Neutrofilo, normofilo, fatalistofilo: il politically correct della meteo
27/11: fuori a calci i pregiudicati. Liberazione finalmente.
Hanno pubblicato altri genomi, e vi rendo i risultati più interessanti.
Inizio dal Kazakistan.
Contrariamente a quanto pensavo, il virus diffuso in Kazakistan non è quello europeo! E' stato isolato in tracce, ma non è il ceppo dominante.
Ancor più sorprendentemente, non esiste un unico ceppo prevalente, bensì due: il ceppo iraniano/indiano e il ceppo asiatico/pacifico.
La vicinanza geografica con la Russia farebbe pensare infatti che il virus potesse essere arrivato nel paese da nord. Dopotutto lo stesso virus europeo ha seguito nella sua espansione in Russia la Transiberiana, portandosi da Mosca e S.Pietroburgo fin nell'oblast di Vladivostok e all'isola di Sakhalin.
Eppure, non è così. Anzi, è molto diffuso il ceppo iraniano, e di certo il Kazakistan con l'Iran non ci confina direttamente...
Screenshot_2020-06-16 Nextstrain ncov global(1).png
Quel che vedete sopra è il ramo kazako inserito nel più ampio clade filogenetico diffuso tra Iran, India e Oceania.
Il virus kazako ha dato vita a un ramo tutto suo, e mostra diretta discendenza da virus isolati in Oman ed Emirati Arabi, a loro volta eredi del virus iraniano (che pur non essendo visibile è collocato proprio all'angolo in basso a sinistra nell'immagine: insomma, è il capostipite dell'intero clade).
Data la mancanza di contiguità geografica con l'Iran, ciò mi porta a pensare che anche nelle altre ex repubbliche sovietiche interposte tra Iran e Kazakistan (Uzbekistan, Tagikistan, Turkmenistan; e anche se non fu una repubblica sovietica l'Afghanistan) il virus prevalente sia il ceppo iraniano/indiano. Questo spiegherebbe tutto, in quanto il virus sarebbe sopraggiunto espandendosi geograficamente da sud verso nord.
In alternativa, possiamo pensare a un'introduzione da altri paesi già colpiti; in ogni caso, il primo virus isolato di qusto ceppo, che ha poi dato vita al ramo kazako, è datato 22 Marzo.
In Kazakistan però, altra sorpresa, è come vi dicevo presente e diffuso un ramo del ceppo asiatico:
Screenshot_2020-06-16 Nextstrain ncov global.png
Potete vederlo qui sopra.
Sulle origini di questo ramo, possiamo elaborare due ipotesi che si fondano su due punti fermi: il primo virus di questo ramo fu isolato il 25 Marzo; il virus kazako del ceppo asiatico si inserisce tra i virus del ceppo di Valencia!
Andiamo con ordine:
- prima ipotesi: il virus è giunto in Kazakistan dalla Spagna o dall'Europa. E sì, perchè in quel ramo, oltre al virus kazako, ci sono virus unicamente europei! Si tratta del ramo di Valencia, che iniziò a diffondersi probabilmente a inizio Febbraio da un paziente che un mese dopo, post-mortem, scoprirono essere positivo al Covid a seguito di un viaggio compiuto in Nepal.
- seconda ipotesi: il Nepal, già. E' quella l'area geografica (all'epoca contava un solo caso ufficiale!) da cui tornò positivo il turista spagnolo. Dato che il Nepal non è così distante, è possibile che il virus sia giunto non dico dal Nepal ma dall'area limitrofa (Cambogia, Thailandia) dove all'epoca circolava quel ceppo, poi scomparso in Asia?
Io propendo per la prima ipotesi, perchè mi pare davvero strano che non si siano isolati virus di quel ceppo fuori dall'Asia, ma solo e soltanto in Spagna ed Europa.
Infine, pubblicati anche i genomi di Polonia, Sudafrica e Ungheria.
Tutti condividono il medesimo pattern: è diffuso il virus europeo in entrambe le varianti, quella euro-italica e quella francese (20A e 20B).
A titolo d'esempio, posto l'albero filogenetico evidenziando il Sudafrica, ma il pattern è analogo per quegli altri paesi che ho citato:
Screenshot_2020-06-16 Nextstrain ncov global(2).png
Ultima modifica di burian br; 16/06/2020 alle 15:13
«L'Italia va avanti perché ci sono i fessi. I fessi lavorano, pagano, crepano. Chi fa la figura di mandare avanti l'Italia sono i furbi, che non fanno nulla, spendono e se la godono» (Giuseppe Prezzolini, 1921)
«L'Italia va avanti perché ci sono i fessi. I fessi lavorano, pagano, crepano. Chi fa la figura di mandare avanti l'Italia sono i furbi, che non fanno nulla, spendono e se la godono» (Giuseppe Prezzolini, 1921)
Si calma la salita esponenziale dei casi in Qatar, che domani supererà la Cina.
Con 82mila casi, è positivo (ufficialmente) il 2,92% della popolazione! Impressionante!
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