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seconda cosa chi mi dice che gli input di partenza non si siano in realtà già modificati?
Ma modificati da chi? Un modello delle 00Z utilizza gli ultimi input disponibili e su quelli "corre". Si modificheranno dopo eventualmente, man mano che il tempo passa.
Ove ci sono input reali si usano quelli altrimenti si usano quelli calcolati.
Nessuno modifica nulla (al netto della normalizzazione dei dati di input ovviamente).

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Ad esempio un semplice caso è la traiettoria dell'uragano, se il modello fosse perfetto dovrebbe individuarla al 100%, ma così non è
E chi ha detto che i modelli sono in grado di modellare tutto perfettamente?
Il caso dell'uragano o meglio ancora delle gocce fredde sono i classici fenomeni che mettono in crisi i GCM. Perchè? Perchè la scala spesso non è sufficiente (altro che troppe variabili o variabili che cambiano ... Le variabili cambiano secondo leggi note, mica a caso).