Originariamente Scritto da
burian br
Ringrazio @
snowaholic per avermi fornito l'abero filogenetico. Passiamo ad analizzarlo.
La porterò per le lunghe, ma le conclusioni che si possono trarre sono interessanti, e inviterei a ricercare qualche fonte giornalistica per verificare quanto sto per sostenere deducendolo dai vari rami.
Il caso isolato in Italia (Lombardia, da Mattia alias pz 1 di Codogno) appartiene a uno dei rami europei.
Fondamentalmente in tutta Europa, ma anche in Brasile e Messico (se non ricordo male casi importati dall'Italia, tenendo conto anche della data dell'isolamento [25/02], e quindi ciò spiegherebbe l'appartenenza di questi virus al ceppo europeo), i virus isolati appartengono allo stesso clade o ramo filogenetico.
Andando a trovare fonti giornalistiche, sono sicuro che saranno tutti casi collegati all'Italia in qualche modo, anche perchè successivi. Mi colpisce che i virus tedeschi e svizzeri, ma anche quello finlandese e messicano, siano tutti mutati rispetto a quello italiano, con cui condividono il resto del genoma. La mutazione riguarda anche alcuni amminoacidi (che poi è la cosa che ci interessa davvero), e il virus più differente è quello isolato in Finlandia il 25 Febbraio. Si trattava di una donna che aveva viaggiato in Italia. Mi viene da pensare sia dunque un ulteriore step evolutivo del virus italiano, che ricordiamo ha infettato il paziente 1 di Codogno verso il 15 Febbraio, quindi 10 giorni prima.
Allegato 522242
La cosa più interessante è questa
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Il virus italiano (e quindi europeo) ha un antenato: è il virus isolato in Germania il 28 Gennaio, e direttamente importato dalla Cina. Questo virus è all'origine del clade europeo. Il nonno se vogliamo. E' questo virus che poi, mutando, ha infettato l'Italia e l'Europa. E' così perchè condivide alcune mutazioni di base con il clade europeo, che intanto ne ha accumulate altre in un mese. La mutazione chiave risale a poco prima del 10 Gennaio.
Allegato 522243
Il virus dunque non sarebbe arrivato in Italia, ma in Germania. E in qualche modo sarebbe poi giunto qui.
O, in alternativa, i turisti cinesi hanno portato questo tipo di virus nei loro viaggi in Europa. Sinceramente una strana coincidenza...infatti il ceppo isolato dal superdiffusore inglese (quello dello chalet alpino) non ha nulla da spartire con quello europeo!
Personalmente propendo per una terza ipotesi: la mutazione "europea" viene fatta risalire al periodo 9-24 Gennaio. Ma il virus dl 28/01 isolato in Baviera è precedente quella mutazione. Esso risale al famoso caso del paziente tedesco della Webasto, infettato da una collega cinese:
Human-to-human transmission of Wuhan virus outside of China, confirmed in Germany, Japan and Vietnam - The Online Citizen
La donna aveva contratto il virus attorno al 10-15 Gennaio. La mutazione all'origine del clade europeo risale proprio a quel periodo
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La mia ipotesi è questa: la donna ha infettato qualche passeggero europeo, probabilmente italiano, che ha portato poi con sè il virus in Italia. Oppure la donna o l'uomo hanno trasmesso il virus a qualche italiano a Monaco di Baviera.
Il virus della donna si è trasmesso al bavarese della Webasto, ed essendo passato solo da lei a lui, non ha subito mutazioni quando è stato isolato il 28/01.
Lo stesso virus invece, circolando tra le persone in Italia, ha avuto modo di replicarsi e accumulare mutazioni e mutazioni.
Il ceppo italico è il genitore di quelli europei, che discendono da esso. Manca però il ceppo francese dell'Oise, che non pare avesse contatti con l'Italia.
E' l'ipotesi per me più attendibile, perchè sarebbe davvero una coincidenza bizzarra che il virus italiano provenisse proprio dallo stesso ceppo cinese del virus tedesco. Ma è possibile. E sarebbe perfettamente in linea con i miei calcoli che vedono l'origine dell'infezione in Italia proprio attorno al 20-25 Gennaio.
E' parzialmente confermata da questa immagine:
Allegato 522244
Si vede bene come "dalla Cina" sarebbe arrivato un ceppo simile prima a Monaco, e poi a Zurigo. Questo lo ritengo errato, personalmente, perchè in realtà è stato isolato da italiani, rintracciando le fonti giornalistiche. E' evidente anche dai collegamenti con la Finlandia e il Brasile che sono stati gli italiani a portarlo, quindi non so perchè metta al centro Zurigo...
Ora, dico io: possibile che lo stesso ceppo sia arrivato in Europa due volte quando in USA ci sono ceppi sempre diversi e quando in Francia era già arrivato un altro?
Io credo invece che il virus di Monaco (cronologicamente e geneticamente precedente!) sia all'origine del virus europeo.
Venendo all'aspetto fenotipico, cioè sulla "pericolosità", personalmente non credo cambi molto. Il ceppo coreano discende da un ramo che è il più vicino a quello europeo.
Quest'ultimo presenta mutazioni puntiformi in 4 nucleotidi, in posizione 241, 3037, 23403, 14408.
I nucleotidi 241 e 3037 appartengono al gene ORF1a, che serve per la replicazione del virus e la formazione delle proteine:
PP1a - Orf1a polyprotein - Human SARS coronavirus (SARS-CoV) - PP1a gene & protein
Il nucleotide 14408 appartiene alla sequenza ORF1b, che pare nel
Cov della SARS fungesse da serratura per consentire il legame al DNA degli enzimi necessari per la replicazione del genoma virale:
Coronaviruses usually express pp1a (the ORF1a polyprotein) and the pp1ab polyprotein which joins ORF1a and ORF1b. The polyproteins are then processed by enzymes that are encoded by ORF1a.
L'ultimo nucleotide appartiene alla sequenza "S", che forse codifica per la proteina Spike? Quella che lega ACE2?
Il virus coreano è ancora quello isolato il 6 Febbraio e non c'entra con la setta cristiana, dunque attendo la pubblicazione di un nuovo genoma virale coreano.
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