Nuovo Virus Cinese

[Gianni78ba]

Secondo me va anche "capovolta" la narrativa giornalistica secondo la quale le "grandi ondate" generebbero "nuove varianti". Perché in realtà è esattamente l'opposto, le varianti di Sars-CoV2 che si sono rivelate competitive, affermandosi negli ultimi 2 anni e mezzo a livello globale, si sono generate in modo assolutamente casuale, da singole mutazioni di singoli virus in singoli pazienti, spesso in un momento di circolazione virale non particolarmente sostenuta e poi hanno provocato nuove grandi ondate a distanza di mesi, ad esempio:
il lignaggio delta si è verosimilmente sviluppato nel sub-continente indiano nell'autunno 2020 (la prima sequenza in GSAID è stata depositita a dicembre 2020), ma la fase di espansione epidemica è iniziata in febbraio-marzo 2021, il lignaggio omicron ha avuto origine (verosimilmente nell'Africa australe) tra la fine dell'estate e l'inizio dell'autunno 2021, ma è emerso solo con l'outbreak del Gauteng in pieno novembre 2021. Praticamente i due principali lignaggi epidemiologici sono nati in fasi di bassa/bassissima circolazione (apparente) di Sars-CoV2.

Da ormai più di un anno Sars-Cov2 circola massivamente nella popolazione mondiale al di fuori della Cina e in ogni momento può generarsi una variante più competitiva o clinicamente più patogena. Quello che preoccupa del caso cinese è la totale mancanza di trasparenza dei dati e, anche se i cinesi fanno tantissimi sequenziamenti, non avere adeguata contezza di cosa stia provocando gli attuali outbreak e quale sia il reale impatto clinico di questa circolazione...

Nella mia ipotesi mi ero effettivamente rifatto alla narrativa giornalistica che poi era quella dei virologi in TV.
Le tempistiche reali di delta e omicron nn le conoscevo

[galinsog@]

Nella mia ipotesi mi ero effettivamente rifatto alla narrativa giornalistica che poi era quella dei virologi in TV.
Le tempistiche reali di delta e omicron nn le conoscevo

Nella mia ipotesi mi ero effettivamente rifatto alla narrativa giornalistica che poi era quella dei virologi in TV.

Le tempistiche reali di delta e omicron nn le conoscevo

Sono andato a rivedermi i dati e mi devo correggere, il primo sequenziamento della variante delta (B.1.617.2) risale a fine ottobre 2020 e fu effettuato su un campione del virus proveniente dallo stato indiano del Maharashtra. La prima grande ondata epidemica di delta in India è iniziata alla fine di febbraio 2021 proprio partendo dal Maharashtra. In India la circolazione di Sars-Cov2 dopo l'ondata estiva del 2020 era in deciso calo (il picco era arrivato nella prima metà di settembre), la minima circolazione virale si ebbe poi in dicembre e gennaio...


Invece su Omicron non abbiamo dati prima dei sequenziamenti africani (il primo dovrebbe risalire all'11 novembre 2021 in Sud Africa, il secondo sequenziamento al 18 novembre 2021 in Botswana, i due casi non hanno link epidemiologico). E' verosimile che la variante ancestrale di omicron (Ba.1) circolasse da un paio di mesi nell'Africa australe prima dell'esplosione del grande focolaio nel Gauteng. Anche in questo caso la circolazione non era apparentemente alta, anzi nell'autunno 2021, dopo la grande epidemia estiva da variante delta in Sud Africa e Botswana la circolazione virale era apparentemente molto bassa.

[Lou_Vall]

Ha altri sintomi? Macchie sul corpo (esantema)? Ha viaggiato prima della febbre? Ha mangiato qualcosa di crudo o di diverso? Puoi descrivere meglio la febbre? Ha periodi in cui torna sotto i 37°, e per quanto? C'è una qualche regolarità?

Chiedo perchè quando la febbre dura così tanto magari non è influenza ma qualche altro tipo di infezione batterica.

No, non ha mai viaggiato, nè fatto cose particolari nè mangiato nulla di insolito, e sull'andamento della febbre non saprei proprio descrivere... va su e giù, su e giù, anche a cicli lunghi. Ieri sera ce l'aveva, stanotte sfebbrata e oggi per esempio niente. Tossisce e dice che ha male ad un polmone (dietro la schiena) nonostante una settimana di antibiotici... domani torna dalla dottoressa, vediamo cosa dice

[burian br]

No, non ha mai viaggiato, nè fatto cose particolari nè mangiato nulla di insolito, e sull'andamento della febbre non saprei proprio descrivere... va su e giù, su e giù, anche a cicli lunghi. Ieri sera ce l'aveva, stanotte sfebbrata e oggi per esempio niente. Tossisce e dice che ha male ad un polmone (dietro la schiena) nonostante una settimana di antibiotici... domani torna dalla dottoressa, vediamo cosa dice

Di sicuro ha una polmonite, sulle cause è da valutare, ma è strano non risponda agli antibiotici.
Vedremo che farà la dottoressa.

[burian br]

è uno dei tanti virus parainfluenzali che girano.
qualche tempo fai @burian br postò i risultati del campionamento random su un po' di tamponi e ne sono venuti fuori diversi.

se riesci, Gian, lo rimetteresti per favore?

Ultimo rapporto Influnet, riferito alla settimana 12-18 Dicembre 2022:

• Durante la settimana 50/2022 sono stati segnalati, attraverso il portale InfluNet, 1.686 campioni clinici ricevuti dai diversi laboratori afferenti alla rete InfluNet e, tra i 1.389 analizzati, 456 (32,8%) sono risultati positivi al virus influenzale. In particolare, 447 sono risultati di tipo A (370 di sottotipo H3N2, 22 H1N1pdm09 e 55 non ancora sottotipizzati) e 9 di tipo B. Viene, inoltre, segnalato un caso di co-infezione da virus A(H3N2) + A(H1N1)pdm09.
  
  
• Nell’ambito dei suddetti campioni analizzati, 74 (5,3%) sono risultati positivi per SARS-CoV-2, mentre 302 sono risultati positivi per altri virus respiratori, in particolare: 208 (15%) RSV, 47 (3,4%) Rhinovirus, 17 virus Parainfluenzali, 12 Metapneumovirus, 11 Adenovirus, 5 Coronavirus umani diversi da SARS-CoV-2 e 2 Bocavirus.
  

[galinsog@]

Aggiungo che a quanto si sa la variante principalmente responsabile dell'attuale epidemia cinese è BA.5.2.1.7 (BF.7) la cui prima sequenza in GSAID è datata 13 maggio 2022, proveniente dal Belgio. Comunque credo che i cinesi solo nell'ultimo mese abbiano depositato in GSAID più di 120 sequenze diverse, tutte comunque di sottolignaggi di omicron (5), questo non vuol dire che in Cina omicron muti più che da altre parti nel mondo, ma solo che muta tanto e i cinesi fanno tanto sequenziamento ma se condividessero un po' di più i loro dati epidemiologici staremmo tutti più tranquilli...

[jack9]

Sono andato a rivedermi i dati e mi devo correggere, il primo sequenziamento della variante delta (B.1.617.2) risale a fine ottobre 2020 e fu effettuato su un campione del virus proveniente dallo stato indiano del Maharashtra. La prima grande ondata epidemica di delta in India è iniziata alla fine di febbraio 2021 proprio partendo dal Maharashtra. In India la circolazione di Sars-Cov2 dopo l'ondata estiva del 2020 era in deciso calo (il picco era arrivato nella prima metà di settembre), la minima circolazione virale si ebbe poi in dicembre e gennaio...


Invece su Omicron non abbiamo dati prima dei sequenziamenti africani (il primo dovrebbe risalire all'11 novembre 2021 in Sud Africa, il secondo sequenziamento al 18 novembre 2021 in Botswana, i due casi non hanno link epidemiologico). E' verosimile che la variante ancestrale di omicron (Ba.1) circolasse da un paio di mesi nell'Africa australe prima dell'esplosione del grande focolaio nel Gauteng. Anche in questo caso la circolazione non era apparentemente alta, anzi nell'autunno 2021, dopo la grande epidemia estiva da variante delta in Sud Africa e Botswana la circolazione virale era apparentemente molto bassa.

perdonami ma narrativa giornalistica si e no.
più gira, più si riproduce e più è statisticamente probabile che muti.
vale per tutti i virus del pianeta dal pleistocene e vale anche oggi col Covid
anche perché più gira e più è probabile che finisca per mutare in quei soggetti che hanno patologie particolari (tipo aids), quindi il discorso è validissimo.
ma non è un problema secondo me, che giri poco o che giri tanto ce lo terremo per sempre e muterà sempre.

[jack9]

Ultimo rapporto Influnet, riferito alla settimana 12-18 Dicembre 2022:

• Durante la settimana 50/2022 sono stati segnalati, attraverso il portale InfluNet, 1.686 campioni clinici ricevuti dai diversi laboratori afferenti alla rete InfluNet e, tra i 1.389 analizzati, 456 (32,8%) sono risultati positivi al virus influenzale. In particolare, 447 sono risultati di tipo A (370 di sottotipo H3N2, 22 H1N1pdm09 e 55 non ancora sottotipizzati) e 9 di tipo B. Viene, inoltre, segnalato un caso di co-infezione da virus A(H3N2) + A(H1N1)pdm09.
  
• Nell’ambito dei suddetti campioni analizzati, 74 (5,3%) sono risultati positivi per SARS-CoV-2, mentre 302 sono risultati positivi per altri virus respiratori, in particolare: 208 (15%) RSV, 47 (3,4%) Rhinovirus, 17 virus Parainfluenzali, 12 Metapneumovirus, 11 Adenovirus, 5 Coronavirus umani diversi da SARS-CoV-2 e 2 Bocavirus.
  

grazie Gian! comunque tantissima influenza, il campione è piuttosto pregno.
sarebbe bello sapere quelli più recenti

[galinsog@]

perdonami ma narrativa giornalistica si e no.
più gira, più si riproduce e più è statisticamente probabile che muti.
vale per tutti i virus del pianeta dal pleistocene e vale anche oggi col Covid
anche perché più gira e più è probabile che finisca per mutare in quei soggetti che hanno patologie particolari (tipo aids), quindi il discorso è validissimo.
ma non è un problema secondo me, che giri poco o che giri tanto ce lo terremo per sempre e muterà sempre.

E' narrativa giornalistica perché gira comunque e perché le mutazioni avvengono in modo assolutamente casuale ed abbiamo già migliaia di mutazioni ogni giorno in tutto il mondo. A partire dall'estate-autunno 2021, quando sono state revocate le restrizioni ovuque (meno che in Cina) e si è arrivati al totale abbandono della strategia Covid0, Sars-CoV2 ha girato in una popolazione pari a circa 6,6 miliardi di persone di cui almeno i 3/4 non erano immunizzati o lo erano molto parzialmente con vaccini poco efficaci... in compenso ci siamo trovati con varianti che (apparentemente) si sono generate laddove la circolazione virale era bassa o bassissima, per poi diffondersi in tutto il mondo con ondate pesantissime (almeno in termini di contagi). Abbiamo inoltre il paradosso del fenotipo che attualmente sta causando il maggior numero di contagi in Cina (quantomeno a Pechino) che non è nato in loco ma è stato sequenziato per la prima volta in Europa alla fine di questa primavera, mentre i probabili ancestori di omicron fino all'emersione dell'outbreak sudafricano avevano circolato (poco) soprattutto in America meridionale... Ha poco senso guardare alla Cina con preoccupazione, infondo aggiunge solo un 20% di popolazione mondiale in più...

La Cina ha enormi responsabilità nell'innesco della pandemia a livello globale, ma il problema non è cosa possa succedere in Cina ma cosa possa capitare ovunque nel mondo, se si sequenzia pochissimo e soprattutto se non si fa un accurato monitoraggio dell'impatto delle singole ondate epidemiche in termini di morbilità e mortalità... Tra l'altro proprio perché ci sono livelli di immunizzazione differenziata a seconda delle zone del mondo è diventato molto difficile anche capire quali delle potenziali nuove varianti, che saranno volta per volta isolate, avranno un fitting favorevole sulle varie popolazioni, io ad esempio ho qualche dubbio sul fatto che BF.7, sulla quale tutti stanno concentrando la loro attenzione perché responsabile degli attuali focolai cinesi, possa essere competitiva in Europa, mentre magari si rivelerà tale qualche sottolignaggio che ora sta circolando da qualche parte in Sud America, Africa o Asia meridionale o magari a Casalpusterlengo...

[jack9]

E' narrativa giornalistica perché gira comunque e perché le mutazioni avvengono in modo assolutamente casuale. A partire dall'estate-autunno 2021, quando sono state revocate le restrizioni in tutto il mondo e si è arrivati al totale abbandono della strategia Covid0, Sars-CoV2 ha girato in una popolazione pari a circa 6,6 miliardi di persone di cui almeno i 3/4 non erano immunizzati o lo erano molto parzialmente con vaccini poco efficaci... in compenso ci siamo trovati con varianti che (apparentemente) si sono generate laddove la circolazione virale era bassa o bassissima, per poi diffondersi in tutto il mondo con ondate pesantissime (almeno in termini di contagi). Abbiamo inoltre il paradosso del fenotipo che attualmente sta causando il maggior numero di contagi in Cina (quantomeno a Pechino) che non è nato in loco ma è stato sequenziato per la prima volta in Europa alla fine di questa primavera, mentre gli ancestori di omicron fino all'emersione dell'outbreak sudafricano avevano circolato (poco) soprattutto in America meridionale...

La Cina ha enormi responsabilità nell'innesco della pandemia a livello globale, ma il problema non è cosa possa succedere in Cina ma cosa possa capitare ovunque nel mondo, se si sequenzia pochissimo e soprattutto se non si fa un accurato monitoraggio dell'impatto delle singole ondate epidemiche in termini di morbilità e mortalità... Tra l'altro proprio perché ci sono livelli di immunizzazione differenziata a seconda delle zone del mondo è diventato molto difficile anche capire quali delle potenziali nuove varianti, che saranno volta per volta isolate, avranno un fitting favorevole sulle varie popolazioni, io ad esempio ho qualche dubbio sul fatto che BF.7, sulla quale tutti stanno concentrando la loro attenzione, possa essere competitiva in Europa, mentre magari si rivelerà tale qualche sottolignaggio che ora sta circolando da qualche parte in Sud America, Africa o Asia meridionale...

certo che è tutto regolato dal caso, però è ovvio e matematico che più si replica e più ha probabilità di mutare.
non ci sono solo i casi strani, comunque, c'è anche la Delta che è venuta fuori in India dove SICURAMENTE la circolazione era moooolto più elevata di quello che si sapeva.
o anche la variante inglese...
un paio son venute fuori dal Sudafrica dove la circolazione era spesso elevatissima, di qualsiasi variante, in una popolazione con moltissimi malati di Aids che, cronicizzando la sindrome da covid, vedevano infinite replicazioni del virus nel loro singolo corpo aumentando la probabilità di mutazione.

cioè, ok che il giornalismo fa ridere, però a sto giro riportavano quanto detto da virologi non propriamente paracappati.
ma è anche fisiologico, matematico. se fa due replicazioni è difficile che muti, se ne fa 200 miliardi all'ora è più probabile.

questo al netto di quello che sta succedendo in Cina, onestamente mi interessa anche poco, sono fatti loro. con l'assurda politica zero covid hanno solo ritardato un problema che sarebbe comunque arrivato prima o dopo.
si sono fatti i loro vaccini negli scantinati probabilmente ed il risultato è questo.
io sono dell'idea che prima la Cina torna al medioevo sostanziale in cui era anche solo negli anni 70 e meglio è per il Pianeta. ma so che non è possibile, anzi, è sempre più probabile il contrario cioè che andremo noi nel medioevo per loro