Nuovo Virus Cinese

[burian br]

Anche i francesi hanno pubblicato le loro analisi genomiche, e i risultati iniziano a farsi interessanti

Si tratta di un ramo filogenetico puramente francese, che ha come sede l'Hauts de France, regione settentrionale francese ai confini con il Belgio (che probabilmente ha infettato) e comprendente l'Oise. Il focolaio scoperto attorno al 26 Febbraio, e che non si è riusciti a collegare con l'Italia, fatto che iniziò a dimostrare come il calcolo "Italia = untore" fosse errato, e come ci fossero molti focolai potenziali sparsi per l'Europa e latenti, pronti ad esplodere di lì a poco.

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A dimostrazione che sia quel ramo, oltre le fonti giornalistiche inequivocabili che lo ricollegano ai fatti dell'Oise, anche la presenza nel clade di un virus isolato in Congo (unico caso in quello stato). Era un turista proveniente dalla Francia.

Ricollegabili alla Francia anche il caso olandese segnalato, ipotizzo, data la vicinanza geografica. Non ho potuto trovare informazioni sui giornali sul paziente finlandese o di Washington, USA, ma sicuramente saranno passati per il nord della Francia.

Ma il bello deve ancora arrivare

Il ceppo francese non è staccato in realtà dal ramo europeo. Ma, anzi, è completamente figlio del ceppo di Codogno. O meglio, di quello bavarese.
La matematica epidemiologica può venirci in aiuto.
Il 26 Febbraio, improvvisamente, compaiono circa 70 positivi al Covid nell'Oise. Applicando il calcolo con R0, si ricava che il virus circolava in quelle lande da almeno inizio Febbraio. Lo stadio avanzato in cui è stato isolato il primo virus (che si mostra più mutato rispetto al virus di Codogno e isolato in altri pazienti, europei e non, stati in Italia) indica che l'antenato (cioè il virus di Codogno) circolasse in Francia settentrionale dai primissimi di Febbraio.
Qui sorge un mistero: come ci è arrivato il virus?
Due sono le possibilità: qualcuno precocemente si è infettato in Italia, o lo ha fatto in Baviera. Non sapremo mai l'opzione corretta, ma fa davvero stupore il fatto che due persone di due parti diverse d'Europa abbiano esportato l'infezione. E che si siano infettate contemporaneamente in un momento in cui in Europa, tramite la Baviera, era entrato un ceppo che contava all'1 Febbraio nemmeno 20-30 infetti!

La Francia del Nord non è diventata il Nord Italia per pura questione di tempo: il virus deve essere arrivato in ritardo di una settimana o dieci giorni rispetto all'Italia. Ma lo stanno diventando, tanto che i numeri francesi sono solo 7 giorni indietro rispetto a quelli italiani.

[burian br]

Questo post vuole essere una ricapitolazione generale che cerca di ricostruire sulla base della matematica che sottende l'epidemiologia, e anche dei risultati delle analisi genomiche, la storia del SARS-CoV2 in Europa.

Il tutto inizia attorno al 20 Gennaio, con l'arrivo da Shanghai di una donna cinese che aveva poco prima di partire incontrato i genitori che abitavano proprio a Wuhan. Questa donna atterra a Monaco di Baviera, dove genera un focolaio, l'ormai celebre caso Webasto.
La Germania individua tutti i contatti noti di questa donna e dell'uomo, suo collega 33enne, che risulta il primo infettato noto sul suolo europeo.
Ma la strategia tedesca fallisce miseramente: la catena di contagio infatti non è interrotta, e per qualche oscuro motivo va avanti giungendo in Italia, che sarà la nazione più colpita.
I dati suggeriscono che in Italia in realtà stesse già circolando il virus, iniziatosi a diffondere proprio in quei giorni a seguito dell'arrivo di una coppia di turisti cinesi di Wuhan poi ricoverati allo Spallanzani di Roma.

I due virus circolano in Nord Italia, senza alcun controllo e senza nessuna allerta, mescolandosi egregiamente con il picco influenzale in corso dati i bassissimi numeri delle prime settimane (meno di qualche centinaio).
Il 20 Febbraio Mattia, un 38enne residente a Codogno, scopre il vaso di Pandora. Si individuano due focolai, uno a Codogno nel basso lodigiano, e un altro attorno a Vò Euganeo, nel Veneto (forse correlato al ceppo introdotto dai cinesi dello Spallanzani?). All'epoca, stando a R0, in Italia non c'erano più di 1000 casi.
Il resto è storia nota: gli italiani paiono untori del mondo e d'Europa, ma l'analisi genomica inizia a dimostrare come il virus in realtà stesse circolando liberamente anche in quei paesi, solo che ci era arrivato con una decina di giorni di ritardo.

E così emergono altri rami filogenetici, espressione di virus introdotti in Europa da cittadini o cinesi o rientrati dalla Cina:

• il ramo olandese, che si esporta (o è endemico?) in Inghilterra
• il ramo spagnolo (Valencia)
• il ramo tedesco della Renania-Westfalia, che esporta casi nella vicina Olanda
• un ramo inglese legato al superdiffusore di inizio Febbraio
• un secondo ramo olandese
• un secondo ramo inglese legato a una donna sintomatica cinese atterrata a Heathrow il 9 Febbraio

Gli altri paesi europei stanno 10 giorni indietro rispetto all'Italia proprio perchè il virus è stato introdotto dopo.
Dai calcoli epidemiologici risulterebbe come data di introduzione:

• in Francia l'1 Febbraio
• in Olanda attorno al 10 Febbraio
• in Spagna i dati sono insufficienti, ma direi agevolmente il 5 Febbraio o giù di lì
• in Renania-Westfalia attorno al 10 Febbraio
• in Inghilterra tra il 6 e il 10 Febbraio (qui ci sono casi cronologicamente precisi)
• in Italia verso il 25 Gennaio, con due introduzioni contemporanee tramite i cinesi dello Spallanzani e il paziente zero sceso dalla Baviera

Molti paesi europei, tranne l'Italia, hanno vissuto poi introduzioni multiple dati i traffici. Ecco perchè i loro numeri tendono a essere più alti: è come se a un fuoco che divampa gettassi ancora altra benzina.

[inocs]

Insulso articolo di ******** sulla faccenda inglese. Chi lo ha scritto dovrebbe vergognarsi:

Coronavirus, la Gran Bretagna ha scelto di affidarsi alla scienza: "durera 1 anno, non si puo sconfiggere. Unica soluzione e immunita di gregge, tutti ci daranno ragione" - Meteo Web

Non lo apro. L'unico modo che abbiamo perché certi siti smettano è di togliergli i clic.

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[Cristiano96]

Non lo apro. L'unico modo che abbiamo perché certi siti smettano è di togliergli i clic.

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******** fa parte della cerchia del 90% di siti a cui va tolta la libertà di informazione, che in questo caso si traduce nella libertà di dire cagate

[Gianni78ba]

Riguardo la suina vi dico solo questo:
Se la beccò un paziente al Seragnoli dove è stato ricoverato Mihaijlovic e non ebbe problemi. Giusto per capire la differenza...

[Moderatore]

Ragazzi buongiorno, i messaggi notturni sono stati un pò troppo eccessivi rispetto al solito. Non andiamo troppo oltre per favore perchè non è il caso. Attenzione anche alla politica che è vietata e che per l'economia c'è un thread apposito.
Un plauso a tutti coloro si stanno impegnando al massimo per fare di questo thread una bella fonte di informazione e discussione.

[Sneg]

Oggi giornata per molti versi campale per alcuni Paesi (Regno Unito in primis).
Stamattina vediamo un poco...

[snowaholic]

Sono usciti i primi dati economici cinesi sul bimestre gennaio-febbraio, sono molto peggio delle attese.
Produzione industriale -13%, vendite al dettaglio -20%, investimenti -24%.
Non è disponibile il dato ufficiale del PIL ma viene stimato a -13%!
Considerato che fino al 22 gennaio andava tutto normalmente l'impatto effettivo del blocco probabilmente supera il 20% del PIL.

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[wtrentino]

Il discorso è veramente semplice.
Andiamo indietro.
Una settimana fa c'era già l'emergenza, assolutamente.
Eppure cosa hanno fatto migliaia e migliaia di persone? Una bella sciatina. E chi se ne frega se vado ad aumentare i contagi e gli infetti.
E attenzione: non solo gente di fuori che si è molto intelligentemente messa in viaggio direzione mete sciistiche ( ), no, non bastavano loro! In pieno caos ci si son messi pure gli autoctoni ad andare in giro perché dovevano sciare.
Veramente geniale, complimentoni.

Per gli autoctoni concordo in parte:

Almeno dalle nostre parti, bisogna tener conto che fino al giorno prima di quel fatidico sabato, nessuno, ma proprio nessuno, si aspettava una cosa del genere. Gli alberghi erano già vuoti e sugli impianti pochissima gente, a quel punto dalle nostre parti (ci ho pensato anch’io eh, mi ci metto dentro) è passata l’idea di andarsi a godere le piste deserte (anche perché non eravamo ancora in piena emergenza e non c’era questa percezione) e invece sbadam. Arrivati su si son trovati davanti scene imbarazzanti, parcheggi strapieni e code infinite.

Io di solito vado la domenica invece del sabato ed è stata la mia fortuna, vedendo quello che è successo il giorno prima ho evitato di andarci (anche se la follaera già stata dispersa per via dei controlli imposti alla base degli impianti appositamente).


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[alnus]

Disapprovo totalmente l'indignazione per quelli che vanno a correre.
Se rispettano la distanza, hanno esattamente lo stesso diritto di chi va in farmacia.
Mantenersi in allenamento è fondamentale per le difese immunitarie e funziona non come, ma molto meglio di tante medicine.
Ma naturalmente tutti i nostri giornalisti l'allenamento non sanno neanche cosa sia.