Nuovo Virus Cinese

[burian br]

Cioè, praticamente, a giudicare da quello che vedo attorno a me, al di sopra dei 50 anni quasi tutti...

Ed è per questo che le percentuali di mortalità salgono dopo i 50 anni, fino a parificarsi negli ultraottantenni con quelle dell'ipertensione + cardiopatie, o ipertensione + diabete, perchè molti presentano multiple comorbilità a quell'età.

[snowaholic]

Ringrazio @snowaholic per avermi fornito l'abero filogenetico. Passiamo ad analizzarlo.
La porterò per le lunghe, ma le conclusioni che si possono trarre sono interessanti, e inviterei a ricercare qualche fonte giornalistica per verificare quanto sto per sostenere deducendolo dai vari rami.

Il caso isolato in Italia (Lombardia, da Mattia alias pz 1 di Codogno) appartiene a uno dei rami europei.
Fondamentalmente in tutta Europa, ma anche in Brasile e Messico (se non ricordo male casi importati dall'Italia, tenendo conto anche della data dell'isolamento [25/02], e quindi ciò spiegherebbe l'appartenenza di questi virus al ceppo europeo), i virus isolati appartengono allo stesso clade o ramo filogenetico.
Andando a trovare fonti giornalistiche, sono sicuro che saranno tutti casi collegati all'Italia in qualche modo, anche perchè successivi. Mi colpisce che i virus tedeschi e svizzeri, ma anche quello finlandese e messicano, siano tutti mutati rispetto a quello italiano, con cui condividono il resto del genoma. La mutazione riguarda anche alcuni amminoacidi (che poi è la cosa che ci interessa davvero), e il virus più differente è quello isolato in Finlandia il 25 Febbraio. Si trattava di una donna che aveva viaggiato in Italia. Mi viene da pensare sia dunque un ulteriore step evolutivo del virus italiano, che ricordiamo ha infettato il paziente 1 di Codogno verso il 15 Febbraio, quindi 10 giorni prima.

Allegato 522242

La cosa più interessante è questa Immagine

Il virus italiano (e quindi europeo) ha un antenato: è il virus isolato in Germania il 28 Gennaio, e direttamente importato dalla Cina. Questo virus è all'origine del clade europeo. Il nonno se vogliamo. E' questo virus che poi, mutando, ha infettato l'Italia e l'Europa. E' così perchè condivide alcune mutazioni di base con il clade europeo, che intanto ne ha accumulate altre in un mese. La mutazione chiave risale a poco prima del 10 Gennaio.

Allegato 522243

Il virus dunque non sarebbe arrivato in Italia, ma in Germania. E in qualche modo sarebbe poi giunto qui.
O, in alternativa, i turisti cinesi hanno portato questo tipo di virus nei loro viaggi in Europa. Sinceramente una strana coincidenza...infatti il ceppo isolato dal superdiffusore inglese (quello dello chalet alpino) non ha nulla da spartire con quello europeo!
Personalmente propendo per una terza ipotesi: la mutazione "europea" viene fatta risalire al periodo 9-24 Gennaio. Ma il virus dl 28/01 isolato in Baviera è precedente quella mutazione. Esso risale al famoso caso del paziente tedesco della Webasto, infettato da una collega cinese:

Human-to-human transmission of Wuhan virus outside of China, confirmed in Germany, Japan and Vietnam - The Online Citizen

La donna aveva contratto il virus attorno al 10-15 Gennaio. La mutazione all'origine del clade europeo risale proprio a quel periodo Immagine
. La mia ipotesi è questa: la donna ha infettato qualche passeggero europeo, probabilmente italiano, che ha portato poi con sè il virus in Italia. Oppure la donna o l'uomo hanno trasmesso il virus a qualche italiano a Monaco di Baviera.
Il virus della donna si è trasmesso al bavarese della Webasto, ed essendo passato solo da lei a lui, non ha subito mutazioni quando è stato isolato il 28/01.

Lo stesso virus invece, circolando tra le persone in Italia, ha avuto modo di replicarsi e accumulare mutazioni e mutazioni.
Il ceppo italico è il genitore di quelli europei, che discendono da esso. Manca però il ceppo francese dell'Oise, che non pare avesse contatti con l'Italia.

E' l'ipotesi per me più attendibile, perchè sarebbe davvero una coincidenza bizzarra che il virus italiano provenisse proprio dallo stesso ceppo cinese del virus tedesco. Ma è possibile. E sarebbe perfettamente in linea con i miei calcoli che vedono l'origine dell'infezione in Italia proprio attorno al 20-25 Gennaio.
E' parzialmente confermata da questa immagine:

Allegato 522244

Si vede bene come "dalla Cina" sarebbe arrivato un ceppo simile prima a Monaco, e poi a Zurigo. Questo lo ritengo errato, personalmente, perchè in realtà è stato isolato da italiani, rintracciando le fonti giornalistiche. E' evidente anche dai collegamenti con la Finlandia e il Brasile che sono stati gli italiani a portarlo, quindi non so perchè metta al centro Zurigo...
Ora, dico io: possibile che lo stesso ceppo sia arrivato in Europa due volte quando in USA ci sono ceppi sempre diversi e quando in Francia era già arrivato un altro?
Io credo invece che il virus di Monaco (cronologicamente e geneticamente precedente!) sia all'origine del virus europeo.


Venendo all'aspetto fenotipico, cioè sulla "pericolosità", personalmente non credo cambi molto. Il ceppo coreano discende da un ramo che è il più vicino a quello europeo.
Quest'ultimo presenta mutazioni puntiformi in 4 nucleotidi, in posizione 241, 3037, 23403, 14408.
I nucleotidi 241 e 3037 appartengono al gene ORF1a, che serve per la replicazione del virus e la formazione delle proteine:

PP1a - Orf1a polyprotein - Human SARS coronavirus (SARS-CoV) - PP1a gene & protein

Il nucleotide 14408 appartiene alla sequenza ORF1b, che pare nel Cov della SARS fungesse da serratura per consentire il legame al DNA degli enzimi necessari per la replicazione del genoma virale:
Coronaviruses usually express pp1a (the ORF1a polyprotein) and the pp1ab polyprotein which joins ORF1a and ORF1b. The polyproteins are then processed by enzymes that are encoded by ORF1a.

L'ultimo nucleotide appartiene alla sequenza "S", che forse codifica per la proteina Spike? Quella che lega ACE2?


Il virus coreano è ancora quello isolato il 6 Febbraio e non c'entra con la setta cristiana, dunque attendo la pubblicazione di un nuovo genoma virale coreano.

Ottima analisi. Quindi in teoria l'origine di tutto potrebbe essere un italiano incontrato in aeroporto dalla cinese che aveva generato i primi contagi tedeschi. Le autorità tedesche potrebbero aver identificato tutti i contatti locali e bloccato il loro focolaio ma un contatto accidentale difficile da ricostruire potrebbe essere sfuggito e l'italiano inconsapevole tornato dalla Germania non avrebbe sospettato nulla. Ci sono mille altre ipotesi possibili ovviamente, era giusto per fare un esempio.

Rispetto a quello Coreano invece non so se hai notato che ci sono due gruppi distinti relativi alla Corea, uno vicino al nostro e uno diametralmente opposto nella visualizzazione radiale.

[TreborSnow]

@TreborSnow
se permetti, hai tutta la libertà di scrivere e porre ogni domanda che vuoi, nessuno è "padrone" di un 3d su di un forum (ci mancherebbe altro...per quello esistono i mod), ma posso dirti che qui dentro da 10gg abbiamo già fatto ogni tipo di considerazione e sviscerato tantissimi aspetti con svariati approcci, dal più statistico al più medico...quindi non pensare, come vedo scritto in qualche tuo intervento, che non ci siamo già posti e non ci poniamo tutti i giorni gli stessi dubbi che ti poni tu...

(il mio è assolutamente un consiglio senza presunzione, solo con l'intento di non far più aggrovigliare la discussione su considerazioni già fatte da tempo..per le quali servirebbe leggere i post precedenti, anche se capisco che non è semplice e veloce da fare...)

Come ho scritto seguo il post dal paziente 1, mi sono preso il ban ma ho continuato a leggere, non sono l'ultimo arrivato.
Banalmente esiste tasto ignora, vedrai che non si aggroviglia più.

[burian br]

Ottima analisi. Quindi in teoria l'origine di tutto potrebbe essere un italiano incontrato in aeroporto dalla cinese che aveva generato i primi contagi tedeschi. Le autorità tedesche potrebbero aver identificato tutti i contatti locali e bloccato il loro focolaio ma un contatto accidentale difficile da ricostruire potrebbe essere sfuggito e l'italiano inconsapevole tornato dalla Germania non avrebbe sospettato nulla. Ci sono mille altre ipotesi possibili ovviamente, era giusto per fare un esempio.

Rispetto a quello Coreano invece non so se hai notato che ci sono due gruppi distinti relativi alla Corea, uno vicino al nostro e uno diametralmente opposto nella visualizzazione radiale.

La mia è un'ipotesi, ovviamente.
Da un lato spiegherebbe la vicinanza genetica tra il virus tedesco e quello italico, e dall'altra avremmo una data compatibile con l'inizio dell'epidemia.
Ci sarebbe un modo per dimostrarlo, ovvero cercare di rintracciare gli italiani rientrati da Monaco nel periodo attorno al 20-25 Gennaio, e sottoporli ai test per gli anticorpi.
La mia ipotesi è bella anche perchè scagionerebbe dall'idea che un italiano abbia ignorato i sintomi del Coronavirus violando la quarantena: semplicemente pensava di avere l'influenza, non poteva immaginare che su quel volo o in quell'aeroporto o in quel hotel o ristorante una donna tossendo o starnutendo aveva "appestato" l'aria che in quel momento lui respirava. Per esempio.


No, non avevo notato che c'erano due ceppi coreani, però avevo notato che solo i virus europei sono successivi al 20 Febbraio, in pratica. E infatti quelli coreani sono l'uno del 6 Febbraio e l'altro del 28 Gennaio.

[Alexander]

Positivi due as*****ri regionali dell'Emilia Romagna

[Simotgl]

Come ho scritto seguo il post dal paziente 1, mi sono preso il ban ma ho continuato a leggere, non sono l'ultimo arrivato.
Banalmente esiste tasto ignora, vedrai che non si aggroviglia più.

Non sapevo che già seguivi da tempo, sembrava proprio di no...ti chiedo scusa.

Il mio intento comunque non era quello di ignorarti, ed escluderti dalla discussione, ma non l'hai capito...e rispondere con un tono polemico a quello che ho scritto con tale pacatezza è lo specchio di tutto.

[marco85]

Allora il problema è sempre la reazione della gente, portata a drammatizzare irrazionalmente, probabilmente ingigantita dall'uso sconsiderato dei mezzi di comunicazione.
Questo è un elemento che sicuramente non gioca a favore. In effetti, quando un paio di settimane fa il nostro governatore Fontana si è messo platealmente la mascherina, essendo negativo al test, è stato molto criticato per aver suscitato allarme... lasciamo perdere che nessuno ha fatto caso al fatto che, essendo negativo, ha colto l'occasione per mettersi COMUNQUE in quarantena e salvare le penne... se non è allarmismo questo... ma nessuno invece lo ha colto. Siamo quindi in presenza di reazioni estremamente irrazionali e imprevedibili.

Sull'irreperibilità dei DPI ci avevo anche pensato, e mi aspettavo l'obiezione. Però andava pensato prima (al solito, adesso è facile dirlo...), nel senso che prima è partito l'assalto ai supermercati e il panico, poi si sono iniziati i provvedimenti. Mettiamo in conto ciò, per la prossima volta: scorte di materiali di primo intervento...

Personalmente comunque, quando sono andata al supermercato, ho messo i guanti, e mi ha procurato apprensione vedere le cassiere senza nessuna protezione, non certo il contrario.
Che la gente si allarmi perché vede usare correttametne dei DPI e non viceversa, è veramente paradossale e indice di come non si potrà mai fare prevenzione in alcun campo (lo stesso è per tutte le altre calamità naturali, se inizi a prendere provvedimenti scatta il panico, quindi zitti zitti sottovoce...)

le mascherine ce n'erano in abbondanza, ma il goveno italiano ne aveva spedite in quantità ingenti in Cina allo scoppio dell'epidemia. L'errore è stato nel non requisirle, come hanno fatto altrove in europa.
Per il resto è nell'indole umana non essere razionali, in larga parte, di fronte alle calamità. Però come giustamente dici occorre anche non esagerare nel senso opposto: presentarsi, per esempio, in un negozio di abbigliamento con guanti e mascherina in una zona senza contagi mi pare paradossale al momento.
Giusta la prevenzione, ma anche una certa razionalità nei comportamenti non guasterebbe.
Ti dico questo perchè, pochi giorni fa in un supermercato qui a Terni un ragazzo in coda alla cassa ha avuto un attacco di tosse (il tipico picco in gola che ti fa tossire pure l'anima) e si è sfiorata la rissa. Sono dovuti intervenire i carabinieri verso alcuni soggetti che volevano buttare fuori dal locale "l'infetto".

[burian br]

Con questa mappa si vede meglio la discendenza del ceppo italico da cui originano tutti gli altri:

Screenshot_2020-03-04 Nextstrain ncov(3).jpg

Il pallino sotto Germany è Italy e Switzerland, che sono uguali. Da essi discendono tutti gli altri.

[TreborSnow]

Non sapevo che già seguivi da tempo, sembrava proprio di no...ti chiedo scusa.

Il mio intento comunque non era quello di ignorarti, ed escluderti dalla discussione, ma non l'hai capito...e rispondere con un tono polemico a quello che ho scritto con tale pacatezza è lo specchio di tutto.

Guarda che non c'è tono polemico, ho fatto una semplice constatazione. Sono 250 pagine in 10 giorni. Sono state dette e ridette n volte tante cose, ed io nei miei ultimi interventi ho spesso ricordato quante volte una cosa è stata ripetuta.
Tutti si aspettavano qualche grosso focolaio in Europa, io non lo vedo ancora (fortunatamente). Oggi però qualcuno sta dicendo che in Europa stanno adottando le giuste misure e che è più facile contenere. Qualcosa detta e stradetta forse non era giusta.

[marco85]

la Germania sale a 240 contagiati, +44 rispetto al bollettino di ieri sera. Coinvolti 15 lander su 16.