Nuovo Virus Cinese

[burian br]

Letalità inferiore all'1% in Paesi con mille o più casi:
("Paese: casi, decessi (letalità, in ordine crescente)")

Qatar: 16191, 12 (0,07%).
Singapore: 18778, 18 (0,10%).
Gibuti: 1116, 9 (0,18%).
Bahrain: 3533, 8 (0,23%).
Hong Kong: 1041, 4 (0,38%).
Oman: 2637, 12 (0,46%).
Uzbekistan: 2189, 10 (0,46%).
Guinea: 1710, 9 (0,53%).
Islanda: 1799, 10 (0,56%).
Bielorussia: 17489, 103 (0,59%).
Ghana: 2719, 18 (0,66%).
Arabia Saudita: 28656, 191 (0,67%).
Kazakistan: 4049, 29 (0,72%).
Kuwait: 5278, 40 (0,76%).
Senegal: 1271, 10 (0,79%).
Emirati Arabi Uniti: 14730, 137 (0,93%).
Russia: 145268, 1356 (0,93%).

Inizio a sospettare che la Russia, al di là del voler contenere l'epidemia, stia facendo test a più non posso per non uscire dalla tua speciale classifica
Ne erano usciti tre giorni fa e da quel giorno test a manetta e ci sono tornati dentro

[Perlecano]

Inizio a sospettare che la Russia, al di là del voler contenere l'epidemia, stia facendo test a più non posso per non uscire dalla tua speciale classifica
Ne erano usciti tre giorni fa e da quel giorno test a manetta e ci sono tornati dentro

vero, sicuramente hanno detto "se Perlecano non ci nomina più, per la nostra nazione è una sconfitta che allunaggio degli americani levati proprio".

[burian br]

A proposito di Russia, hanno pubblicato ben 171 genomi, quindi possiamo ben ricostruirne l'albero genealogico

Anche per loro, come vi avevo anticipato nei giorni scorsi, l'unico ceppo diffuso è quello europeo/occidentale.
Questo ceppo ha praticamente conquistato New York e la East Coast, l'Europa, la Russia e il Sud America!

Screenshot_2020-05-05 Nextstrain ncov global.png

La variante più isolata tra i virus del ceppo europeo è quella della parte bassa della prima metà del grafico. E' anche la variante più diffusa nel nostro Paese.
Possiamo risalire all'introduzione del virus in Russia ai primi di Marzo. Il virus isolato più precocemente era dell'11 Marzo. Saranno avvenute sicuramente introduzioni multiple a opera di altri europei.

[burian br]

Altra curiosità genomica.

Come abbiamo detto, il ceppo newyorkese è un ramo del virus europeo di origine francese-belga.

In realtà, c'è un'altra storia molto interessante e articolata che si può scoprire dall'analisi filogenetica!

Dalla regione francese oltre al ceppo newyorkese nasce anche un secondo meno rappresentato (in apparenza) ceppo che si sviluppa non a New York principalmente, ma in generale in varie zone degli Stati Uniti orientali: lo ritroviamo in Ohio, Pennsylvania, New Jersey, anche New York. Non è tuttavia molto diffuso, circola in generale negli USA orientali.

Ebbene: da quell'area origina un ceppo che però affonda le sue nuove radici...in Turchia!
Qui ha trovato terreno fertile, perchè ha avuto modo di svilupparsi ed evolversi, visto che troviamo altri virus turchi.
Troviamo anche, nel ramo turco, un virus egiziano, uno dell'Arabia Saudita, un sotto-ramuscolo finlandese, e addirittura ha dato vita a un piccolo ramo indiano!

Un virus che si comporta da Alessandro Magno, spostandosi verso oriente, e addirittura fondando un ulteriore ramo in India.

Screenshot_2020-05-05 Nextstrain ncov global(1).png

Vedete?
Il rosso sono gli USA, in blu la Turchia e in blu scuro tendente al violaceo l'India.

Praticamente qualche francese è andato in USA, e qualche americano è andato poi in Turchia, e qualche turco in India.
E se consideriamo che a sua volta quel ramo originava in Italia, dopo che una donna cinese di Shanghai aveva ricevuto i genitori di Wuhan prima di partire per la Baviera...viene da dire solo una cosa: questo particolare virus ha fatto il giro del mondo in 80 giorni! E per davvero 80!

[burian br]

Ma in Medio Oriente gira anche un altro ceppo, forse più rappresentato:

Screenshot_2020-05-05 Nextstrain ncov global(2).png

Questo è un ramo prettamente asiatico. Nella parte superiore vedete colori meno bluastri, giallini o verdognoli. Quello è il sottoramo europeo, che include anche i virus dei cinesi dello Spallanzani. E' diffuso in Inghilterra e Galles.
Questo ramo è nato in Cina e si è sviluppato in Cina.

E' mutato davvero poco, segno che ha circolato poco. Si ritrovano molti virus isolati in Giappone o in Cina a Gennaio ancora (prima linea verticale, la più a sinistra, sono i genitori).
Nel ramo centrale, potete vedere colori più azzurri. Sono virus isolati in Turchia, India, Australia e Nuova Zelanda. Ma circola in tracce, in apparenza. Ipotizzo sia il ramo di diretta correlazione al virus presente in Iran. Non sappiamo il ceppo iraniano, ma sappiamo che alcuni australiani e neozelandesi si sono infettati lì, e non è un caso che i virus neozelandesi e australiani appartengono proprio al ramo centrale. Così come che virus di quel ceppo siano stati isolati con nazioni confinanti quali Georgia, Turchia e India .

Battezzerei dunque quel ramo come "ceppo iraniano-oceanico". Oceanico per riferirmi all'Oceania.

[verza81]

Molti citano la Danimarca come esempio.
Qui i casi non stanno più diminuendo da quando hanno riaperto, ma proseguono al ritmo di un centinaio e passa al giorno.

I morti sono aumentati negli ultimi giorni (come media mobile) ma parliamo di poco, troppo poco per dire sia un'inversione di tendenza.

Dai dati danesi direi che R0 si mantiene sull'1/1,1. Una crescita lenta.

Denmark Coronavirus: 9,670 Cases and 493 Deaths - Worldometer

Non è vero dai, I casi sono in diminuzione costante, anche se lenta.
Che poi dipende sempre dal numero di tamponi fatti.
È lì il lockdown è stato veramente soft e breve. Screenshot_20200505_051854_com.android.chrome.jpg

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[verza81]

Sì e si sono messi a testare più del doppio rispetto a prima:

Immagine



In verde il numero di test, in arancione i positivi; la linea rossa è la % di positivi sul totale.
Tutto sommato considerate le riaperture, un non-aumento dei nuovi casi non mi pare affatto una notizia negativa. Ormai sono passati anche 20 giorni, gli eventuali effetti si dovrebbero già essere visti.

Ecco appunto, come scrivevo.
Contagiati in lento calo, nonostante il forte incremento del numero dei tamponi.
È % positivi ormai prossima allo 0%

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[AbeteBianco]

O si fanno lockdown alternati o il contact tracing.

Il virus tornerà, dipende solo da quale velocità.

Per la Svizzera, ho provato a fare dei calcoli sulla base dei dati a disposizione. Dovremmo avere avvisaglie di qualcosa nei morti (che riprenderebbero ad aumentare) entro un mese. Sempre inizio Giugno.
Scenario con R0 a 1,3 sempre usando le mie stime.

Il contact tracing porta anche aspetti di protezione dei dati personali da chiare, non è tutto facile come sembra.
Come detto tante volte, non che che dato che esiste il virus poi è giustificato fare di tutto e di più.
In Svizzera hanno detto che in questa crisi ogni giorno se ne vanno 500 milioni di franchi o euro, se non si prova ad allentare per paura di un’ipotetica seconda ondata, non può funzionare. Non si deve avere paura.
Vedremo se e cosa arriverà, senza nessuna misura e consapevolezza di base la prima è stata tamponata nella maggior parte dei casi, per la seconda si parte avvantaggiati e l’obbiettivo resta quello di evitare un collasso sanitario.
È illusorio pensare di azzerare del tutto il coronavirus, anche se dovesse riprendere.

[burian br]

Non è vero dai, I casi sono in diminuzione costante, anche se lenta.
Che poi dipende sempre dal numero di tamponi fatti.
È lì il lockdown è stato veramente soft e breve. Screenshot_20200505_051854_com.android.chrome.jpg

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Ecco appunto, come scrivevo.
Contagiati in lento calo, nonostante il forte incremento del numero dei tamponi.
È % positivi ormai prossima allo 0%

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Continua il calo, ma sulle fonti ufficiali danesi (nell'articolo il link del loro istituto sul controllo delle malattie infettive) R0 passato da 0,6 a 0,9 con l'apertura di sole scuole elementari e asili:

Rate of infection spread in Denmarck 'higher since schools opening'

[burian br]

Il contact tracing porta anche aspetti di protezione dei dati personali da chiare, non è tutto facile come sembra.
Come detto tante volte, non che che dato che esiste il virus poi è giustificato fare di tutto e di più.
In Svizzera hanno detto che in questa crisi ogni giorno se ne vanno 500 milioni di franchi o euro, se non si prova ad allentare per paura di un’ipotetica seconda ondata, non può funzionare. Non si deve avere paura.
Vedremo se e cosa arriverà, senza nessuna misura e consapevolezza di base la prima è stata tamponata nella maggior parte dei casi, per la seconda si parte avvantaggiati e l’obbiettivo resta quello di evitare un collasso sanitario.
È illusorio pensare di azzerare del tutto il coronavirus, anche se dovesse riprendere.

Hai visto le proiezioni svizzere ufficiali. Non sono io a inventarmi seconde ondate...
Ho solo dato i tempi entro cui dovrebbe iniziarsi a vedere qualcosina, ma a molti parrà impercettibile perchè si tratta di numeri bassi.
Probabilmente accadrà, ma non so a quale velocità. Se sarà un aumento brusco anche se non come quello iniziale, o un dolce incremento spalmato in mesi.

Per il contact tracing basterebbe sapere la posizione GPS di ognuno in ogni istante della giornata, così che all'occorrenza con un database si sappia dove il positivo è stato nelle due settimane precedenti, e si avvisino eventuali persone che si trovavano in quei luoghi con lui.
Non so quali dati sensibili si rischiano in questo modo, nè in verità so come stiano agendo i governi di varie nazioni...