Nuovo Virus Cinese

[Corry]

Ho appena controllato, e finalmente hanno pubblicato alcuni genomi recenti

Si conferma la pista spagnola. I nuovi virus italiani (tutti sequenziati tra Agosto e Ottobre) appartengono a un sotto ramo di un nuovo clade che vede il suo antenato in un virus isolato in Spagna il 20 Giugno.

Allegato 542286

Qui i virus italiani:

Allegato 542287

Questo ramo virale ha girato per l'Europa durante l'estate: un suo sottoramo lo si trova in Norvegia tra fine Luglio e i primi di Agosto, così come un altro in Belgio, e un altro ancora ha avuto modo di proliferare in Spagna e poi è stato esportato (dove si è diffuso) in Scozia, Inghilterra oltre ad essere stato isolato anche in Lettonia, Svezia, e in un caso in Germania.


Il ramo italiano è affiliato a quello svizzero, da cui però è indipendente: significa cioè che in Svizzera il virus, trovato già ad Agosto, ha avuto un'origine diversa dal virus che è presente in Italia, ma è molto vicino dal punto di vista genetico.
Il virus italiano è suddiviso in due rami. Questo mi fa immaginare due scenari:

1. il virus è in Italia da inizio Agosto (i primi genomi non risalgono a prima del 20 Agosto)
2. il virus è arrivato in Italia dalla stessa zona della Spagna: infatti i due rami italiani sono "cugini" e derivano da un unico virus antenato

E' difficile dirimere la questione e sapere quale delle due ipotesi è quella corretta, dovremo aspettare nuovi aggiornamenti, visto che mancano ancora tantissimi stati europei tra cui la Germania.
Inoltre i virus sequenziati dell'Italia sono stati esaminati allo Spallanzani di Roma + un virus dalla Sardegna (il focolaio della discoteca di Briatore?), per cui riflettono la situazione del Lazio al più.
I genomi esaminati ad Agosto credo risalgano ai positivi tornati dalla Spagna, ma dalle analisi è evidente che ci sia stata trasmissione sul suolo italiano e nello specifico laziale, visto che lo ritroviamo anche a metà Ottobre.

Possiamo dunque dire che, per il momento, l'unica certezza è che un virus, dalla Spagna, sia giunto in Lazio tramite il turismo, o con due introduzioni indipendenti (una in Sardegna e una nel Lazio) oppure che fosse in Italia addirittura da Luglio e girasse nel nostro Paese.



Segnalo che la Francia, al momento, è vittima di un altro ramo virale, dall'origine sorprendente!

Allegato 542288

Come potete vedere, questo virus è diffuso non solo in Francia, ma anche in Norvegia, Slovacchia e la Svizzera. Questi virus sono tutti stati isolati tra Settembre e Ottobre, dunque possiamo dire che parte dell'epidemia di adesso in questi stati è dovuto almeno a questo ramo virale.


Come dicevo, le sue origini sono sorprendenti!

Allegato 542289

Come si nota, gli antenati di questo virus circolavano...in Arabia Saudita!!
Ora, è troppo presto per trarre conclusioni, perchè molti genomi verranno aggiunti, ma per il momento segnalo questo fatto curioso, cioè che il virus presente in Francia potrebbe affondare le sue radici in Arabia!

Sarebbe tra l'altro una sorta di "effetto boomerang", visto che in Arabia il virus era giunto proprio dalla Francia o zone limitrofe a Marzo (potete leggere qui e qui la mappa)


Il virus che circola al Nord Italia potrebbe derivare proprio da questo. Non escluderei che, essendo i genomi italiani che sono stati pubblicati finora unicamente laziali, quando saranno postati i genomi lombardi potremmo vedere che il virus lì diffuso ha origine differente, e proprio dalla Francia.

Arabia Saudita?
Adesso va a finire che grazie al virus si scopriranno intrighi internazionali o piste terroristiche

[alexeia]

Ps. per quanto riguarda le seconde case, io vi dico la mia: secondo me se ci andate questa volta non importa niente a nessuno, anche perché rispetto a marzo/aprile c'è molta più gente in giro e non si metteranno a fare controlli a tappeto. Ormai s'è capito che decidere di passare un lockdown in una casa in campagna anziché in un appartamento di città ha ben poco impatto sul contagio generale.

Mah... io qualche dubbio ce l'ho. Ci sono zone che l'hanno già passata pesante, e già settimana scorsa guardavano storto l'arrivo in massa - rispetto alle medie stagionali - dei secondacasa a riportare il contagio... così più o meno correva la voce.
Poi, dipende dal contesto, e ognuno conosce il suo.
Però non escluderei nemmeno la soffiata ai vigili da parte dei vicini. In certi ambienti ristretti, di poche persone - si conoscono tutti - e tante invidie, ho visto veramente di tutto. Tipo la vicina che fa la spia a quella che affitta in nero, e gli arriva il controllo, tanto per dire. A parte gli episodi clamorosi - e da condanna - appena riaprirono, di gomme tagliate alle auto domenicali lasciate alla partenza di frequentati sentieri: già quello è un indice di come sia stato percepito da alcuni l'arrivo dei "cittadini"...

[marco85]

Giusto il discorso sui test, e sull'improvvisazione imperante... qualcuno ora sta anche facendo appello ai veterinari perché "l'uomo è un mammifero"...

Per la situazione dei farmacisti, però, un po' è legata a scelte a monte che si sono evolute nel tempo. Il farmacista si è orientato a divenire sempre più "commerciante" e sempre meno "farmacista".
Credo sia però ancora l'unico "commerciante" per il quale è richiesta la laurea, e in discipline affini alla medicina. Anche se oggi vende creme e giochi per l'infanzia, resta comunque anche uno specializzato per agire in un campo "medico", o no? Non so come sia attualmente inquadrato, e cosa possa fare, però resta il fatto che continua ad essere l'unico autorizzato a vendere sussidi medici di un certo tipo.
Quindi, all'origine, l'ipotesi di essere precettato per "emergenza medica" dovrebbe metterla in conto. Anche in caso di semplice influenza, sicuramente è consapevole di essere esposto al contagio in misura di gran lunga maggiore, e più vicina a quella di un medico, rispetto ad esempio a un fruttivendolo.
Non è, voglio dire, un "commerciante" equiparabile ad altri commercianti. E' un operatore sanitario che, per poter vivere, ha dovuto nel tempo trasformarsi in negozio di articoli vari, perché probabilmente la sola "vendita" di medicinali non bastava.

Guarda, non è una questione terminologica o burocratica. i farmacisti solo in Italia e in pochi altri stati sono contrattualizzati nel commercio, mentre in tanti stati sono nel sanitario con tutta una serie di tutele che il commercio non ha. Ora si pretende che dopo averli inquadrati in questo modo per convenienza abbiano degli obblighi sanitari. È questa la cosa inaccettabile.

[burian br]

Il record è 577k del 30 Ottobre.

Ieri 574.639 casi dopo l’aggiunta dei dati svedesi (+3200)

[burian br]

Ieri l'RKI ha stimato per la Germania un Rt settimanale a 0,92.
Il valore più basso da un bel po'.

C'è sicuramente un effetto weekend, ma va detto che gli scorsi mercoledì l'Rt era sempre rimasto attorno a 1.2, quindi è comunque un dato incoraggiante.

L’incidenza nazionale aumenta giorno dopo giorno come anche quella tra over 60 e il numero di nuovi casi giornalieri sforna record giorno dopo giorno, anche se in un contesto di rallentamento. Aumenta anche il tasso di positività ai test, la settimana scorsa vicino all’8%.

L’R tedesco è calcolato coi piedi. Posto che probabilmente sarà poco sopra 1.

[Perlecano]

Arabia Saudita?
Adesso va a finire che grazie al virus si scopriranno intrighi internazionali o piste terroristiche

Magari il paziente zero era un miliziano dell'ISIS.

[burian br]

Complimenti per l'analisi.

Sì, anche visivamente a vedere già solo la diffusione del virus in queste settimane mi è parso chiaro che dalla Francia il virus si sia esteso entrando in Svizzera da ovest, e anche in Italia si è riscontrata la stessa cosa con Piemonte/VdA/Lombardia e le zone settentrionali maggiormente colpite rispetto il sud.
Sembra quasi di vedere le mappe del sopramedia quando si piazza un HP sul EU occidentale che poi dipinge di rosso proprio quelle aree, mentre in contemporanea sullo Stivale vero e proprio si è di fronte ad un altra situazione, nel caso specifico un origine diversa del virus.

Una curiosità, come si legge quel grafico a rettangoli? Per la Svizzera nelle sigle riesco a distinguere vari punti che praticamente sono i cantoni:
-VS: è il Vallese, cantone molto alpino, ad occidente confine con Francia e VdA, è la zona più colpita tra tutte nella seconda ondata, ad ora ha un incidenza di 2500 casi (su 100'000 abitanti) negli ultimi 14 giorni.
-VD: è Vaud, ancora più vicino alla Francia, cantone urbano dove si trova Losanna, è in semilockdown, incidenza di 1750 casi
-BE: è Berna, cantone vasto situato piuttosto ad occidente pure lui, ma quasi totalmente tedescofono e non in lockdown. Incidenza di 830 casi, sotto la media nazionale di 1100 quindi.
-SO: è Soletta, cantone di pianura germanofono a nord di Berna in direzione della Germania, forse uno di quelli che ha applicato "misure più blande", ma una delle incidenze più basse tra tutti con 590 casi.
-SZ: è Svitto, piccolo cantone rurale nel centro-est che ha presentato a inizio ottobre un grosso focolaio che aveva molto fatto parlare ma ora sembra rientrato perché l'incidenza di 1000 casi è pure sotto la media nazionale.

Grazie Abete

La Svizzera, come successe anche a Marzo, pubblica tantissimi genomi virali rispetto all’Italia, quindi credo sia la nazione europea per la quale, al momento, sia più facile rintracciare le origini del contagio, anche se come dicevo restano da chiarire tantissimi aspetti per penuria di dati da altri stati europei (a partire dall’Italia settentrionale, ma anche la Germania o l’Austria o l’Olanda).

Grazie di aver specificato cosa significhino le sigle , come sicuramente avrai intuito significa che quei virus sono stati isolati in quei cantoni per l’appunto.
Proprio per la vicinanza Svizzera/Italia credo che il virus francese che c’è in Svizzera circoli anche al Nord Italia, ma dobbiamo aspettare che pubblichino nuovi genomi.

Il grafico si legge come un albero genealogico. Tutti i virus posti sulla stessa linea verticale sono identici, diciamo gemelli perfetti.
Poi a ogni linea corrisponde un virus figlio.

Cosi ad esempio, in quell’immagine, i virus France/ARA-CDP81878, France/ARA-CDP78128/2020, France/PAC-IHU-1387/2020, France/OCC-60/2020, France/PAC-IHU-1011/2020, France/OCC-54/2020 sono tutti identici, gemelli.
Interessante che questi virus francesi siano stati isolati, come indicano le sigle nei nomi, dai dipartimenti Provenza-Alpi-Costa Azzurra (PAC) e da Alvernia-Rodano-Alpi (ARA).
Praticamente, appunto, al confine con Italia e Svizzera.
Inoltre, il fatto che in Francia sia presente il virus genitore suggerisce appunto che la Francia sia la responsabile della diffusione del virus in Svizzera (e Slovacchia).

[burian br]

In Liguria hanno attivato controlli e blocchi:

La Liguria di nuovo sotto l'assedio delle zone rosse: scattano i controlli sulle seconde case delle riviere - Genova 24

Non perché la cosa abbia un senso (non ne ha nessuno) ma perché la caccia al "foresto" paga elettoralmente... così come la caccia al podista solitario e quella al pensionato che va troppo spesso a fare la spesa nel negozio sotto casa...

Guerra tra infetti , straordinario. Come se un lebbroso non volesse a casa un altro lebbroso.

[burian br]

I 21 indicatori sono indicati in un provvedimento del ministero della Salute dello scorso 30 aprile e devono soddisfare tre requisiti:
1. capacità di monitoraggio
2. capacità di accertamento diagnostico, indagine e gestione dei contatti
3. risultati relativi a stabilità di trasmissione e alla tenuta dei servizi sanitari

Capacità di monitoraggio

1. Numero di casi sintomatici notificati per mese in cui è indicata la data inizio sintomi/totale di casi sintomatici notificati al sistema di sorveglianza nello stesso periodo.
2. Numero di casi notificati per mese con storia di ricovero in ospedale (in reparti diversi dalla Terapia intensiva TI) in cui è indicata la data di ricovero/totale di casi con storia di ricovero in ospedale (in reparti diversi dalla TI) notificati al sistema di sorveglianza nello stesso periodo.
3.Numero di casi notificati per mesecon storia di trasferimento/ricovero in reparto di terapia intensiva (TI) in cui è indicata la data di trasferimento o ricovero in TI/totale di casi con storia di trasferimento/ricovero in terapia intensiva notificati al sistema di sorveglianza nello stesso periodo.
4. Numero di casi notificati per mese in cui è riportato il comune di domicilio o residenza/totale di casi notificati al sistema di sorveglianza nello stesso periodo.
5. Numero di checklist somministrate settimanalmente a strutture residenziali sociosanitarie (opzionale).
6. Numero di strutture residenziali sociosanitarie rispondenti alla checklist settimanalmente con almeno una criticità riscontrata (opzionale).

Capacità di accertamento diagnostico e gestione dei contatti

1. Percentuale di tamponi positiviescludendo per quanto possibile tutte le attività di screening e il “re-testing” degli stessi soggetti, complessivamente e per macro-setting (territoriale, PS/Ospedale, altro) per mese.
2. Tempo tra data inizio sintomi e data di diagnosi.
3. Tempo tra data inizio sintomi e data di isolamento (opzionale).
4. Numero, tipologia di figure professionali e tempo/persona dedicate in ciascun servizio territoriale al contact-tracing.
5. Numero, tipologia di figure professionali e tempo/persona dedicate in ciascun servizio territoriale alle attività di prelievo/invio ai laboratori di riferimento e monitoraggio dei contatti stretti e dei casi posti rispettivamente in quarantena e isolamento.
6. Numero di casi confermati di infezione nella regione per cui sia stata effettuata una regolare indagine epidemiologica con ricerca dei contatti stretti/totale di nuovi casi di infezione confermati.

Stabilità di trasmissione e tenuta dei servizi sanitari

1. Numero di casi riportati alla Protezione civile negli ultimi 14 giorni.
2. Rt calcolato sulla base della sorveglianza integrata ISS (si utilizzeranno due indicatori, basati su data inizio sintomi e data di ospedalizzazione).
3. Numero di casi riportati alla sorveglianza sentinella COVID-net per settimana (opzionale).
4. Numero di casi per data diagnosi e per data inizio sintomi riportati alla sorveglianza integrata COVID-19 per giorno.
5. Numero di nuovi focolai di trasmissione (2 o più casi epidemiologicamente collegati tra loro o un aumento inatteso nel numero di casi in un tempo e luogo definito).
6. Numero di nuovi casi di infezione confermata da SARS-CoV-2 per Regione non associati a catene di trasmissione note.
7. Numero di accessi al PS con classificazione ICD-9 compatibile con quadri sindromici riconducibili a COVID-19 (opzionale).
8. Tasso di occupazione dei posti letto totali di Terapia Intensiva (codice 49) per pazienti COVID-19.
9. Tasso di occupazione dei posti letto totali di Area Medica per pazienti COVID-19.

Tutto bellissimo, ma il parametro più importante, cioè “proseguendo nel trend più recente, e considerando che la situazione epidemiologica di oggi si riflette nelle TI e nei ricoveri tra due settimane, come saremo messi per allora? E se misure poco stringenti in alcune regioni non funzionassero, come aggraveremmo la situazione?”.

[burian br]

Arabia Saudita?
Adesso va a finire che grazie al virus si scopriranno intrighi internazionali o piste terroristiche

Con sto virus tutto è ormai possibile

C’è da dire che esiste un’enorme distanza genetica tra i virus sauditi (anche se alcuni di Agosto) e i virus europei. Questo significa che ci siamo persi un’enorme fetta dell’evoluzione genetica di quella branca virale, ecco perché ci vado coi piedi di piombo al momento.