Nuovo Virus Cinese

[alnus]

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Accattivante.
Mi piacerebbe potergli credere.
Purtroppo però, se nessun medico od infermiere o necroforo smentisce il marcato aumento dei morti (quasi sempre per la medesima strana polmonite), tutta la sua logica crolla.
Anche il paragone del raffreddore e del treno gli si ritorce contro, perchè il treno adesso è proprio la polmonite strana, non la patologia preesistente.

[burian br]

Ho voluto esaminare a fondo l'anomalia dello stato di Washington, sulla West Coast degli USA, che tanto mi aveva generato perplessità negli ultimi giorni, ed esporre le mie conclusioni.


Le analisi genomiche evidenziano come lo stato di Washington e l'Europa condividano il momento zero del primo contagio sul proprio suolo. Questo infatti è collocabile, in ambedue, attorno al 15-20 Gennaio.
In Europa il paziente zero era una manager cinese collegata all'ormai celeberrimo caso Webasto, mentre nello stato di Washington si trattava di un 35enne che era andato a trovare i genitori a Wuhan, ed era tornato negli Stati Uniti il 15 Gennaio senza accusare sintomi, salvo svilupparli poco tempo dopo.

Data la coincidenza temporale del momento zero, mi è sempre parso anomalo come fosse possibile che in Europa quel caso zero avesse sviluppato la stragrande maggioranza delle centinaia di migliaia di casi ormai sparsi nel Continente, mentre nello stato di Washington sono attualmente segnalati appena 1700 casi con 94 morti.
C'è una differenza abnorme e ingiustificabile. O forse sì?

Andando a fondo nella questione, un primo indizio si può derivare dall'analisi genomica.
Una prima ipotesi è che in realtà ci sia stata una seconda introduzione del medesimo ceppo nello stato di Washington tramite un soggetto infetto tornato dalla Cina molto tempo dopo, magari verso metà Febbraio. La cosa non è improbabile affatto, ma c'è un dato che suggerisce che non sia andata così.

Screenshot_2020-03-22 Nextstrain ncov.png

Si noti la prima ramificazione. Il virus isolato in USA, i cui casi sono colorati in rosso, è identico a un virus isolato nel Fujian, in Cina meridionale.
A questo punto le strade che l'evoluzione del virus segue sono due:

• ramo americano
• ramo cinese

Se quindi il virus fosse stato reintrodotto dalla Cina nello stato di Washington, dovremmo vedere quanto meno un virus rientrante nel ceppo americano. Un pallino blu scuro, per farla semplice, tra tutti quelli rossi.
Ma così non è.
Ciò lascia dunque ritenere che il ceppo americano si sia evoluto a partire dal virus isolato il 19 Gennaio.


Bisogna dunque elaborare una seconda ipotesi. Questa è abbastanza semplice: il virus si è semplicemente propagato più lentamente che in Europa.
Una conferma ci viene intanto dall'analisi genomica.
Riguardate la mappa sopra: sull'asse delle ascisse sono indicati dei numeri. Ebbene, quelli rappresentano la "divergenza nucleotidica", ovvero il numero di nucleotidi mutati rispetto al ceppo originario di Wuhan di Dicembre 2019.
Si evidenzia che il ceppo americano ha una divergenza genetica tra 4 e 10 nucleotidi diversi rispetto al ceppo di Wuhan.

Passiamo ora all'Europa e al suo albero filogenetico:

Screenshot_2020-03-22 Nextstrain ncov(1).png

La divergenza del ceppo europeo va da 4 a 12 nucleotidi, e per di più ci sono tantissimi virus isolati con una divergenza di 9 nucleotidi, cosa che invece non si può vedere per lo stato di Washington, dove la maggiore affluenza si concentra attorno a una divergenza di 7 nucleotidi.

2 nucleotidi in meno mutati significano che il virus si è replicato di meno, in quanto il tasso di mutazione è direttamente proporzionale al numero di soggetti in cui il virus passa. In soldoni, più il virus circola, più muta e aumenta il numero di nucleotidi modificati.
Il fatto che ci siano dunque in media più nucleotidi mutati nel ramo europeo suggerisce che questo ha infettato molte, molte più persone.


Ma perchè tutto ciò? Quali spiegazioni si possono addurre? E a quanto si possono stimare i casi nello stato di Washington?

Ne ho individuate alcune:

• il clima. In Europa abbiamo vissuto l'inverno più caldo di sempre, e praticamente le temperature sono state miti ovunque, con valori che anche in tutta Europa occidentale che si sono aggirate su valori alti, attorno ai 10° se non superiori. Praticamente la temperatura perfetta per la propagazione del virus alla sua massima potenza! Nello stato di Washington, invece, le medie invernali sono state più basse, attorno o poco sotto lo zero. R0 ne ha risentito.

• la densità abitativa. Ritengo questo fattore più importante del clima. In Europa Occidentale vivono 300 milioni di persone. Nello stato di Washington solo 7,5 milioni. La superficie dello stato di Washington è di 184mila km², poco meno di due terzi della superficie italiana. Ma mentre l'Italia, su quella superficie, conta almeno 40 milioni di persone, come detto nello stato USA solo 7-8 milioni!
• la densità dei centri urbani. I focolai in Italia si sono sviluppati in capoluoghi con oltre 100mila abitanti. A Washington invece sono state risparmiate le grandi città, e tutti i centri colpiti hanno al massimo poche decine di migliaia di abitanti distributi su territori vastissimi di contee assimilabili alle nostre regioni! Inoltre i centri urbani sono molto distanziati, e non ben collegati se non con Seattle e le città della costa. Insomma, il virus viaggia più lentamente a Washington

Credo che tutto questo basti.
Stimando dunque un R0 di circa 2, possiamo calcolare il numero totale di contagi in questi due mesi nello stato di Washington in 2¹⁵= 33mila casi
Volendo aumentare un altro po' R0, portandolo a 2.1, avremmo ad oggi 2,1¹⁵= 68mila casi.

In Europa R0 vale almeno 2,3 se non 2,4! Con un tale R0, in due mesi, si svilupperebbe un cluster di 267-500mila persone! Ben 4-7 volte di più! Senza contare i vari ceppi introdotti in Europa in tempi successivi, cosa non accaduta a Washington.

Ma se davvero ci sono da 32 a 68mila casi cumulatisi in due mesi nello stato di Washington, come mai ci sono così pochi morti? Solo 94 segnalati?
Anche qui, le spiegazioni ci sono:

• popolazione decisamente più giovane della media delle nazioni occidentali: solo il 15% ha più di 65 anni, un dato che riflette quello sud-coreano
• probabilmente ci sono state poche morti attribuite all'influenza e dunque non contate

Supponendo circa 100 morti in più a quelle 94 segnalate, arriveremmo a circa 200 morti (stima per difetto), che su un totale di 32-68mila determina un tasso di mortalità nella popolazione (IFR) tra lo 0,3 e lo 0,6%. E' un dato perfettamente in linea con una propagazione in una popolazione giovane, e per di più rispecchia il fatto che il primo caso fu un 35enne, dunque è probabile che il virus abbia circolato, confondendosi e nascondendosi con quello influenzale, tra i giovani under 50 in particolare, colpendo solo pochi soggetti deboli e/o anziani.

E' probabile che se si cominciassero a eseguire tamponi a tappeto emergerebbero questi casi latenti.
Non dimentichiamoci che tenendo conto del lag tra contagio e primi sintomi è probabile che i casi attivi siano meno di 15-20mila finora.
Mi attendo però un'esplosione di casi a breve, complice l'aumento esponenziale e il clima che diventa oramai sempre più mite.

[burian br]

Io dormo già poco e ora ancora meno, ma tu?

Dormo la notte, ma mi ero svegliato per vedere i modelli
Ora torno a dormire

[TreborSnow]

C'è una cosa che davvero non riesco a capire.
Qualche giorno fa leggevo su thetimes se non ricordo male che la disponibilità della TI del regno unito era era poco più della metà di quella italiana e francese, molto simili, e un quinto di quella tedesca.
A seconda delle stime mediando direi rapporto 6/10/11/30-40.

Ora a parte il dato inglese, che sarebbe davvero preoccupante per quelle zone, mi chiedevo perchè la Germania ne ha così tanti. Ben vengano, per loro, in questo momento. Ma a cosa cavolo servivano prima? Disponibilità corrisponde a costi fissi.

Modalità ironia complottara on:
A guardare tutto nell'insieme altro che cinesi o americani.
E' la vendetta dei tedeschi...

[TreborSnow]

Dormo la notte, ma mi ero svegliato per vedere i modelli
Ora torno a dormire

ECMWF

[paolo61]

Accattivante.
Mi piacerebbe potergli credere.
Purtroppo però, se nessun medico od infermiere o necroforo smentisce il marcato aumento dei morti (quasi sempre per la medesima strana polmonite), tutta la sua logica crolla.
Anche il paragone del raffreddore e del treno gli si ritorce contro, perchè il treno adesso è proprio la polmonite strana, non la patologia preesistente.

non ci credo neanch'io mostravo come certa gente dovrebbe stare zitta è un farmacista !!!

[paolo61]

C'è una cosa che davvero non riesco a capire.
Qualche giorno fa leggevo su thetimes se non ricordo male che la disponibilità della TI del regno unito era era poco più della metà di quella italiana e francese, molto simili, e un quinto di quella tedesca.
A seconda delle stime mediando direi rapporto 6/10/11/40.

Ora a parte il dato inglese, che sarebbe davvero preoccupante per quelle zone, mi chiedevo perchè la Germania ne ha così tanti. Ben vengano, per loro, in questo momento. Ma a cosa cavolo servivano prima? Disponibilità corrisponde a costi fissi.

Modalità ironia complottara on:
A guardare tutto nell'insieme altro che cinesi o americani.
E' la vendetta dei tedeschi...

Non vorrei come nel film si vedono tantissimi soldati salvo scoprire al momento che erano tutte sagome di cartone , vedremo ma dichiarano BEN 2 persone critiche !!! e 84 morti altro che qualcosa che non dicono

[GiagiKarlo]

USA stamani già a +2685 casi e +46 morti.

[lg59]

Ho letto sul sito di un quotidiano locale la lista (ufficiosa)delle attivita che rimarrano comunque aperte,ci ho messo 5 minuti,come blocco totale e' abbastanza parziale

[paolo61]

ieri 29.434 nuovi casi e 1627 morti e oggi !!!??