Nuovo Virus Cinese

[marco85]

Beh, intanto fra l'esagerazione drastica e la sottovalutazione struzzesca si potrebbe percorrere la via di mezzo.
Da giorni mi sto domandando: visto che probabilmente i portatori sani o asintomatici sono più di quanti pensiamo, e soprattutto sono, in incognito, fra noi, perché non si è dato obbligo a chi lavora a contatto col pubblico di indossare gli appositi DPI? Perché - ad esempio, ma non sola... è l'unico caso con cui vengo obbligatoriamente a contatto in questi giorni - la cassiera del supermercato può liberamente spargere eventuali virus senza protezioni? Non è colpa sua, non può saperlo, però la prevenzione dei contatti dovrebbe partire da questo, prima ancora che dalle chiusure drastiche.

direi primariamente perchè non ci sono mascherine e guanti, in commercio sono irreperibili.
Inoltre ciò che dici potrebbe pure essere adottato nei luoghi dove si svolge un servizio pubblico (studi medici, farmacie, sportelli ecc ecc) ma è chiaro che in luoghi tipo supermercati, bar, ristoranti, negozi ecc ecc esibire maschere e guanti vorrebbe dire far entrare zero clienti. E le attività commerciali senza clienti hanno solo la strada della chiusura, o peggio, del fallimento.
Direi che è normale che nelle zone che non sono in emergenza si provi a continuare con una sorta di normalità, sperando che la situazioni non peggiori ulteriormente anche laddove ora la situazione è relativamente tranquilla.

[TreborSnow]

Ma infatti è quello che stiamo dicendo da giorni. Molti casi di polmoniti da coronavirus possono benissimo essere passati per influenzali in tutta europa, perché il virus circola appunto da gennaio.


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L'unica considerazione che si può fare è che legittimamente c'è da aspettarsi qualche altro più o meno grande focolaio in Europa. Altrimenti o è sfortuna o è negligenza. Io le due cose insieme proprio non riesco a metterle.
Tra l'altro ieri è stato intervistato uno dei medici di Codogno che ha diagnosticato il paziente 1, ed ha affermato che è stato violato il protocollo per fare il test! la cerco.

[TreborSnow]

Coronavirus, il primario di Codogno':' "Ore decisive, se il contagio si allarga sara dura" - la Repubblica


Quanto tempo è passato prima che scattassero le misure anti-contagio?
"La mia collega, forzando il protocollo, ha fatto fare il tampone. Prima ancora di avere conferme, personale e reparti sono stati messi in sicurezza".

[alexeia]

e il problema è questo: parlando di "patologie pregresse" (non nello specifico di Cilesi) non ci si deve immaginare gente con un piede e mezzo nella fossa, che già prima di positivizzarsi non si alzava dal letto. un banale diabete mellito figura già come patologia pregressa. idem una ipertensione di grado moderato. non è necessario essere debilitati da un cancro all'ultimo stadio per poter parlare di patologie pregresse... il che non fa assolutamente stare tranquilli, visto che tale "dicitura" si applica ad una quantità estremamente elevata di persone che, senza coronavirus, non sono certo conciate come uno straccio.

Cioè, praticamente, a giudicare da quello che vedo attorno a me, al di sopra dei 50 anni quasi tutti...

[TreborSnow]

E sorry, se è sfortuna non riesco ad evitare che si affacci nella testa il noto proverbio...
Per il momento lasciatemela passare come semplice battuta, io comunque invito a non tralasciare niente in questa storia.

[burian br]

Ringrazio @snowaholic per avermi fornito l'abero filogenetico. Passiamo ad analizzarlo.
La porterò per le lunghe, ma le conclusioni che si possono trarre sono interessanti, e inviterei a ricercare qualche fonte giornalistica per verificare quanto sto per sostenere deducendolo dai vari rami.

Il caso isolato in Italia (Lombardia, da Mattia alias pz 1 di Codogno) appartiene a uno dei rami europei.
Fondamentalmente in tutta Europa, ma anche in Brasile e Messico (se non ricordo male casi importati dall'Italia, tenendo conto anche della data dell'isolamento [25/02], e quindi ciò spiegherebbe l'appartenenza di questi virus al ceppo europeo), i virus isolati appartengono allo stesso clade o ramo filogenetico.
Andando a trovare fonti giornalistiche, sono sicuro che saranno tutti casi collegati all'Italia in qualche modo, anche perchè successivi. Mi colpisce che i virus tedeschi e svizzeri, ma anche quello finlandese e messicano, siano tutti mutati rispetto a quello italiano, con cui condividono il resto del genoma. La mutazione riguarda anche alcuni amminoacidi (che poi è la cosa che ci interessa davvero), e il virus più differente è quello isolato in Finlandia il 25 Febbraio. Si trattava di una donna che aveva viaggiato in Italia. Mi viene da pensare sia dunque un ulteriore step evolutivo del virus italiano, che ricordiamo ha infettato il paziente 1 di Codogno verso il 15 Febbraio, quindi 10 giorni prima.

Screenshot_2020-03-04 Nextstrain ncov.jpg

La cosa più interessante è questa
Il virus italiano (e quindi europeo) ha un antenato: è il virus isolato in Germania il 28 Gennaio, e direttamente importato dalla Cina. Questo virus è all'origine del clade europeo. Il nonno se vogliamo. E' questo virus che poi, mutando, ha infettato l'Italia e l'Europa. E' così perchè condivide alcune mutazioni di base con il clade europeo, che intanto ne ha accumulate altre in un mese. La mutazione chiave risale a poco prima del 10 Gennaio.

Screenshot_2020-03-04 Nextstrain ncov(1).jpg

Il virus dunque non sarebbe arrivato in Italia, ma in Germania. E in qualche modo sarebbe poi giunto qui.
O, in alternativa, i turisti cinesi hanno portato questo tipo di virus nei loro viaggi in Europa. Sinceramente una strana coincidenza...infatti il ceppo isolato dal superdiffusore inglese (quello dello chalet alpino) non ha nulla da spartire con quello europeo!
Personalmente propendo per una terza ipotesi: la mutazione "europea" viene fatta risalire al periodo 9-24 Gennaio. Ma il virus dl 28/01 isolato in Baviera è precedente quella mutazione. Esso risale al famoso caso del paziente tedesco della Webasto, infettato da una collega cinese:

Human-to-human transmission of Wuhan virus outside of China, confirmed in Germany, Japan and Vietnam - The Online Citizen

La donna aveva contratto il virus attorno al 10-15 Gennaio. La mutazione all'origine del clade europeo risale proprio a quel periodo . La mia ipotesi è questa: la donna ha infettato qualche passeggero europeo, probabilmente italiano, che ha portato poi con sè il virus in Italia. Oppure la donna o l'uomo hanno trasmesso il virus a qualche italiano a Monaco di Baviera.
Il virus della donna si è trasmesso al bavarese della Webasto, ed essendo passato solo da lei a lui, non ha subito mutazioni quando è stato isolato il 28/01.

Lo stesso virus invece, circolando tra le persone in Italia, ha avuto modo di replicarsi e accumulare mutazioni e mutazioni.
Il ceppo italico è il genitore di quelli europei, che discendono da esso. Manca però il ceppo francese dell'Oise, che non pare avesse contatti con l'Italia.

E' l'ipotesi per me più attendibile, perchè sarebbe davvero una coincidenza bizzarra che il virus italiano provenisse proprio dallo stesso ceppo cinese del virus tedesco. Ma è possibile. E sarebbe perfettamente in linea con i miei calcoli che vedono l'origine dell'infezione in Italia proprio attorno al 20-25 Gennaio.
E' parzialmente confermata da questa immagine:

Screenshot_2020-03-04 Nextstrain ncov(2).jpg

Si vede bene come "dalla Cina" sarebbe arrivato un ceppo simile prima a Monaco, e poi a Zurigo. Questo lo ritengo errato, personalmente, perchè in realtà è stato isolato da italiani, rintracciando le fonti giornalistiche. E' evidente anche dai collegamenti con la Finlandia e il Brasile che sono stati gli italiani a portarlo, quindi non so perchè metta al centro Zurigo...
Ora, dico io: possibile che lo stesso ceppo sia arrivato in Europa due volte quando in USA ci sono ceppi sempre diversi e quando in Francia era già arrivato un altro?
Io credo invece che il virus di Monaco (cronologicamente e geneticamente precedente!) sia all'origine del virus europeo.


Venendo all'aspetto fenotipico, cioè sulla "pericolosità", personalmente non credo cambi molto. Il ceppo coreano discende da un ramo che è il più vicino a quello europeo.
Quest'ultimo presenta mutazioni puntiformi in 4 nucleotidi, in posizione 241, 3037, 23403, 14408.
I nucleotidi 241 e 3037 appartengono al gene ORF1a, che serve per la replicazione del virus e la formazione delle proteine:

PP1a - Orf1a polyprotein - Human SARS coronavirus (SARS-CoV) - PP1a gene & protein

Il nucleotide 14408 appartiene alla sequenza ORF1b, che pare nel Cov della SARS fungesse da serratura per consentire il legame al DNA degli enzimi necessari per la replicazione del genoma virale:
Coronaviruses usually express pp1a (the ORF1a polyprotein) and the pp1ab polyprotein which joins ORF1a and ORF1b. The polyproteins are then processed by enzymes that are encoded by ORF1a.

L'ultimo nucleotide appartiene alla sequenza "S", che forse codifica per la proteina Spike? Quella che lega ACE2?


Il virus coreano è ancora quello isolato il 6 Febbraio e non c'entra con la setta cristiana, dunque attendo la pubblicazione di un nuovo genoma virale coreano.

[burian br]

Ah, dimenticavo: c'è un virus svizzero che non è affiliato con il clade europeo. Come lo si spiega?

[-=VeNoSa=-]

Leggevo poco fa una notizia nella quale si andava verso la conferma di due tipi differenti di ceppo dello stesso Virus, il primo di tipo-L, decisamente più aggressivo con maggiore facilità di diffusione e tassi di mortalità più alti rispetto all'altro, il tipo-S

[-=VeNoSa=-]

Nel frattempo la task force della Basilicata, dopo il primo caso riscontrato si è messa velocemente all'opera ricostruendo i percorsi fatti dal soggetto.
Rintracciati e messi tutti in isolamento i passeggeri dell'autobus in cui ha viaggiato da Brescia a Lagonegro.

[snowaholic]

Abbi pazienza ma c'è una contraddizione evidente.

Guarda che sta emergendo che in tutta Europa casi di polmoniti gravi in anziani sono stati trascurati.
La cosa più assurda è che dobbiamo considerarci fortunati se alla fine almeno un giovane è andato in polmonite...

Appunto, ho scritto che tutti avevano questo problema e se ne sono resi conto solo quando è stato individuato il focolaio italiano, spingendoli a correre ai ripari.

Ma in questi casi basta veramente poco per fare la differenza tra una situazione già esplosiva e una ancora gestibile. Basta che il contagio da noi sia partito una settimana prima, oppure che sia partito da un superdiffusore che ha sparso il contagio tra 10-20 persone in un colpo solo, realizzando in un solo passaggio il numero di contagi che normalmente si raggiunge in 3-4 passaggi. Gli altri Stati europei hanno avuto la fortuna di poter imparare da quello che è successo da noi ed evitare che si creassero situazioni analoghe.

Statisticamente le prime due settimane in cui si sviluppa un focolaio hanno una forte variabilità, può crescere con estrema rapidità o rimanere contenuto in maniera completamente casuale, come una scintilla in un prato secco: qualche volta si spegne, qualche volta avvia un piccolo fuoco che cresce lentamente, qualche volta cade in un punto particolarmente ricco di erba secca e divampa con violenza.

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