Nuovo Virus Cinese

[nevearoma]

@burian_br, è uscito il pre-print dello studio dell'ISS sulle tracce di virus nelle acque reflue:

https://www.medrxiv.org/content/10.1...061v1.full.pdf

[burian br]

Diciamo che l'Europa in questo momento sta vivendo un periodo a se col COVID, arrivato inanzitutto un pò prima ma ASSOLUTAMENTE perchè la stragrande maggioranza degli Stati ha fatto un lockdown o una sorta di quarantena come si deve, quindi vedere l'andamento mondiale del COVID-19 non è che ci dia un'idea chiara della cosa, il problema riguarda gli spostamenti in verità, ma c'è da dire che se dovessero esserci spostamenti di massa tali da riportare intensi focolai anche qui, dubito che la situazione possa tornare a essere quella di prima.

Poi il problema principale rimane la totale inutilità di suddetti dati: ma saremo ad almeno 200-300 MILIONI di casi arrivati ormai, pensando a quanto avviene in Asia o America Latina.

Non esageriamo...se fossimo a 200-300 milioni di casi, con appena 600mila morti, il tasso di mortalità sarebbe dello 0,5-0,7%. Poco più di un'influenza. Tra l'altro un simile tasso di mortalità si scontrerebbe con i dati persino del Guayas in Ecuador, dove i sierologici evidenziano un 40-50% della popolazione infettato e uno 0,6-0,8% di mortalità. E in Ecuador il 90% della popolazione ha meno di 50 anni.

Nella realtà saremo a 50 milioni di casi, al massimo 100 milioni riservando dei dubbi circa la reale situazione in alcuni paesi quali India e Iran, ma per me la stima più realistica resta i 50 milioni

[burian br]

Io mesi fa ho visto un servizio di Skynews UK che spiegava come le comunità di ebrei più ortodossi (avete presente quelli che si vestono di scuro dalla giacca al cappello largo, tutti con barba lunga...??) hanno categoricamente rifiutato le regole di distanziamento e le mascherine perché contrario a qualche loro principio religioso.
Continuavano a fare funzioni religiose e a frequentarsi per strada in assembramenti e mercati e facevano resistenza alle forze dell'ordine, che a quel punto li han lasciati stare all'interno dei loro "ghetti", controllandone gli spostamenti verso l'esterno.

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Leggevo che in Israele hanno acconsentito a cerimonie funebri e matrimoni fino a 250 persone. Potrebbe questo aver innescato qualcosa?

E' davvero difficile comunque dirlo con sicurezza. In USA le proteste non paiono aver giocato un ruolo importante nell'aumento, pur avendo coinvolto decine di migliaia di persone.
Insomma, è davvero complesso comprendere i fattori che più hanno pesato.

[Gio83Gavi]

@burian br, non so se avevi gia' letto questo articolo, che posto:

This coronavirus mutation has taken over the world. Scientists are trying to understand why.

L'originale purtroppo e' del Washington Post e non e' editabile in toto, pero' da quel che leggo pare che un virologo abbia scoperto una modifica piuttosto importante nella struttura del virus a partire da maggio
Sembra che sia variato uno degli amminoacidi che codifica la proteina "spike", mutando dall'acido aspartico alla glicina (da "D" a "G"): alcuni pensano che la cosa incida su un cambiamento di infettivita' del virus.
Se ho un attimo provo a trovare l'articolo integrale

[burian br]

@burian_br, è uscito il pre-print dello studio dell'ISS sulle tracce di virus nelle acque reflue:

https://www.medrxiv.org/content/10.1...061v1.full.pdf

Grazie!


L'ho letto rapidamente. Dedica quasi 10 pagine a descrivere i metodi con cui hanno isolato l'RNA e lo hanno amplificato con la PCR, e poi ne dedica altre 10 per discutere dei risultati.
Praticamente cita tutto quel che sappiamo dai giornali per dare manforte all'ipotesi che circolasse da Dicembre: lo studio sui donatori di sangue in Liguria e Milano, le polmoniti anomale a Torino e dintorni di Milano tra Ottobre e Dicembre 2019 (più numerose di quelle tra Ottobre e Dicembre 2018), e passa a parlare del caso francese di Dicembre o di un caso post-mortem in USA il 6 Febbraio.
Chissà però perchè non cita le analisi genetiche e il database mondiale. Si limita a farlo solo per dire che "ci sono state introduzioni multiple", e cita lo studio di Zehender e Galli sull'origine tedesca senza però citare quest'ultimo particolare, ma solo per dire che "altri studi dimostrano che ha circolato non identificato e tracciato per settimane".
Poi cita altri studi sulle acque fognarie che "dimostrano la presenza del virus" condotti a Barcellona o in giro per altri paesi.

Insomma, diciamo che è un pochino autoreferenziale, e non parla del database genomico cercando, quanto meno, di inserire questa scoperta nell'ambito delle analisi genealogiche sui genomi virali.

Mi ha lasciato parzialmente interdetto che su 40 campioni, analizzati con diverse metodiche per rintracciare RNA virale, abbia ottenuto 26 campioni positivi secondo una metodica, e 18 campioni positivi secondo un'altra metodica. Solo 15 i campioni positivi secondo entrambe. Si sono concentrati dunque su questi.
Un risultato del genere mi pare un po' anche frutto di un test non così specifico (anche se lo vogliono far passare per un metodo efficiente), quanto meno per le metodiche utilizzate. In teoria hanno identificato unicamente geni di SARS-CoV2, anche se non specifica quali geni e quanti geni, se solo uno o più geni per campione (come fecero invece in Belgio).
A proposito della scarsa specificità, hanno trovato anche un campione negativo a Febbraio a Bologna, quando i precedenti erano positivi.

In ogni caso, solo 8 i campioni raccolti a Torino, Bologna e Milano prima del 21 Febbraio. I più "antichi" sono due campioni per Torino e Milano datati 19 Dicembre, mentre a Bologna un campione datato al 29 Gennaio.


Questo è quel che ho letto. Diciamo che nelle metodiche si sono troppo concentrati sulla tecnica, e poco a domandarsi se il metodo è efficiente nel rilevare il virus. Almeno mi ha dato quest'impressione.
Non sono stato colpito positivamente dal fatto di non aver tentato quanto meno di inserire questo dato nell'ambito di studi genomici, nè si è detto a quale quota della popolazione infettata potesse corrispondere quei livelli identificabili di virus nelle acque fognarie.

[burian br]

@burian br, non so se avevi gia' letto questo articolo, che posto:

This coronavirus mutation has taken over the world. Scientists are trying to understand why.

L'originale purtroppo e' del Washington Post e non e' editabile in toto, pero' da quel che leggo pare che un virologo abbia scoperto una modifica piuttosto importante nella struttura del virus a partire da maggio
Sembra che sia variato uno degli amminoacidi che codifica la proteina "spike", mutando dall'acido aspartico alla glicina (da "D" a "G"): alcuni pensano che la cosa incida su un cambiamento di infettivita' del virus.
Se ho un attimo provo a trovare l'articolo integrale

Sì Gio , lo avevo segnalato circa un mese e mezzo fa @snowaholic.
Prima era una "ipotesi" ma ormai vedendo in giro anche genetisti che si stanno occupando del virus (profilo Twitter di Trevor Bedford ad esempio) pare sia diventata un fatto.

Quella mutazione rende più efficiente il legame tra proteina Spike e recettore ACE2 sulla cellula umana, facilitando così l'infezione.
Ahimè è proprio la mutazione avvenuta per la prima volta in quella donna di Shanghai, e che comunque si riscontra nel virus diffusosi in Italia, Europa, Nord e Sud America...ha conquistato il mondo.

Questo quel che so, ma se ci sono novità che hanno cercato di analizzare meglio la questione sarebbe interessante.

[burian br]

In Svizzera 116 casi.

Record di nuovi casi in un giorno in Indonesia: +1624 (tot. 59.394). +53 morti (tot. 2987).

Nuovo record anche in Kazakhistan, con +1509 casi (tot. 42.574).

In Europa, l'Austria scende a +68 casi, mentre la Romania sale a +450 casi, uno dei valori giornalieri più alti da inizio pandemia nel paese.
82 casi in Albania, 13 in Slovacchia e 21 in Slovenia.

[nevearoma]

Non sono stato colpito positivamente dal fatto di non aver tentato quanto meno di inserire questo dato nell'ambito di studi genomici, nè si è detto a quale quota della popolazione infettata potesse corrispondere quei livelli identificabili di virus nelle acque fognarie.

Quello che penso anche io.

Questo studio a pagina 5 fornisce una possibile stima della relazione tra carica virale e numero di persone infette:
https://www.medrxiv.org/content/10.1...540v1.full.pdf

Si potrebbe fare una proporzione ma al momento ho la testa troppo fusa, quindi in caso lascio l'onore a te.

[wtrentino]

Trump scopre la mascherina

Per mesi ha resistito e non ha mai indossato la mascherina in pubblico, ma ora, un giorno dopo le considerazioni dei legislatori repubblicani, il presidente degli Stati Uniti ha cambiato opinione e ha dichiarato a Fox Business che la mascherina gli piace, perché lo fa assomigliare a "Lone Ranger" (personaggio della cultura popolare americana, nato da un programma radio e poi protagonista di una serie tv, in italiano "Il cavaliere solitario").

"Sono del tutto favorevole alle mascherine - ha aggiunto Trump - penso che siano una cosa buona e le persona hanno visto che anche io la indossavo". Il cambio di rotta del presidente è arrivato un giorno dopo il pronunciamento dei legislatori del partito Repubblicano che avevano suggerito che il comandante in capo indossasse la mascherina per dare il buon esempio agli americani.


LO ASPETTAVO AL VARCO...."ridevo sotto i baffi" da Marzo (per quanto si potesse ridere, era più rabbia la mia) a sentire tutte le pataccate che diceva e le sottovalutazioni continue presenti nei suoi discorsi. Ora che ha perso 15 punti nei sondaggi da Biden forse gli è venuto in mente che è meglio dare le giuste indicazioni al paese. Chissà che non reintegri Fauci nella task force e non si rimetta a fare conferenze stampa periodiche con indicazioni ora corrette.

Ma solo a me sembra di avere a che fare con un bambino di 5 anni a leggere i suoi discorsi?


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[Dream Designer]

Non esageriamo...se fossimo a 200-300 milioni di casi, con appena 600mila morti,

Perché tu parti sempre dal presupposto che i paesi abbiano adottato misure e criteri di conteggi uguali ai nostri ma ti pare che in un paese come l'india, per esempio, non abbiano perso per strada migliaia di vittime non contate come morti da COVID-19 ? Essì, cambia molto la logica fra 100 e 200-300 ml (che ho sparato a caso, per inciso) ...