Nuovo Virus Cinese

[barry]

Una riflessione su R0 della delta.
Stime eseguite in inverno suggerivano che in condizioni di verginità della popolazione, dove cioè il 100% degli abitanti non aveva mai contratto il virus né possedeva una forma di immunità, l'R0 stimato potesse essere anche più di 6.

Il vaccino abbatte la possibilità di contagio contro la delta, nel caso di Pfizer almeno per l'80% (prevenzione contro l'infezione, non contro l'ospedalizzazione che è più alta, ma che ai fini del discorso che stiamo eseguendo non ci interessa).
E' vero che "80% di efficacia vaccinale", come già più volte ripetuto, non è proprio la stessa cosa di dire che la possibilità di contagio è ridotta dell'80%, ma alla fine possiamo ritenere valida quest'affermazione.

Un abbattimento della possibilità di contagio dell'80% significa un abbattimento dell'R0 dell'80%, vale a dire che l'R0 da 6 diventerebbe appena 1,2.
Questo se tutta la popolazione (100%) fosse vaccinata, cosa che ovviamente non è. Con una popolazione vaccinata per l'80% l'R0 scende a 1,2 nella popolazione vaccinata (con un vaccino dell'efficacia dal contagio dell'80%), ma resta più alto tra non vaccinati anche se essendo le due popolazioni non segregate ma mescolate l'R0 tra i non vaccinati sarà enormemente più basso di quello che potrebbe essere. I non vaccinati infatti non vivono confinati in ghetti formando popolazioni parallele, ma sono integrati nella società e interagiscono con i vaccinati, per cui risentono dell'effetto benefico del contatto con tantissimi vaccinati.
Il calcolo sopra esposto indica come nella stagione più favorevole alla diffusione del virus, in specifico della variante delta, l'R0 pur abbondantemente crollato, resterebbe sopra 1, anche verso 1,5. Naturalmente ciò in una società senza più la benchè minima accortezza e forma di prevenzione, quale era la società pre-2020. Le accortezze, anche quelle minime, sono fondamentali, e abbattono R0 di quel che basta a tenere sotto controllo la crescita se non ad invertirla senza dover ricorrere a misure necessariamente drastiche quali il semaforo o i lockdown.
Al tempo stesso questo significa che:

1. nel semestre freddo, nonostante i vaccini, la curva epidemiologica è votata all'aumento, lento ma assolutamente prevedibile
2. l'aumento anche se prevedibile può essere rallentato (e persino scongiurato) con opportune misure di lieve/moderata entità, senza pesanti restrizioni
3. assistere all'aumento NON significa che i vaccini non funzionano, al contrario: senza i vaccini saremmo nella melma più assoluta!
4. valgono sempre, sulla curva epidemiologica, quei fattori già studiati un anno fa prima dell'avvento dei vaccini: densità abitativa, densità di contatti, sufficienza o meno delle misure, isolamento geografico, senza dimenticare il fattore casuale (alias chiulo senza h)

Come già si era scritto mesi e mesi fa, ad Aprile, ai primi vagiti della delta sulla scena europea, è possibile che in Italia e in Europa, nonostante l'alto tasso di adesione vaccinale, si possa incorrere nei prossimi mesi a locali e lievi/moderate restrizioni anche tra vaccinati. Si tratterà però, probabilmente, di misure nettamente meno drastiche e anche nettamente meno durature di quelle dello scorso anno, e ciò proprio grazie ai vaccini. Una terza dose potrebbe dare una mano ulteriore ad abbattere i contagi nelle fasce critiche degli over 50-60 che sono le classi che si sono vaccinate più mesi fa.

Quel che mi preoccupa è come la gente recepirà la cosa. Si è sempre detto che i vaccini sono la soluzione, ma l'italiano medio (e l'europeo medio, alla fine della fiera pare che gli italiani non siano più cretini del resto dell'Europa) capirà che le brevi e blande misure eventualmente riadottate non significano che il vaccino non funziona?
Mi auguro di sì.

Riprendo il post per segnalare la parte in grossetto riguardo alla popolazione non vaccinata: per la popolazione adulta vale quello che dici, per quella scolastica <12 no (almeno parzialmente). Nell'ambiente scolastico <12 c'è una concentrazione di persone non vaccinate e questo comporta il potenziale rischio di aumento di casi rapido. Per questo (oltre che la protezione dei bambini ovviamente), il controllo della situazione nelle scuole è cruciale.

[barry]

report UK sulle varianti e in particolare la nuova AY.4.2 (pubblicato venerdì)

https://twitter.com/kallmemeg/status...28430991937538

Sommario, con alcune sottolineature mie in grossetto. In pratica, conoscenza ancora parecchio limitate.


In summary:
1. AY.4.2. accounts for a slowly increasing proportion of cases in the UK. It is also present in multiple other countries on GISAID and is seen in travellers to the UK from a large number of countries. It is not clear where it originated or when.
2. This lineage has the mutations of Delta and AY.4, and in addition S: A222V and Y145H. These mutations are in the N terminal domain. They could plausibly be biologically significant but there is minimal laboratory evidence.
3. AY.4.2. appears to have a modestly increased growth rate compared to Delta. Growth rates are included here and similar findings were reported by another Variant Technical Group contributor using a different method. A high observed growth rate may be due to a biological change in the virus (transmissibility or immune escape) or to epidemiological context, such as being introduced into an area or population subgroup with high existing levels of transmission. It is still uncertain whether AY.4.2 is growing due to a biological difference.
4. The secondary attack rate for household contacts of cases with VUI-21OCT-01 was 12.4% (95% CI: 11.9% to 13.0%), higher than that observed for other Delta cases where it was 11.1% (95% CI: 11.0% to 11.2%). In non-household settings, the secondary attack rate was higher for VUI-21OCT-01 than other Delta cases, but this difference was not significant. No significant variation between regions was observed.
5. Based on these considerations and the high level of uncertainty, AY.4.2 was designated a new Variant Under Investigation, VUI-21OCT-01.
6. Preliminary epidemiology and some of the supporting data used in the VUI assessment are included in this report. In addition, comparative analyses of deaths, hospitalisation, and vaccine effectiveness have commenced and will be reported once available. Crude data on deaths and hospitalisations are included in this report for information but are not definitive analyses. Further severity and transmissibility modelling will be undertaken. Pseudovirus work has been initiated and residual biological materials are being cultured for live virus.
7. Lambda (C.37) and C36.3 have been de-escalated as of the 20 October 2021 to variants in monitoring.

[ale97]

Un possibile indizio è che in questi giorni l'aumento dei ricoverati non ha il solito ritardo dall'aumento dei casi. Tuttavia è anche possibile che l'aumento fosse già in atto e non rilevato.
Il cambio abbastanza brusco del numeri di tamponi complica un po' le cose.

Comunque le vaccinazioni più vecchie di 6 mesi (seconda dose) sono quasi esclusivamente personale sanitario e over-80. L'effetto dovrebbe quindi iniziare da queste categorie e in effetti ci sono delle indicazioni, anche se non proprio robustissime, di una calo di protezione in questi contesti.

Le indicazioni ci sono, ma quello che dico é che non puoi separare meccanicamente i due fattori per dire che é totalmente uno.dei due a causare l'effetto che vediamo. Magari la mancanza della terza dose incide per un 30% e la stagione per il 70% o anche il contrario, ma non vedo come si possa essere certi che con la terza dose per tutti passerebbe tutto come una bolla di sapone, ecco....secondo me é davvero difficile avere certezze.

Comunque, anche se si andasse verso un'altra dose per tutti, non vedo come i tempi non possano allungarsi come minimo fino a inizio primavera....di certo non vedremmo effetti netti immediati, insomma...

[barry]

qualche dato sulle reinfezioni da UK.
come ordine di grandezza, intorno all'1% dei casi.

https://twitter.com/kallmemeg/status...99718214696985

• 57,195 re-infections (to 3 Oct) • 300-350/day holding steady • no increase in re-infections in recent weeks • does not explain recent increase in cases

[burian br]

Riprendo il post per segnalare la parte in grossetto riguardo alla popolazione non vaccinata: per la popolazione adulta vale quello che dici, per quella scolastica <12 no (almeno parzialmente). Nell'ambiente scolastico <12 c'è una concentrazione di persone non vaccinate e questo comporta il potenziale rischio di aumento di casi rapido. Per questo (oltre che la protezione dei bambini ovviamente), il controllo della situazione nelle scuole è cruciale.

Certo, hai ragione, però vivono in un mondo controllato da chi è vaccinato quindi comunque alla fin fine rientrano in una categoria "protetta" dai vaccinati anche se in modo diverso da quello che intendevo

[Turgot]

Screenshot 2021-10-25 at 19-57-58 covid israel - Cerca con Google.png
Al 2 ottobre risultavano vaccinati con terza dose 3.2 milioni di israeliani con 19 casi di reazioni avverse gravi.

[burian br]

Lo dici tu.
Andare in un qualsiasi locale con obbligo di mascherina non ha alcun senso. E a me personalmente la mascherina pesa molto piu' di cose come il coprifuoco.

Punti di vista, a me la mascherina non fa né caldo né freddo, dopo un po' ti abitui. Io non ne parlerei come restrizione ma come accortezza. Anche indossare un preservativo non è il massimo, ma non ne parlerei come di una restrizione ma come accortezza.
Il senso del suo utilizzo, in questa fase interlocutoria tra pandemia ed endemia grazie all'uso dei vaccini è imprescindibile a mio parere.

Comunque credo che alla maggioranza della popolazione darebbe più fastidio il coprifuoco.

In generale la socialita', da sempre e in qualsiasi societa' umana, si basa anche sul vedere la faccia altrui e negarlo mi sembra onestamente un po' da sociopatici. :D

Vabbè dai, non esageriamo.
La mascherina non è il burqa, gli occhi e i capelli e le orecchie si vedono, inoltre non è che abbia tutto questo interesse di farmi vedere da chiunque in faccia a meno che non sia una tipa che vorrei rimorchiare (e magari vorrei vedere io lei anche).

Sia Belgio che Irlanda hanno un'incidenza ben piu' alta di quella tedesca e olandese. L'Irlanda ha il triplo dell'incidenza tedesca e il doppio di quella olandese, mentre il Belgio rispettivamente il doppio e quasi il doppio. Sempre il Belgio non solo ha piu' casi dei Paesi Bassi in valore assoluto, ma anche un tempo di raddoppio di una settimana circa (meno dei Paesi Bassi e della Germania); coi ritmi attuali raggiungera' a breve l'incidenza britannica.

L'Irlanda non è mai scesa seriamente da Luglio/Agosto, quando vedeva 2000 casi al giorno. La vicinanza all'UK è evidente in questo.

Sul Belgio devo darti ragione, l'incidenza è più alta però solo perchè ha meno abitanti. Purtroppo con la delta la velocità di crescita all'inizio è indipendentemente dal numero di abitanti.

Poi l'incidenza dipende anche dai test; la Germania ha in proporzione 3x o 4x volte i casi italiani ma 1.5x i morti, e' chiaro che in Italia c'e' una pesante sottostima.

In Italia dichiarano molti morti arretrati, poi sull'esistenza della sottostima concordo.
Non so fare il confronto con la Germania in quanto non esamino più i report tedeschi, dovremmo controllare gli ospedalizzati e chi va in TI, per capire se aumentano o no e paragonarli ai numeri italiani.

Sia in Italia che in Portogallo la crescita sta accelerando, e' la definizione di esponenziale ed e' esattamente quanto successo ad inizio ottobre 2020 o luglio 2021.
In particolare in Italia il tasso di crescita settimanale e' passato dal 5% il 20 ottobre al 35% di ieri.

Per il Portogallo potrebbe trattarsi di un aumento temporaneo o no, una settimana è troppo poco per comprendere una tendenza e già fare previsioni certe con tanto di stima di crescita.
Sull'Italia idem, è troppo presto per capire la tendenza di crescita a quanto si stabilirà.

Un fattore che e' stato del tutto irrilevante finora sia li' che altrove, perche' dovrebbe esserlo adesso?
Peraltro i casi stanno aumentando molto pure in paesi come la Norvegia.

Non è mai stato irrilevante.

E' obbligatorio per il posto di lavoro.
I non vaccinati che non lavorano avranno presumibilmente meno contatti cosi' come i vaccinati che non lavorano.

Nelle Fiandre da quanto ho letto non è obbligatorio per lavoro.

No i casi in Belgio stanno crescendo ovunque, solo in Vallonia sono un po' piu' alti che nelle Fiandre ma il tasso di crescita e' simile.

Per fasi così precoci è presto per dire qualcosa, si deve riparlarne tra un po' di tempo.
Con Israele si faceva lo stesso, poi dopo un mese si è visto che non c'era nulla di strano.




Comunque qual è il punto di discuterne? E' persino ovvio e lo avevamo già previsto ad Aprile che con la delta anche con una popolazione interamente vaccinata ci sarebbero stati aumenti in inverno, e probabilmente persino restrizioni locali di lieve/moderata entità, specialmente nelle zone con più non vaccinati.
Quanto sta accadendo non stupisce in alcun modo.

[Gangi]

Mi trovo d'accordo sinceramente, partendo dal fatto che già è un lusso la situazione attuale, visto che l'anno scorso proprio oggi venivano chiuse tutte le scuole, devo dire che dopo la pandemia sto notando come quasi sembri strano fare nuove conoscenze.

Dopo un anno e mezzo di rapporti sociali limitati, ci sembra di tornare alla normalità, ma ancora effettivamente si hanno le mascherine, non si può rimanere troppo vicini nei luoghi chiusi, e molte altre cose. Non dico che sia impossibile viverla, l'anno scorso era infinitamente peggio, ma non possiamo dire sicuramente che sia tutto finito e tutto finalmente "stia andando bene", senza contare tutte le conseguenze a lungo termine della pandemia.

Un pò ci avevo sperato ad una fine vicina del problema, ma temo che la storia sarà ancora lunga...non so più a cosa pensare sinceramente.

[burian br]

Ma la Spagna, inspiegabilmente, è scesa addirittura sotto di noi, e aveva casi in crescita quanto il Regno Unito.

Non lo so, è da inizio pandemia che lo dico, alcuni andamenti sembrano abbastanza inspiegabili.
In generale comunque tutto il Nord Europa sta vedendo un aumento dei casi nonostante i vaccini. Temo che o si procede speditamente con la terza dose per tutti, o si rischiano altri picchi invernali causa perdita di immunità.

C'è anche il fattore fortuna da non dimenticare mai, inoltre in Spagna ci deve essere qualcosa che fa aumentare i casi in estate perchè successe lo stesso anche nel 2020, forse il turismo? Non saprei davvero.
Il forte calo è avvenuto parallelamente a quello italiano, a mio parere imputabile oltre che dall'aumento delle vaccinazioni anche al calo dello stesso turismo con la tarda stagione estiva.

[burian br]

Oh, poi per me si potrebbe pure togliere la mascherina in Italia come successo altrove, pero' ecco non spacciamo il gp per la misura risolutiva che terra' bassi i casi perche' molto probabilmente non sara' cosi'.

Il green pass infatti è servito come incentivo a vaccinarsi, io lo vedo utile solo in questo.