Nuovo Virus Cinese

[Pisky]

573 tamponi e zero contagi anche oggi in Basilicata. Dodicesimo giorno di fila senza nuove diagnosi.
Un caso lievemente positivo riscontrato su una donna arrivata ieri dal Veneto, in passato risultata positiva al virus e dichiarata guarita dopo due tamponi. Un caso analogo in un altro paesino del potentino. Entrambi non vengono conteggiati perché già registrati nei loro luoghi di residenza al nord Italia.
Passano da 12 ad 11 i casi attivi, tutti in isolamento domiciliare.
Infatti, non ci sono ricoverati nelle strutture sanitarie lucane

[Simotgl]

Vai convinto sai

Ho postato l'articolo a mero scopo di discussione, l'ho anche specificato, quindi cade ogni tua libera interpretazione, mi spiace

Non c'era secondi fini o amenitá del genere, nè eventuali sassi o mani da ritrattare o fiammate varie

Va bene, certo, ok, adesso allora dai un significato a queste tue parole...senza giri di parole, son tutt'occhi.

"P.S. l'articolo spero non urti le sensibilità di nessuno"

[Andreas94]

Va bene, certo, ok, adesso allora dai un significato a queste tue parole...senza giri di parole, son tutt'occhi.

"P.S. l'articolo spero non urti le sensibilità di nessuno"

Semplicissimo parole sarcastiche
L'altra volta mi era stato detto che ero uno stalker perfino

E solo per aver postato un articolo che non concordava con altre opinioni nel merito di altri

E quindi ho specificato il perchè ho postato l'articolo e messo una frase sarcastica visto cosa avevate detto l'altra volta
Semplice

Fine OT e stop con le tue provocazioni altrimenti sì che son io a segnalarti stavolta

[Cristiano96]

Aggiornamento pugliese
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[marco85]

La Nuova Zelanda ha vinto, e senza alcun vaccino. Da oggi è stata dichiarata covid free, libertà totale senza restrizione per la popolazione. Speriamo che anche noi nel giro di qualche tempo potremo fare altrettanto.

La Nuova Zelanda si proclama 'Covid free', via tutte le restrizioni

[Cristiano96]

La Nuova Zelanda ha vinto, e senza alcun vaccino. Da oggi è stata dichiarata covid free, libertà totale senza restrizione per la popolazione. Speriamo che anche noi nel giro di qualche tempo potremo fare altrettanto.

La Nuova Zelanda si proclama 'Covid free', via tutte le restrizioni

Abitare su un'isola dall'altro capo del mondo (letteralmente, la Nuova Zelanda è quasi al perfetto antipodo dell'Italia) ha i suoi vantaggi, beati loro. Terra splendida che spero di visitare un giorno

[GiagiKarlo]

La Nuova Zelanda ha vinto, e senza alcun vaccino. Da oggi è stata dichiarata covid free, libertà totale senza restrizione per la popolazione. Speriamo che anche noi nel giro di qualche tempo potremo fare altrettanto.

La Nuova Zelanda si proclama 'Covid free', via tutte le restrizioni

Per ora è lo stato con più casi confermati ad essere considerato virus-free.
Che dire, complimenti alla loro gestione

[nevearoma]

Diciamo pure che uno stato così geograficamente remoto non è paragonabile all'Europa. La Nuova Zelanda si è letteralmente sigillata all'interno e all'esterno, uno stato europeo non può.

[burian br]

Al riguardo, il post di stamattina di Guido Silvestri

8 giugno 2020]

LA RITIRATA CONTINUA.

Anche oggi scende il numero totale dei ricoverati in terapia intensiva per COVID-19 in Italia, che sono ormai al 7.0% del valore di picco. Scende anche il numero dei ricoveri ospedalieri totali (da 5.002 a 4.864, quindi di altre 138 unità) mentre i casi attivi totali scendono da 35.877 a 35.262, quindi di altre 615 unità.

Oggi è il fatidico 8 giugno, quello che se non stavamo attenti avremmo avuto 151.000 malati in terapia intensiva (invece sono 286). E dopo 34 e 20 giorni dalle "aperture" di maggio non c'è alcun segno di quel ritorno della pandemia che certi esperti davano per scontato. Questo ultimo punto è importante e deve essere ricordato con chiarezza.

Infatti, prima del 4/5, questi esperti, basandosi su modelli matematici, hanno detto al Paese: “Sappiate che non appena si riapre i casi sicuramente saliranno – di poco se riapriamo un po’, e tantissimo se riapriamo molto”. In altre parole: ci aspettava un disastro. Mentre altri esperti hanno detto: "Il virus dovrebbe avere andamento stagionale, non c'è motivo di temere una catastrofe estiva".

Le cose sono andate come sappiamo, e questo mostra come questi modelli siano stati inadeguati a prevedere l’andamento reale dell’epidemia. Senza fare polemiche (perché ognuno fa del suo meglio), credo sia giusto verso i cittadini italiani – che per mesi hanno compiuto sacrifici durissimi – ammettere questo fatto e promettere che tali modelli non saranno più usati per prendere decisioni politiche (ad esempio per le scuole).

GEORGIA ON MY MIND

In molti mi chiedono come vanno le cose ad Atlanta ed in Georgia. Direi bene, con situazione sotto controllo ed un totale di 51.898 casi e 2.174 morti (oggi 4). La nostra mortalità per 100.000 abitanti è 19.7, il che vuol dire la metà di quella riscontrata nel Veneto dell’ottimo Andrea Crisanti (39.9). Insomma, direi che nel nostro piccolo ci siamo difesi piuttosto bene. Interessante notare che in Florida, stato dal lockdown minimo, la mortalità per 100.000 abitanti è ancora più bassa (12.6). I dati della Georgia e della Florida dimostrano ancora una volta (vedi punto precedente) come i modelli epidemiologici che al contempo (i) postulano un massiccio effetto positivo dei “lockdowns” e (ii) non tengono conto del fattore climatico-stagionale, non spiegano l’andamento della pandemia in modo universalmente valido, e come tali non dovrebbero essere usati per guidare le scelte della politica.

OMOPLASIA ovvero IL VIRUS SI STA ADATTANDO

Finisco con una breve discussione di uno splendido articolo del gruppo di Francois Balloux all’Istituto di Genetica di University College of London (van Dorp L. et al., Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. Infection, Genetics and Evolution, Volume 83, 2020, 104351). Questo studio, dopo una complessa analisi di 7666 sequenze di SARS-CoV-2 provenienti da numerosi paesi di varie aree geografiche e raccolte fino al 20 aprile scorso, arriva a due importanti conclusioni.

La prima è che l’origine temporale del virus può essere stimata tra il 6 ottobre ed il 11 dicembre 2019 (quindi ben prima dei cosiddetti “primi casi” del mercato di Wuhan di fine dicembre 2019). Le implicazioni di questa nuova datazione sarebbero enormi, in quanto si dimostrerebbe quello che molti sospettano da tempo, cioè che i numeri e le curve epidemiologiche di COVID-19 in Cina fornite il 10 marzo 2020 da Zunyou Wu a CROI, WHO, e CDC sono sbagliati (e probabilmente di molto, su questo torneremo in futuro). Ricordo che sui numeri “cinesi” si sono basati sia il famoso modello Ferguson/Imperial del 16 marzo 2020 che i tre modelli pubblicati su Science tra aprile e maggio 2020. Modelli che, come sappiamo, formano l’impalcatura scientifico-epidemiologica dell’argomento politico in favore dei “lockdowns”, delle “travel restrictions”, e delle chiusure delle scuole. Non esattamente un dettaglio, direi.

La seconda conclusione è che l’evoluzione di SARS-CoV-2 nelle diverse parti del mondo è caratterizzata da alti livelli di omoplasia. Ricordo che l’omoplasia (homoplasy) è il fenomeno per cui un virus muta in modo “indipendentemente simile” in diverse aree geografiche, e senza avere un progenitore comune. L’articolo è molto tecnico, e magari è per questo che è stato discusso poco, chissà. Ad ogni modo la presenza di omoplasia così marcata (pensate che è stata trovata anche in Islanda, dove in tutto ci sono stati 1.800 casi e 10 morti) ed in così breve tempo porta evidenza scientifica -- indiretta ma solidissima – a favore dell’ipotesi di un rapido, progressivo e convergente adattamento di SARS-CoV-2 all’ospite umano. Siccome i dati globali sulla letalità cruda di COVID-19 indicano che questa diminuisce col tempo in ogni sito epidemico, e siccome la maggior parte degli adattamenti virus-host vanno nella direzione di una ridotta patogenicità (cfr. G. Silvestri “Il Virus Buono”, Rizzoli editore, 2019), solo degli analfabeti della virologia possono tacciare di “pseudo-scienza” l’ipotesi secondo cui tale robusto pattern di mutazioni omoplasiche possa risultare in un fenotipo virale a virulenza attenuata.

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Io Silvestri non lo sopporto. Saccente, arrogante e scientificamente poco obiettivo, con una visione inquinata da un ottimismo senza senso.
Ad esempio, cita Georgia e Florida. Bè, la loro curva è questa. Non sta aumentando ma nemmeno diminuendo (direi nell'ultima settimana addirittura aumentata), e di sicuro un ruolo lo hanno giocato le limitazioni imposte:

Screenshot_2020-06-08 Florida Coronavirus 63,938 Cases and 2,703 Deaths (COVID-19 ) - Worldomete.png

La scienza non è ottimistica, mi dà la nausea. I suoi scritti sono PESANTEMENTE condizionati da questo bias di fondo, e quindi li maldigerisco. Ma proprio male. Inoltre spesso sbeffeggia e deride dall'alto di chissà quale cattedra e spesso è autoreferenziale e non porta a evidenza le antitesi in maniera disgraziata (ad esempio quando ha parlato della possibile stagionalità mica ha citato i paesi tropicali in cui il virus si diffonde. No, non sia mai, quelli non esistono. Nei paesi caldi va tutto bene: non una volta che ne abbia parlato).

Circa l'omoplasia, è corretto. L'omoplasia è il fenomeno per cui si verificano più mutazioni nella stessa area genomica di virus senza progenitore comune, e fa parte del gioco delle mutazioni e dell'interazione tra ospite e virus. Ed è un segno di una convergenza evolutiva, il che non significa che il virus si sta adattando all'ospite umano come lo lascia intendere, ma solo che il virus converge per mutare nella stessa zona del genoma, e queste mutazioni possono avere un ruolo nell' adattamento del virus verso l'ospite umano che per lui era nuovo. E non è detto che quest'evoluzione significhi che si debba indebolire.
Convergenza evolutiva dove a convergere non è il virus verso l'ospite, ma le mutazioni del virus che convergono per avvenire nella stessa area del genoma.

Per non essere tacciato di pessimismo, lascio parlare la stessa ricerca che lui cita (eccola qui: Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2)

The exact role of these and other homoplasic mutations in human associated betacoronaviruses represents an important area of future work, although it appears that the Orf1ab region may exhibit multiple putatively adapted variants across human betacoronavirus lineages.

[...]

As most (but not all) pathogens capable of causing epidemic at a pandemic scale, SARS-CoV-2 is in all likelihood of zoonotic origin. This implies that SARS-CoV-2 may not be fine-tuned to its novel human host. However, it is near-impossible to predict future trajectories for the virulence and transmissibility of horizontally transmitted pathogens

[...]

The vast majority of mutations observed so far in SARS-CoV-2 circulating in humans are likely neutral (^{Cagliani et al., 2020; Dearlove et al., 2020}) or even deleterious (^{Nielsen et al., 2020})[...]


Per il resto, andate alla sezione 4 della ricerca (Discussion). Non parla di ottimismo, ma si limita a dire, in soldoni, che hanno identificato 198 omoplasie di cui l'80% neutro, cioè non causano sostituzione amminoacidiche nelle proteine che codificano. Del restante 20%: "The remaining non-neutral changes to amino acid properties at homoplasic sites may be enriched in candidates for functionally relevant adaptation and could warrant further experimental investigation."


PS: Il grafico che ha postato non c'entra con le omoplasie comunque, così come il fatto dell'Islanda.

PPS: Leggo quotidianamente Silvestri perchè al di là dell'ottimismo che mi fa salire la bile è di sicuro un virologo intelligente, informato (lo dimostrano i vari studi che linka) e lo trovo più "sul pezzo" di tanti altri come la Capua.
A dimostrazione di come io non ce l'abbia con lui a prescindere, e che anzi ne riconosco le qualità umane e lo stimo pur non sopportando il suo modo di porsi.

[Meteo65]

Aggiornamento pugliese
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Intanto al Di Venere di Bari, oggi hanno chiuso il reparto medicina: un'infermiera trovata positiva/asintomatica.

" Una infermiera dell’ospedale Di Venere di Bari è risultata positiva al Coronavirus e il reparto in cui lavora, quello di Medicina, è stato chiuso per sanificazione. La notizia è confermata da fonti sanitarie. La positività della donna, che è asintomatica, è stata rilevata con un tampone, durante gli screening di routine negli ospedali. I pazienti del reparto di Medicina sono stati trasferiti e su tutto il personale sono stati eseguiti i test che, al momento, hanno dato esito negativo. "

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