è un bug di firefox.

capita che perda senza motivo tutti i segnalibri e non c'è modo di recuperarli a meno che tu non abbia salvato un file bookmark.html

ti consiglio di installare mozbackup e priodicamente fare back up sia di firefox che di thunderbird, perchè anche quest'ultimo mi ha fatto lo scherzo più volte (persa tutta la posta e la rubrica)