Nuovo Virus Cinese

[Davide1987]

Molise +121
4 morti
Tamponi 805
Ricoveri =
-1 ti
Guariti 67

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[Unlimited]

Allegato 543023

Letalità al Covid-19 in Piemonte, notare le differenze tra le varie Province.

Alessandria 7,65%
Biella 6,31%
Asti 5,72%
Vercelli 5,60%
Novara 5,44%
Verbano-Cusio Ossola 4,35%
Cuneo 3,40%
Torino 3,40% (l'avreste detto?)

Nella prima ondata la provincia di Alessandria era stata quella più colpita, quando ancora si facevano pochi tamponi e quindi la letalità apparente risulta molto più alta. In questa seconda ondata invece il torinese risulta più colpito, ma si fanno anche molti più tamponi rispetto a prima.

[Gianni78ba]

Può darsi, però le mie perplessità nascono dal fatto che se davvero quello è stato il livello raggiunto significa che il virus si sta propagando nel restante 35-40% di popolazione mai infettata, ma in teoria se si fosse raggiunta l'immunità di gregge ciò non dovrebbe succedere (a meno che non sia ancora più alta la soglia, il 70-80% che francamente mi sembra esagerato). Quindi vuol dire che si stanno reinfettando anche coloro che hanno perso gli anticorpi.
Ma allora perchè non si trovano casi di reinfezione a Manaus? E' vero che hanno individuato una misera parte del totale dei contagiati nella prima ondata, ma dovremmo essere ormai a conoscenza di qualche caso di reinfezione...

Personalmente sto giungendo a mettere in dubbio lo studio. E' come se qualcosa non mi tornasse...

Covid, 1 guarito su 5 di nuovo positivo dopo una settimana - Tgcom24

è stato postato stamattina penso

[Davide1987]

#veneto 13/11 h17
Diagnosi 779
(Ieri 1260)
Guariti 232
Decessi 3

R/ cfr h 8.00
︎Positivi
t.i +3 tot222
ord.+6 tot1837
︎Negat
t.i = tot8
ord +3 tot119

I.D.21271(12116 pos)

Positivi 57832

06/11 h17
+1075

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[Matëlmaire]

Nella prima ondata la provincia di Alessandria era stata quella più colpita, quando ancora si facevano pochi tamponi e quindi la letalità apparente risulta molto più alta. In questa seconda ondata invece il torinese risulta più colpito, ma si fanno anche molti più tamponi rispetto a prima.

Corretto, anche se credo che il salto maggiore sia stato quello della Pruvincia Granda. La letalità alessandrina rimane comunque parecchio alta, così come quella di Biella.

[Simotgl]

Cos'è che si diceva ultimamente della Svezia?

Non mi sembra così messa bene..parlo solo di numeri e andamento, non voglio riaprire la diatriba.

Cattura.JPG


L'articolo enfatizza troppo, come al solito, ma almeno dà dei numeri di confronto coi confinanti scandinavi.
Covid Svezia, senza lockdown arriva la seconda ondata di Coronavirus- Corriere.it

[nevearoma]

Cos'è che si diceva ultimamente della Svezia?

Non mi sembra così messa bene..parlo solo di numeri e andamento, non voglio riaprire la diatriba.

Cattura.JPG


L'articolo enfatizza troppo, come al solito, ma almeno dà dei numeri di confronto coi confinanti scandinavi.
Covid Svezia, senza lockdown arriva la seconda ondata di Coronavirus- Corriere.it

E però non la riaprire, perché se mi posti un articolo del genere

[snowaholic]

Può darsi, però le mie perplessità nascono dal fatto che se davvero quello è stato il livello raggiunto significa che il virus si sta propagando nel restante 35-40% di popolazione mai infettata, ma in teoria se si fosse raggiunta l'immunità di gregge ciò non dovrebbe succedere (a meno che non sia ancora più alta la soglia, il 70-80% che francamente mi sembra esagerato). Quindi vuol dire che si stanno reinfettando anche coloro che hanno perso gli anticorpi.
Ma allora perchè non si trovano casi di reinfezione a Manaus? E' vero che hanno individuato una misera parte del totale dei contagiati nella prima ondata, ma dovremmo essere ormai a conoscenza di qualche caso di reinfezione...

Personalmente sto giungendo a mettere in dubbio lo studio. E' come se qualcosa non mi tornasse...

Su questo hai assolutamente ragione, anche secondo me è evidente che quel numero sia sovrastimato. Il difficile è capire quanto sia sovrastimato, la mortalità sembrava più coerente con un 40-50% di prevalenza rispetto al 66% di quello studio.

Se fosse del 50% potremmo ipotizzare un 45% di popolazione immune visto che una discreta quota dei casi più lievi non sviluppano anticorpi (e difficilmente una reinfezione tra questi verrebbe individuata).
Se ipotizziamo un R0 di 2,5 con 45% di immuni si scende ad un Rt di 1,38, più che sufficiente a generare focolai anche di dimensioni considerevoli nelle zone o nei gruppi sociali con minore prevalenza, anche in presenza di blande misure di contenimento.

L'andamento degli ultimi mesi mi sembra abbastanza coerente con uno scenario di questo tipo, più che con uno di bassa prevalenza in cui sarebbe probabile una crescita esponenziale, per quanto molto più lenta rispetto a primavera.

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[simo89]

Facciamo un nuovo quiz, tipo ruota della fortuna: la tua regione domani sarà gialla, arancione o rossa?
Un quiz a premi, con Fiorello che va Mike Bongiorno.

Perchè no, tanto...se i provvedimenti vengono presi così alla cazzo di cane

[Gio83Gavi]

... uno studio "preprint" anche su Nature:

The circulating SARS-CoV-2 spike variant N439K maintains fitness while evading antibody-mediated immunity | bioRxiv

Da prendere con le molle, ma sembrerebbe che una recente mutazione notata nel recettore di legame possa favorire la "fuga" del virus da un gruppo di anticorpi monoclonali.
Insomma non benissimo, si aspetta una versione un po' più dettagliata del documento

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Torno un attimo su questo discorso... La mutazione incriminata, come si dice nell'articolo, è stata riscontrata in 12 paesi europei e da ottobre tale mutazione presente nel recettore è la seconda più diffusa al mondo.
Nell'articolo, infatti, si fa riferimento a Belgio, Inghilterra, Germania, Irlanda, Galles, Irlanda del Nord, Norvegia, Nuova Zelanda, Usa, Romania, Scozia e Svizzera:

F2.large.jpg

Nell'immagine "B", in cui si vede il periodo di campionamento, è evidente come questa mutazione abbia interessato in modo particolare il Regno Unito... Con in testa l'Inghilterra, la Scozia e il Galles.
Io ho provato a ricercare la mutazione incrociando i dati sul sito GISAID ma i risultati che ho ottenuto sono un pò diversi , la mutazione con l'acquisizione della Lisina (K a seguito di 439) è presente nei paesi contrassegnati dal tracciato giallo e dallo spicchio di torta gialla:

Mutazione.jpg
In pratica, mi sono saltate fuori alcuni paesi in più come la Repubblica Ceca, la Svizzera e la Danimarca.
Comunque, i grafici a barre evidenziano appunto come il legame tra l'ACE2 e il recettore di dominio del virus sembrano molto migliorate con questa mutazione , tant'è che il grafico in questione rappresentante l'affinità di legame (banda verde) è più alto mentre il legame tra le due terminazioni potrebbe essersi meglio consolidato tramite un ponte:

F3.large.jpg

Qua di seguito, invece, si vede come la percentuale di neutralizzazione da parte degli anticorpi sia molto ridotta soprattutto se sono stati presi in esame le mutazioni N439K (banda blu) sia in percentuale (curv in alto) sia sul grafico a barre, dove in orizzontale ci sono tutti gli anticorpi monoclonali utilizzati... Si vede come, rispetto alla mutazione "D614G" gran parte di questi valori siano inferiori a "10 elevato alla 0", cioè pari a 1) a parte qualche caso sulla destra:

F5.large.jpg
Aggiungo un paio di considerazioni:

- questa mutazione "N439K", come si legge anche nell'articolo, è associata ad una carica virale leggermente inferiore rispetto a quella presente a seguito della mutazione "D614G" ed è stata riscontrata per la prima volta nei paesi del nord Europa;
- la lettera "K" a seguito del numero indica che è stato acquisito un atomo di "Lisina" e guardando un pò in rete ho notato che, in genere, la degradazione cellulare che porta all'acquisizione di questa sostanza è associata alla mutazione dei virus da forma "pandemica" a forma "influenzale stagonale"... Mi pare che la cosa fosse già stata notata nel 2009 da un gruppo di scienziati in presenza del virus della suina (H1N1?) e che subì questa mutazione:


amminoacidi.jpg

Da virus dell'influenza pandemica a stagionale: identificate le 4 mutazioni responsabili Universita Vita-Salute San Raffaele

- la mutazione in questione è particolarmente importante perchè interessa proprio la regione del dominio "RDB" che è quella più "sensibile" al legame tra la ACE2 e il virus, mentre la mutazione "D614G" interessò una zona fuori dal recettore di legame ... Spero di sbagliarmi e spero che lo studio sbagli, ma temo che questa mutazione potrebbe rendere piuttosto problematica l'efficacia di una eventuale terapia a base di vaccino o di anticorpi in quanto probabilmente sono stati studiati utilizzando un virus con recettore di legame "vecchio".
Non so @burian br cosa ne pensi, le mie sono considerazioni fatte anche un pò a ruota libera