Nuovo Virus Cinese

[burian br]

sicuro di averli contratti proprio da loro?

Bè, sicurissimo no , ma l'anno scorso sì. Non uscivo di casa da una settimana, e quel Sabato vidi il mio migliore amico che stava uscendo da un raffreddore. Abbiamo solo passeggiato, per un'ora (certo, c'era ventaccio, ma non basta quello per farti venire il raffreddore, serve un virus ). Quindi l'unico modo è essermelo preso da lui perchè parlavamo ravvicinati, nonostante il vento. O in alternativa nella sua auto, mentre tornavamo a casa.

Tertium non datur.

PS: Libera la casella dei messaggi, o non posso inviarti la risposta

[burian br]

I guariti nel mondo sono ora più di 1,6 milioni!

Allegato 527968

Interessante il messaggio sullo sfondo. Come se stesse invitando le potenze mondiali a stabilire il lockdown.

[Perlecano]

Interessante il messaggio sullo sfondo. Come se stesse invitando le potenze mondiali a stabilire il lockdown.

messaggio subliminale. i posteri indagheranno di brutto.

[Perlecano]

Bè, sicurissimo no , ma l'anno scorso sì. Non uscivo di casa da una settimana, e quel Sabato vidi il mio migliore amico che stava uscendo da un raffreddore. Abbiamo solo passeggiato, per un'ora (certo, c'era ventaccio, ma non basta quello per farti venire il raffreddore, serve un virus ). Quindi l'unico modo è essermelo preso da lui perchè parlavamo ravvicinati, nonostante il vento. O in alternativa nella sua auto, mentre tornavamo a casa.

Tertium non datur.

PS: Libera la casella dei messaggi, o non posso inviarti la risposta

Liberata ora!

[burian br]

In Islanda ulteriori 3 guariti (per un totale di 1776); i casi attivi scendono di 3 (da 18 a 15), essendo che nelle ultime 24 ore non sono stati registrati nuovi contagi (che restano quindi 1801 in totale). I decessi sono sempre 10 (numero stabile da oltre due settimane), per una letalità dello 0,56%. C'è tuttora un solo ospedalizzato, comunque in condizioni non critiche (non è in terapia intensiva). Gli altri 14 malati sono, quindi, in isolamento domiciliare.

Dall'inizio dell'epidemia sono stati ospedalizzati 118 pazienti complessivamente (compresi i 10 deceduti), cioè il 6,6% dei positivi individuati; di questi, 30 sono passati per la terapia intensiva (tra cui la maggioranza di coloro che sono poi morti), cioè l'1,7% dei contagiati ufficiali.

Quanti di quelli morti sono passati per la TI?

[Perlecano]

Quanti di quelli morti sono passati per la TI?

a occhio (valutando la coincidenza tra i posti che si liberavano in T.I. e i singoli decessi, considerando anche che qualche nuovo paziente finiva in TI rimpiazzando subito il deceduto nella conta dei necessitanti la ventilazione artificiale), ti direi che 7 su 10 ci sono passati, o perlomeno 6 su 10. Non penso siano stati 8 su 10, così come quasi sicuramente non sono stati meno di 6.

[burian br]

a occhio (valutando la coincidenza tra i posti che si liberavano in T.I. e i singoli decessi, considerando anche che qualche nuovo paziente finiva in TI rimpiazzando subito il deceduto nella conta dei necessitanti la ventilazione artificiale), ti direi che 7 su 10 ci sono passati, o perlomeno 6 su 10. Non penso siano stati 8 su 10, così come quasi sicuramente non sono stati meno di 6.

Quindi è morto tra il 20 e il 27% di chi è passato in TI, in linea con la situazione di un sistema sanitario non saturo. Ad esempio è la situazione tedesca odierna.

[burian br]

Cina +7 casi e solo 104 casi attivi. Restano in 10 in TI.

Corea del Sud con altri +26 casi. E +1 morto.

Dura botta dal Messico: +353 morti! Totale a 3926

[burian br]

Storie del Coronavirus d'Oriente

Stanotte vi diletterò con l'esotica Arabia Saudita, che oggi ha pubblicato tutto d'un tratto un set di 102 genomi virali che ci consentono di ricostruire la storia del virus in Arabia, con alcune potenziali interessantissime considerazioni


Vi ricordate la storia "da giro del mondo in 80 giorni" del virus che dalla Francia era andato in America, e da qui era andato in Medio Oriente?

Ve la rinfresco io:

Nuovo Virus Cinese

Dalla regione francese oltre al ceppo newyorkese nasce anche un secondo meno rappresentato (in apparenza) ceppo che si sviluppa non a New York principalmente, ma in generale in varie zone degli Stati Uniti orientali: lo ritroviamo in Ohio, Pennsylvania, New Jersey, anche New York. Non è tuttavia molto diffuso, circola in generale negli USA orientali.

Ebbene: da quell'area origina un ceppo che però affonda le sue nuove radici...in Turchia!
Qui ha trovato terreno fertile, perchè ha avuto modo di svilupparsi ed evolversi, visto che troviamo altri virus turchi.
Troviamo anche, nel ramo turco, un virus egiziano, uno dell'Arabia Saudita, un sotto-ramuscolo finlandese, e addirittura ha dato vita a un piccolo ramo indiano!

Un virus che si comporta da Alessandro Magno, spostandosi verso oriente, e addirittura fondando un ulteriore ramo in India.

Praticamente qualche francese è andato in USA, e qualche americano è andato poi in Turchia, e qualche turco in India.


Ebbene: le nuove analisi genomiche consentono di fare luce proprio su questo ramo, e le sorprese sono dietro l'angolo.

Il virus infatti non è giunto dall'America in Medio Oriente, ma è più verosimile un'altra storia. Ma andiamo con ordine.
Questo è il ceppo arabo legato al ramo franco/americano:

Screenshot_2020-05-13 Nextstrain ncov global.png


Tutta la metà superiore di questo clade filogenetico è di pertinenza dell'Arabia Saudita, che ha un colore azzurro.

All'inizio credevo fosse giunto dall'America in Turchia prima che altrove perchè (come potrete notare dal post che vi ho allegato) era stato inserito solo un virus dell'Arabia, mentre c'erano diversi virus isolati in Turchia e India.

Ma alla luce di questi aggiornamenti si nota benissimo come il virus si sia propagato a macchia d'olio in Arabia, ed è da qui (e non il contrario) che ha infettato la Turchia e l'India, generando dei rami che sicuramente si stanno espandendo ma non sono rilevati.

I virus indiani sono visibili nell'immagine: sono quei pallini colorati in bluastro scuro posti a circa metà immagine e che tendono fortemente al limite destro dell'immagine.

Come dicevo, le nuove scoperte avanzano un'altra ipotesi: il virus infatti dall'area franco-belga non sarebbe approdato prima in USA per andare poi in Arabia.
Semplicemente, due persone della stessa area franco-belga sono andate in viaggio uno in Canada/USA (parte inferiore, di colore rosso, del clade in questione) e uno in Medio Oriente.

Il virus circolava in Medio Oriente da tempo, e sono riuscito a dimostrarlo rintracciando i primi due casi di quel ramo isolati in Arabia: si tratta di due donne del Bahrein, che tornavano dall'Iraq e erano state ospedalizzate nel loro transito in Arabia Saudita a Qatif.
Quindi il virus è probabile fosse in circolazione in quell'area, intendo Medio Oriente, già da un po' di tempo, ipotizzo dalla fine della seconda decade di Febbraio, perchè attorno al 18 Marzo troviamo altri virus correlati anche in Turchia, Egitto e India. Una diffusione troppo capillare per essere una coincidenza...




In Arabia circola anche un altro ramo filogenetico, che invece è di pertinenza...del ceppo asiatico!

Screenshot_2020-05-13 Nextstrain ncov global(1).png

Si nota bene nell'immagine sopra come il virus si collochi assieme a quelli violacei della Cina (Shanghai, Fuijan), e se riducessi ulteriormente lo zoom, si metterebbe in evidenza la relazione con il ramo dello stato di Washington in USA, che è giunto dalla Cina direttamente il 19 Gennaio negli Stati Uniti. E' il ramo tutto rosso visibile nel terzo superiore dell'immagine:

Screenshot_2020-05-13 Nextstrain ncov global(2).png

Come questo virus asiatico sia giunto in Arabia, non è dato sapere...di sicuro circola anche oggi, perchè il più recente virus è stato isolato a fine Aprile, coevo del più recente virus del ramo suddetto che invece orbita nella sfera del più ampio ceppo europeo, di cui è pronipote.

E qui ecco dunque la seconda sorpresa, @snowaholic.
Possiamo ritenere che entrambi i ceppi in circolazione in Arabia siano giunti nella seconda decade di Febbraio. I primi isolamenti sono contemporanei (attorno al 10 Marzo).
Eppure il virus di pertinenza europea è nettamente più diffuso della controparte di origine asiatica.

Una prova indiretta della maggiore contagiosità del ceppo europeo? A mio parere potrebbe essere benissimo


PS: Il virus isolato in USA e che vi ho citato è stato identificato in un paziente il cui contagio è stato definito di "unknown origin" il 29 Febbraio. Chissà da dove è arrivato, probabilmente dalla Francia o dal Belgio che però al'epoca non destavano sospetti?

[burian br]

L'ultimo aggiornamento della mia mappa genetica, implementata con nuovi ceppi e nuove differenziazioni:




Partiamo con le novità: ho aggiunto l'Arabia Saudita, dove circolano il ceppo asiatico/pacifico e il ceppo europeo/atlantico.

Ho poi riesaminato le analisi genomiche scoprendo alcune cose interessanti:

• in Europa circola un altro ceppo pan-europeo, che è una diretta discendenza del ramo asiatico. Quello che io chiamavo "ceppo inglese", ma l'Inghilterra è solo una delle sue diramazioni geografiche, probabilmente nemmeno la sua origine. Questo ceppo virale è poco prevalente nella popolazione, ma si è diffuso in tutta Europa, ma in special modo in Inghilterra (appunto), Grecia e Portogallo, dove ha dato discendenza almeno fino ad Aprile. Il virus è stato isolato anche in Islanda e Giordania, ma non ci sono notizie circa il fatto che stia ancora circolando o si sia estinto soccombendo alla prevalenza del ceppo atlantico/europeo
• in Scozia è stato individuato un nuovo ramo filogenetico indipendente da tutti gli altri (indicato con un puntino marrone scuro). L'ultimo genoma virale è stato isolato il 1° Maggio. Circolava almeno da inizio Aprile. Davvero poco prevalente e presente (davvero in tracce) in Scozia, lo battezzerei il virus scozzese.
• il virus di Nottingham (puntino nero, Inghilterra centrale). Proprio così. E' un ramo filogenetico indipendente anche questo da tutti i principali ceppi, con la particolarità che da un mese è isolato solo a Nottingham. Circola comunque in tracce, ma è davvero curioso che si trovi solo lì. A dire il vero c'è anche un virus di questo ramo isolato in Galles, ma è appunto uno solo.
• in Galles è stato isolato anche il virus del Nord Reno Westfalia. Non una volta, ma diverse. L'ho indicato con le linee verdi dello stesso colore della regione tedesca
• in Australia non esiste di fatto un ceppo prevalente. E' un puro melting pot di virus, tutti paiono egualmente rappresentati. I più "frequenti" paiono essere quelli del ceppo europeo/atlantico e indiano/iraniano. Ma sono stati isolati anche diversi virus sia del ceppo "inglese" (pan-europeo) sia del ceppo asiatico, e di quest'ultimo nemmeno pochi

Queste le novità. Potete ben capire come la Gran Bretagna sia disastrata dal punto di vista dei vari ceppi genomici. Ne circolano a bizzeffe alcuni dei quali solo lì

Una precisazione: ho deciso di colorare in rosso le zone dove circolava il ceppo "inglese"/pan-europeo. Ma in verità avrei dovuto usare il colore del ceppo asiatico, perchè di fatto è un ramo asiatico evolutosi in Europa. Ho prediletto però il rosso perchè, di fatto, è europeo, solo che non ha avuto successo come il corrispettivo ceppo della Webasto/Codogno che ha conquistato il mondo.