-95% di persone che, isolamento o non isolamento, non contagerebbe nessuno.

Questo significa, al tempo stesso, che quando la situazione si complica e il tasso di positività sale aumenterà il sommerso e il numero di persone che positive circoleranno per norme di isolamento che sono inadeguate in quel nuovo contesto.
Il fatto che sia l'UK sia la Germania abbiano visto i casi di delta aumentare quest'autunno a ritmo maggiore che in Italia potrebbe essere ascrivibile in parte anche a questo fenomeno.


A mio parere quelle norme risultano già inadeguate in USA e UK da una settimana (avere un tasso di positività del 25% su 100mila persone significa che i contatti stretti di 25mila persone- quante? 3 per ogni positivo? sono 75mila - possono andare in giro magari positivi a contagiare, non parliamo più di un 10% su 50mila, ovvero i contatti stretti di 5000 persone a mala pena, ovvero 15mila), e non mi stupirei se la Omicron si stesse diffondendo più velocemente lì che qui.
I dati però potrebbero risentire pesantemente della prevalenza delle terze dosi, che potrebbe fare da ostacolo alla diffusione.