Nuovo Virus Cinese

[Franzoso]

Ringrazio @snowaholic per avermi fornito l'abero filogenetico. Passiamo ad analizzarlo.
La porterò per le lunghe, ma le conclusioni che si possono trarre sono interessanti, e inviterei a ricercare qualche fonte giornalistica per verificare quanto sto per sostenere deducendolo dai vari rami.

Il caso isolato in Italia (Lombardia, da Mattia alias pz 1 di Codogno) appartiene a uno dei rami europei.
Fondamentalmente in tutta Europa, ma anche in Brasile e Messico (se non ricordo male casi importati dall'Italia, tenendo conto anche della data dell'isolamento [25/02], e quindi ciò spiegherebbe l'appartenenza di questi virus al ceppo europeo), i virus isolati appartengono allo stesso clade o ramo filogenetico.
Andando a trovare fonti giornalistiche, sono sicuro che saranno tutti casi collegati all'Italia in qualche modo, anche perchè successivi. Mi colpisce che i virus tedeschi e svizzeri, ma anche quello finlandese e messicano, siano tutti mutati rispetto a quello italiano, con cui condividono il resto del genoma. La mutazione riguarda anche alcuni amminoacidi (che poi è la cosa che ci interessa davvero), e il virus più differente è quello isolato in Finlandia il 25 Febbraio. Si trattava di una donna che aveva viaggiato in Italia. Mi viene da pensare sia dunque un ulteriore step evolutivo del virus italiano, che ricordiamo ha infettato il paziente 1 di Codogno verso il 15 Febbraio, quindi 10 giorni prima.

Allegato 522242

La cosa più interessante è questa Immagine

Il virus italiano (e quindi europeo) ha un antenato: è il virus isolato in Germania il 28 Gennaio, e direttamente importato dalla Cina. Questo virus è all'origine del clade europeo. Il nonno se vogliamo. E' questo virus che poi, mutando, ha infettato l'Italia e l'Europa. E' così perchè condivide alcune mutazioni di base con il clade europeo, che intanto ne ha accumulate altre in un mese. La mutazione chiave risale a poco prima del 10 Gennaio.

Allegato 522243

Il virus dunque non sarebbe arrivato in Italia, ma in Germania. E in qualche modo sarebbe poi giunto qui.
O, in alternativa, i turisti cinesi hanno portato questo tipo di virus nei loro viaggi in Europa. Sinceramente una strana coincidenza...infatti il ceppo isolato dal superdiffusore inglese (quello dello chalet alpino) non ha nulla da spartire con quello europeo!
Personalmente propendo per una terza ipotesi: la mutazione "europea" viene fatta risalire al periodo 9-24 Gennaio. Ma il virus dl 28/01 isolato in Baviera è precedente quella mutazione. Esso risale al famoso caso del paziente tedesco della Webasto, infettato da una collega cinese:

Human-to-human transmission of Wuhan virus outside of China, confirmed in Germany, Japan and Vietnam - The Online Citizen

La donna aveva contratto il virus attorno al 10-15 Gennaio. La mutazione all'origine del clade europeo risale proprio a quel periodo Immagine
. La mia ipotesi è questa: la donna ha infettato qualche passeggero europeo, probabilmente italiano, che ha portato poi con sè il virus in Italia. Oppure la donna o l'uomo hanno trasmesso il virus a qualche italiano a Monaco di Baviera.
Il virus della donna si è trasmesso al bavarese della Webasto, ed essendo passato solo da lei a lui, non ha subito mutazioni quando è stato isolato il 28/01.

Lo stesso virus invece, circolando tra le persone in Italia, ha avuto modo di replicarsi e accumulare mutazioni e mutazioni.
Il ceppo italico è il genitore di quelli europei, che discendono da esso. Manca però il ceppo francese dell'Oise, che non pare avesse contatti con l'Italia.

E' l'ipotesi per me più attendibile, perchè sarebbe davvero una coincidenza bizzarra che il virus italiano provenisse proprio dallo stesso ceppo cinese del virus tedesco. Ma è possibile. E sarebbe perfettamente in linea con i miei calcoli che vedono l'origine dell'infezione in Italia proprio attorno al 20-25 Gennaio.
E' parzialmente confermata da questa immagine:

Allegato 522244

Si vede bene come "dalla Cina" sarebbe arrivato un ceppo simile prima a Monaco, e poi a Zurigo. Questo lo ritengo errato, personalmente, perchè in realtà è stato isolato da italiani, rintracciando le fonti giornalistiche. E' evidente anche dai collegamenti con la Finlandia e il Brasile che sono stati gli italiani a portarlo, quindi non so perchè metta al centro Zurigo...
Ora, dico io: possibile che lo stesso ceppo sia arrivato in Europa due volte quando in USA ci sono ceppi sempre diversi e quando in Francia era già arrivato un altro?
Io credo invece che il virus di Monaco (cronologicamente e geneticamente precedente!) sia all'origine del virus europeo.


Venendo all'aspetto fenotipico, cioè sulla "pericolosità", personalmente non credo cambi molto. Il ceppo coreano discende da un ramo che è il più vicino a quello europeo.
Quest'ultimo presenta mutazioni puntiformi in 4 nucleotidi, in posizione 241, 3037, 23403, 14408.
I nucleotidi 241 e 3037 appartengono al gene ORF1a, che serve per la replicazione del virus e la formazione delle proteine:

PP1a - Orf1a polyprotein - Human SARS coronavirus (SARS-CoV) - PP1a gene & protein

Il nucleotide 14408 appartiene alla sequenza ORF1b, che pare nel Cov della SARS fungesse da serratura per consentire il legame al DNA degli enzimi necessari per la replicazione del genoma virale:
Coronaviruses usually express pp1a (the ORF1a polyprotein) and the pp1ab polyprotein which joins ORF1a and ORF1b. The polyproteins are then processed by enzymes that are encoded by ORF1a.

L'ultimo nucleotide appartiene alla sequenza "S", che forse codifica per la proteina Spike? Quella che lega ACE2?


Il virus coreano è ancora quello isolato il 6 Febbraio e non c'entra con la setta cristiana, dunque attendo la pubblicazione di un nuovo genoma virale coreano.

Che meraviglia di spiegazione!
Grazie mille!

[-=VeNoSa=-]

Direttamente dalla Germania, 04.03.2020 10:53

Renania Settentrionale-Vestfalia 111
Bavaria 48
Baden-Wuerttemberg 44
Assia 12
Berlino 6
Bassa Sassonia 4
Meclemburgo-Pomerania occidentale3
Brema 2
Amburgo 2
Renania-Palatinato 2
Schleswig-Holstein 2
Brandenburg1
Saarland 1
Sassonia 1
Turingia 1

Guariti 15

[burian br]

Io credo che la raccomandazione serva a ben poco: o lo imponi con tanto di multe, ammende ecc... oppure difficilmente si otterrà l'effetto voluto.
Ieri al telegiornale hanno fatto vedere come in un mercato della Lombardia era pieno di anziani, nonostante la regione avesse consigliato agli ultra 65enni di stare a casa. E come loro sono moltissimi gli anziani ancora in buona salute, che per non stare tutto il giorno in casa da soli, vanno a far la spesa, vanno da un amico/parente ecc... e tutta questa gente non credo proprio che accetterebbe di stare in casa solo perchè l'ha RACCOMANDATO il governo.

E' già qualcosa di importante però. Conosco anziani che già da tempo, senza indicazioni, escono di casa.
E' naturale poi che non si può impedire ad un anziano di uscire, però ci si può organizzare. Qui a Dicembre, per l'evacuazione della bomba, hanno fatto di tutto, incluso usare i droni, per sorvegliare la città e vedere se qualcuno stesse violando il dovere di non uscire all'aperto.

[Simotgl]

@TreborSnow
se permetti, hai tutta la libertà di scrivere e porre ogni domanda che vuoi, nessuno è "padrone" di un 3d su di un forum (ci mancherebbe altro...per quello esistono i mod), ma posso dirti che qui dentro da 10gg abbiamo già fatto ogni tipo di considerazione e sviscerato tantissimi aspetti con svariati approcci, dal più statistico al più medico...quindi non pensare, come vedo scritto in qualche tuo intervento, che non ci siamo già posti e non ci poniamo tutti i giorni gli stessi dubbi che ti poni tu...

(il mio è assolutamente un consiglio senza presunzione, solo con l'intento di non far più aggrovigliare la discussione su considerazioni già fatte da tempo..per le quali servirebbe leggere i post precedenti, anche se capisco che non è semplice e veloce da fare...)

[burian br]

C'era un gravissimo buco nella strategia di contenimento, ne avevamo discusso a lungo anche qui. Non era soltanto un problema nostro, poteva capitare a qualunque altro Paese, in questo abbiamo avuto sfortuna.
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Invece è successo: il paziente di Valencia è morto il 13 Febbraio per Coronavirus.
E un paziente francese morto a Parigi il 21 Febbraio aveva il Covid-19.

Semplicemente, ahimè, in Italia avevamo un'infezione che si confondeva con l'influenza contando qualche migliaio di casi, mentre altrove nemmeno 200 probabilmente.

[Simotgl]

E' già qualcosa di importante però. Conosco anziani che già da tempo, senza indicazioni, escono di casa.
E' naturale poi che non si può impedire ad un anziano di uscire, però ci si può organizzare. Qui a Dicembre, per l'evacuazione della bomba, hanno fatto di tutto, incluso usare i droni, per sorvegliare la città e vedere se qualcuno stesse violando il dovere di non uscire all'aperto.

Siamo d'accordo che non sono norme e leggi con sanzioni, e "l'italiano se non è costretto non fa". Ma basta che solo si alzi dell'1% la percentuale quotidiana di gente, non dico che vada in quarantena, ma che adotti consapevolmente certi comportamenti giusti, che "guadagnamo" giorni e giorni di contagi ulteriori.

Anche perché basterebbe che ci martellassero in svariate trasmissioni con queste regole (la D'URSO in primis ) che la massa comincia a "svegliarsi" dal torpore del "sì, vabbé..." e intanto tiene a casa la maggior parte delle persone a rischio.

[alexeia]

direi primariamente perchè non ci sono mascherine e guanti, in commercio sono irreperibili.
Inoltre ciò che dici potrebbe pure essere adottato nei luoghi dove si svolge un servizio pubblico (studi medici, farmacie, sportelli ecc ecc) ma è chiaro che in luoghi tipo supermercati, bar, ristoranti, negozi ecc ecc esibire maschere e guanti vorrebbe dire far entrare zero clienti. E le attività commerciali senza clienti hanno solo la strada della chiusura, o peggio, del fallimento.
Direi che è normale che nelle zone che non sono in emergenza si provi a continuare con una sorta di normalità, sperando che la situazioni non peggiori ulteriormente anche laddove ora la situazione è relativamente tranquilla.

Allora il problema è sempre la reazione della gente, portata a drammatizzare irrazionalmente, probabilmente ingigantita dall'uso sconsiderato dei mezzi di comunicazione.
Questo è un elemento che sicuramente non gioca a favore. In effetti, quando un paio di settimane fa il nostro governatore Fontana si è messo platealmente la mascherina, essendo negativo al test, è stato molto criticato per aver suscitato allarme... lasciamo perdere che nessuno ha fatto caso al fatto che, essendo negativo, ha colto l'occasione per mettersi COMUNQUE in quarantena e salvare le penne... se non è allarmismo questo... ma nessuno invece lo ha colto. Siamo quindi in presenza di reazioni estremamente irrazionali e imprevedibili.

Sull'irreperibilità dei DPI ci avevo anche pensato, e mi aspettavo l'obiezione. Però andava pensato prima (al solito, adesso è facile dirlo...), nel senso che prima è partito l'assalto ai supermercati e il panico, poi si sono iniziati i provvedimenti. Mettiamo in conto ciò, per la prossima volta: scorte di materiali di primo intervento...

Personalmente comunque, quando sono andata al supermercato, ho messo i guanti, e mi ha procurato apprensione vedere le cassiere senza nessuna protezione, non certo il contrario.
Che la gente si allarmi perché vede usare correttametne dei DPI e non viceversa, è veramente paradossale e indice di come non si potrà mai fare prevenzione in alcun campo (lo stesso è per tutte le altre calamità naturali, se inizi a prendere provvedimenti scatta il panico, quindi zitti zitti sottovoce...)

[-=VeNoSa=-]

Nel porto di Genova fermato il traghetto Gnv Rhapsody con 50 persone a bordo.
Pare che il fermo sia solo in via precauzionale.

[Simotgl]

Nel frattempo la Germania è perfettamente in linea con L'italia con una misura di grandezza in meno, tranne che per decessi e casi gravi....e ciò desta qualche dubbio di considerazione/sottovalutazione (non intendo volontaria) da parte delle istituzioni e strutture sanitarie

Italy 2,502 2,263 160 229


Germany 240 224 16 2

[TreborSnow]

Possono esserci focolai silenti e certamente ce ne sono, ma non da chissà quanto.
Questo virus produce un numero notevole di casi da ospedalizzare e da terapia intensiva, da 10 giorni ormai nessuno in Europa ammette un malato pneumologico grave in un ospedale senza fargli il test. Stanno facendo il test anche sui morti, come dimostra il caso di Valencia.

Quindi un focolaio può rimanere nascosto in fase iniziale, quando i numeri sono bassi, ma al primo caso grave è destinato ad essere individuato quindi non si potrebbe arrivare ai livelli di quello lombardo.

Comunque dubito che i due cinesi siano collegabili al focolaio lombardo, la mappatura del genoma suggerisce una certa distanza tra il ceppo dei due cinesi e quello lombardo.

Nextstrain

Il nostro ceppo peraltro sembra anche piuttosto lontano da quelli coreani, quindi forse la possibilità che sia un po' più aggressivo non è da scartare.
Magari @burian.br mi correggerà, ma se leggo correttamente questi dati il genoma del virus isolato in Lombardia ha meno mutazioni rispetto a quelli coreani, quindi potrebbe essere più vicino a quello di Wuhan mentre in Corea hanno identificato varianti del virus che potenzialmente potrebbero essere un po' meno letali e aiutarci a spiegare il divario nella percentuale di casi gravi, che mi sembra eccessivo anche tenendo conto delle diverse strategie di test.

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No, è stato scoperto al primo caso grave in un paziente giovane e sano quindi difficilmente spiegabile altrimenti, in più gli hanno fatto il tampone solo quando la moglie ha ricordato un possibile legame con la Cina (poi rivelatosi irrilevante).
Gli ospedali lombardi erano già pieni di ricoverati con coronavirus e anche due casi di Vò erano già in ospedale da giorni.

C'era un gravissimo buco nella strategia di contenimento, ne avevamo discusso a lungo anche qui. Non era soltanto un problema nostro, poteva capitare a qualunque altro Paese, in questo abbiamo avuto sfortuna.

Se il superdiffusore britannico anziché andare in uno chalet sulle Alpi avesse fatto una settimana di riunioni d'affari in giro per la Francia o il Regno Unito, magari viaggiando in treno, probabilmente avrebbe creato una situazione analoga.


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Appunto, ho scritto che tutti avevano questo problema e se ne sono resi conto solo quando è stato individuato il focolaio italiano, spingendoli a correre ai ripari.

Ma in questi casi basta veramente poco per fare la differenza tra una situazione già esplosiva e una ancora gestibile. Basta che il contagio da noi sia partito una settimana prima, oppure che sia partito da un superdiffusore che ha sparso il contagio tra 10-20 persone in un colpo solo, realizzando in un solo passaggio il numero di contagi che normalmente si raggiunge in 3-4 passaggi. Gli altri Stati europei hanno avuto la fortuna di poter imparare da quello che è successo da noi ed evitare che si creassero situazioni analoghe.

Statisticamente le prime due settimane in cui si sviluppa un focolaio hanno una forte variabilità, può crescere con estrema rapidità o rimanere contenuto in maniera completamente casuale, come una scintilla in un prato secco: qualche volta si spegne, qualche volta avvia un piccolo fuoco che cresce lentamente, qualche volta cade in un punto particolarmente ricco di erba secca e divampa con violenza.

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Guarda, io rimetto in evidenza le tue considerazioni. E per me restano contradditorie.
Da un lato abbiamo i primi casi tra 8 e 10 febbraio in UK, Germania, e Francia e le misure di contenimento funzionano.

Poi arriva il focolaio italiano e corrono ai ripari? E come fai a quel punto? Se un focolaio è presente a quel punto puoi semplicemente rilevarlo come è stato fatto in Italia. Ribadisco poi ciò che dice il primario di Codogno: forzati i protocolli, che o sono italiani, o molto più verosimilmente quelli dell'OMS.
E qui torniamo ai focolai più o meno grandi che "necessariamente" devono essere presenti in Europa. Altrimenti è sfiga nera, altro che gravissimo buco. IMHO.