Nuovo Virus Cinese

[kima]

la fanno franca prima, e dopo, perché comunque se un residente in svizzera prende una multa ad esempio coi tutor, non la pagano mica, e non gli succede niente.
se un residente in italia lo fa in svizzera, non può entrare per due anni se non la paga.
toccato con mano in entrambi i casi

Attenzione però che le cose stanno cambiando... Un mio collega l anno scorso dovette pagare una multa notificata dall autorità svizzera per un eccesso di velocità fatto in Italia. E succede spesso che residenti svizzeri quindi auto con targa svizzera vengono puniti per infrazioni stradali commesse in Germania. Insomma, adesso lo scambio di informazioni fra le nazioni avviene molto più che in passato.

[Alessandro1985]

Torno un attimo su questo discorso... La mutazione incriminata, come si dice nell'articolo, è stata riscontrata in 12 paesi europei e da ottobre tale mutazione presente nel recettore è la seconda più diffusa al mondo.
Nell'articolo, infatti, si fa riferimento a Belgio, Inghilterra, Germania, Irlanda, Galles, Irlanda del Nord, Norvegia, Nuova Zelanda, Usa, Romania, Scozia e Svizzera:

Allegato 543044

Nell'immagine "B", in cui si vede il periodo di campionamento, è evidente come questa mutazione abbia interessato in modo particolare il Regno Unito... Con in testa l'Inghilterra, la Scozia e il Galles.
Io ho provato a ricercare la mutazione incrociando i dati sul sito GISAID ma i risultati che ho ottenuto sono un pò diversi , la mutazione con l'acquisizione della Lisina (K a seguito di 439) è presente nei paesi contrassegnati dal tracciato giallo e dallo spicchio di torta gialla:

Allegato 543045
In pratica, mi sono saltate fuori alcuni paesi in più come la Repubblica Ceca, la Svizzera e la Danimarca.
Comunque, i grafici a barre evidenziano appunto come il legame tra l'ACE2 e il recettore di dominio del virus sembrano molto migliorate con questa mutazione , tant'è che il grafico in questione rappresentante l'affinità di legame (banda verde) è più alto mentre il legame tra le due terminazioni potrebbe essersi meglio consolidato tramite un ponte:

Allegato 543046

Qua di seguito, invece, si vede come la percentuale di neutralizzazione da parte degli anticorpi sia molto ridotta soprattutto se sono stati presi in esame le mutazioni N439K (banda blu) sia in percentuale (curv in alto) sia sul grafico a barre, dove in orizzontale ci sono tutti gli anticorpi monoclonali utilizzati... Si vede come, rispetto alla mutazione "D614G" gran parte di questi valori siano inferiori a "10 elevato alla 0", cioè pari a 1) a parte qualche caso sulla destra:

Allegato 543041
Aggiungo un paio di considerazioni:

- questa mutazione "N439K", come si legge anche nell'articolo, è associata ad una carica virale leggermente inferiore rispetto a quella presente a seguito della mutazione "D614G" ed è stata riscontrata per la prima volta nei paesi del nord Europa;
- la lettera "K" a seguito del numero indica che è stato acquisito un atomo di "Lisina" e guardando un pò in rete ho notato che, in genere, la degradazione cellulare che porta all'acquisizione di questa sostanza è associata alla mutazione dei virus da forma "pandemica" a forma "influenzale stagonale"... Mi pare che la cosa fosse già stata notata nel 2009 da un gruppo di scienziati in presenza del virus della suina (H1N1?) e che subì questa mutazione:


Allegato 543043

Da virus dell'influenza pandemica a stagionale: identificate le 4 mutazioni responsabili Universita Vita-Salute San Raffaele

- la mutazione in questione è particolarmente importante perchè interessa proprio la regione del dominio "RDB" che è quella più "sensibile" al legame tra la ACE2 e il virus, mentre la mutazione "D614G" interessò una zona fuori dal recettore di legame ... Spero di sbagliarmi e spero che lo studio sbagli, ma temo che questa mutazione potrebbe rendere piuttosto problematica l'efficacia di una eventuale terapia a base di vaccino o di anticorpi in quanto probabilmente sono stati studiati utilizzando un virus con recettore di legame "vecchio".
Non so @burian br cosa ne pensi, le mie sono considerazioni fatte anche un pò a ruota libera

eccezionale resoconto
mi chiedo se il bicchiere mezzo pieno di queste mutazioni non sia quella tendenza all'adattamento verso forme più tipicamente influenzali che sotto certi aspetti ci si auspicava fin da principio
così finirebbe che dopo qualche milione di morti quella del raffreddore avrebbe pure avuto ragione

[Mario85]

Senza paura di essere smentito, Lucera credo sia la città più infettata di Puglia, in rapporto alla popolazione. 7 giorni fa eravamo fermi a 200, ma mi stanno arrivando informazioni di parenti e amici con intere famiglie contagiate. Credo che siamo almeno a 400

[burian br]

Su questo hai assolutamente ragione, anche secondo me è evidente che quel numero sia sovrastimato. Il difficile è capire quanto sia sovrastimato, la mortalità sembrava più coerente con un 40-50% di prevalenza rispetto al 66% di quello studio.

Se fosse del 50% potremmo ipotizzare un 45% di popolazione immune visto che una discreta quota dei casi più lievi non sviluppano anticorpi (e difficilmente una reinfezione tra questi verrebbe individuata).
Se ipotizziamo un R0 di 2,5 con 45% di immuni si scende ad un Rt di 1,38, più che sufficiente a generare focolai anche di dimensioni considerevoli nelle zone o nei gruppi sociali con minore prevalenza, anche in presenza di blande misure di contenimento.

L'andamento degli ultimi mesi mi sembra abbastanza coerente con uno scenario di questo tipo, più che con uno di bassa prevalenza in cui sarebbe probabile una crescita esponenziale, per quanto molto più lenta rispetto a primavera.

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Sì, condivido questa tua ricostruzione, è quella verso cui sto tendendo stasera dopo aver riletto lo studio e aver esaminato i dati dell'ultimo censimento di Manaus del 2010.

In effetti lo studio pare inattaccabile e assolutamente convincente, e mi aveva dato quest'impressione anche all'inizio. Penso che l'unico punto è che si tratta di stime. Il tasso crudo di prevalenza nei campioni dei donatori di sangue (ricordo che possono donare il sangue solo gli adulti tra i 16 e i 64 anni, che sono il 66% della popolazione di Manaus) non è mai andato oltre il 50%. Credo che la chiave sia nel tasso di sieroconversione, perchè anche correggendo con gli altri estimatori (uno di questi è il Rogan-Gladen: Estimating true prevalence) non si arriva mai a percentuali di sieropositività di molto sopra il 50%.

Trovo anche stupefacente come il tasso di positività nei donatori di sangue sia calato del 20% in soli due mesi (dalla prima metà di Giugno alla prima metà di Agosto), il che vorrebbe dire che un 30-40% (stima spannometrica) dei positivi aveva già perso gli anticorpi in meno di 3 mesi (visto che solo tra Aprile e Maggio si è infettato almeno il 20% della popolazione). E' possibile, dopotutto la maggioranza degli abitanti ha meno di 30 anni con alti tassi di asintomatici e quindi una risposta immunitaria meno intensa, però non so, bisognerebbe confrontare il dato con altri studi di sieroconversione filtrati per fasce d'età.


Ad acuire i miei dubbi sulla percentuale dichiarata anche appunto il fatto che un 20% della popolazione aveva già perso gli anticorpi fino a Ferragosto (prevalenza cruda; considerando il tasso di sieroconversione da loro stimato saliamo al 36%!!!), quindi fino ad oggi quanti? Il 60%? Ciò li rende suscettibili? O resta l'immunità cellulare T a vicariare?
Ecco, anche questo mi porta a ritenere che abbia sovrastimato il tasso di sieroconversione, cioè quanti perdono gli anticorpi (non tanto gli altri estimatori, come il Rogan-Gladen che ho citato prima).


Infine: l'eccesso di mortalità a Manaus è stato 3457 persone (lo dice lo studio che stiamo criticando, dove uso "critica" non in senso cattivo ma per indicare la riflessione al di sopra), e secondo questo studio (che si ferma però a fine Aprile nella conta dei deceduti) il 69% dei morti aveva più di 60 anni:

Explosion in mortality in the Amazonian epicenter of the COVID-19 epidemic 19

Se supponiamo che il 69% delle 3457 persone decedute avesse più di 60 anni, vorrebbe dire che 1072 morti avevano meno di 60 anni, e con un tasso di mortalità dello 0,1% si arriverebbe al 50% di popolazione positiva sotto i 60 anni.
Solo che un tasso di mortalità del genere mi sembra eccessivamente (ed è pure riduttivo!) basso!
Boh, ho diverse perplessità...però è vero che solo l'11% degli under 60 ha tra 50 e 59 anni (fascia d'età in cui il tasso di mortalità sarà 0,5% e forse 1% in assenza di sanità efficiente e reattiva) quindi questo potrebbe ampiamente compensare, ma si sposerebbe più con una stima sul 50% che non sul 66%...



Credo di averti snocciolato un po' tutte le mie riflessioni. In effetti anche il 30% è troppo basso.
I dati di Manaus li ho tratti dal censimento 2010 (convertendoli poi per la stima della popolazione nel 2020):

Manaus (Manaus, Amazonas, Brazil) - Population Statistics, Charts, Map, Location, Weather and Web Information

[AbeteBianco]

In Svizzera si confermano i livelli con nuovi contagi giornalieri sui 6k/7k e stavolta il tasso di positività è sceso al 20%. Anche l’incidenza su 14 giorni (il parametro internazionale) scende lievemente. Mi sembra chiaro che il calo della mobilità registrato oltre una settimana fa inizia a fare effetto.
Esistono sempre le curiose differenze in base alle aree linguistiche, nella Svizzera francese certi cantoni sono scesi sotto i 2000 per 100’000 abitanti, la Svizzera tedesca che è il 65% del territorio è praticamente tutta nettamente sotto la media nazionale con valori compresi tra 500 e 1000 pure in lieve calo. Ticino che ora è sopra la media nazionale con 1200, ma la curva non sale in fretta.


Rt stimato a 0.86 se non erro. C’è ancora molto lavoro da fare, ma qualcosa gira.

[burian br]

Torno un attimo su questo discorso... La mutazione incriminata, come si dice nell'articolo, è stata riscontrata in 12 paesi europei e da ottobre tale mutazione presente nel recettore è la seconda più diffusa al mondo.
Nell'articolo, infatti, si fa riferimento a Belgio, Inghilterra, Germania, Irlanda, Galles, Irlanda del Nord, Norvegia, Nuova Zelanda, Usa, Romania, Scozia e Svizzera:

Allegato 543044

Nell'immagine "B", in cui si vede il periodo di campionamento, è evidente come questa mutazione abbia interessato in modo particolare il Regno Unito... Con in testa l'Inghilterra, la Scozia e il Galles.
Io ho provato a ricercare la mutazione incrociando i dati sul sito GISAID ma i risultati che ho ottenuto sono un pò diversi , la mutazione con l'acquisizione della Lisina (K a seguito di 439) è presente nei paesi contrassegnati dal tracciato giallo e dallo spicchio di torta gialla:

Allegato 543045
In pratica, mi sono saltate fuori alcuni paesi in più come la Repubblica Ceca, la Svizzera e la Danimarca.
Comunque, i grafici a barre evidenziano appunto come il legame tra l'ACE2 e il recettore di dominio del virus sembrano molto migliorate con questa mutazione , tant'è che il grafico in questione rappresentante l'affinità di legame (banda verde) è più alto mentre il legame tra le due terminazioni potrebbe essersi meglio consolidato tramite un ponte:

Allegato 543046

Qua di seguito, invece, si vede come la percentuale di neutralizzazione da parte degli anticorpi sia molto ridotta soprattutto se sono stati presi in esame le mutazioni N439K (banda blu) sia in percentuale (curv in alto) sia sul grafico a barre, dove in orizzontale ci sono tutti gli anticorpi monoclonali utilizzati... Si vede come, rispetto alla mutazione "D614G" gran parte di questi valori siano inferiori a "10 elevato alla 0", cioè pari a 1) a parte qualche caso sulla destra:

Allegato 543041
Aggiungo un paio di considerazioni:

- questa mutazione "N439K", come si legge anche nell'articolo, è associata ad una carica virale leggermente inferiore rispetto a quella presente a seguito della mutazione "D614G" ed è stata riscontrata per la prima volta nei paesi del nord Europa;
- la lettera "K" a seguito del numero indica che è stato acquisito un atomo di "Lisina" e guardando un pò in rete ho notato che, in genere, la degradazione cellulare che porta all'acquisizione di questa sostanza è associata alla mutazione dei virus da forma "pandemica" a forma "influenzale stagonale"... Mi pare che la cosa fosse già stata notata nel 2009 da un gruppo di scienziati in presenza del virus della suina (H1N1?) e che subì questa mutazione:


Allegato 543043

Da virus dell'influenza pandemica a stagionale: identificate le 4 mutazioni responsabili Universita Vita-Salute San Raffaele

- la mutazione in questione è particolarmente importante perchè interessa proprio la regione del dominio "RDB" che è quella più "sensibile" al legame tra la ACE2 e il virus, mentre la mutazione "D614G" interessò una zona fuori dal recettore di legame ... Spero di sbagliarmi e spero che lo studio sbagli, ma temo che questa mutazione potrebbe rendere piuttosto problematica l'efficacia di una eventuale terapia a base di vaccino o di anticorpi in quanto probabilmente sono stati studiati utilizzando un virus con recettore di legame "vecchio".
Non so @burian br cosa ne pensi, le mie sono considerazioni fatte anche un pò a ruota libera

Intanto ti faccio i miei più sentiti complimenti, e se fossi davanti a te mi alzerei in piedi!!!
Hai una padronanza degli argomenti assolutamente eccezionale per essere qualcuno fuori dal campo medico-biologico!!! E' davvero straordinario Gio, dico sul serio. Discetti di temi con una "facilità" che non troveresti nemmeno in molti del settore, se non nei ricercatori!! Non lo dico per lodarti, ma sono serio! Io stesso pur capendole trovo la biologia molecolare e la genetica ostiche e molto rompiballe e strizzacervello
Cioè, hai persino parlato di neutralizzazione anticorpale e parlato di conformazione di legame tra recettore del virus e quello umano!! Davvero sei UN GRANDE!!
Unico appunto che devo farti: la lisina non è un atomo, ma una molecola



Non sapevo della lisina...o meglio, mi hai fatto tornare in mente che la lisina è l'amminoacido bersaglio del processo noto come ubiquitinazione.
L'ubiquitinazione è il processo grazie al quale le cellule eliminano proteine che espongono le lisine, e ciò accade di solito perchè le proteine sono mal ripiegate o vecchie (non si sanno le ragioni per la quale l'amminoacido che scatena il tutto sia proprio la lisina).
Per cui se le proteine virali, in effetti, espongono lisine, queste vengono attaccate tramite questo processo e neutralizzate in parte prima che escano dalla cellula. Per cui ciò abbassa la carica virale.
E' una spiegazione interessante!

Comunque (lo dico per tutti) non bisogna pensare che il virus stia adattandosi all'uomo, perchè un virus non pensa nè ha uno scopo, è semplice casualità, e anche per questo non è detto che questa mutazione acquisita si riveli vantaggiosa per l'uomo, ma magari è solo uno dei tanti numeri usciti nella lottera del caso e non ha un effetto particolarmente tangibile poi nel decorso della malattia.

[burian br]

eccezionale resoconto
mi chiedo se il bicchiere mezzo pieno di queste mutazioni non sia quella tendenza all'adattamento verso forme più tipicamente influenzali che sotto certi aspetti ci si auspicava fin da principio
così finirebbe che dopo qualche milione di morti quella del raffreddore avrebbe pure avuto ragione

Potrebbe essere così, ma appunto potrebbe. E' troppo facile e scontato credere che vada sempre così, e ci sono tanti virus a testimoniarlo. Tra l'altro in tempi così celeri (ma in un mondo dove tutto evolve in fretta, va lo stesso anche il virus: dopotutto laddove per infettarne centinaia di milioni 1000 anni fa impiegava decenni o secoli, oggi impiega un anno).

[Alessandro1985]

Potrebbe essere così, ma appunto potrebbe. E' troppo facile e scontato credere che vada sempre così, e ci sono tanti virus a testimoniarlo. Tra l'altro in tempi così celeri (ma in un mondo dove tutto evolve in fretta, va lo stesso anche il virus: dopotutto laddove per infettarne centinaia di milioni 1000 anni fa impiegava decenni o secoli, oggi impiega un anno).

appunto
miliardi di miliardi di replicazioni in più
mica roba da niente

[verza81]

Vero verza, qui l autovelox non perdona. Se fai un infrazione la paghi sicuramente, e se l infrazione è grave la paghi molto cara. Forse è questa la vera differenza con l Italia, dove il cittadino (e il visitatore) hanno sempre l impressione (che spesso è certezza) di farla franca...

Pensa che io ho preso la mia unica multa in 21 anni di patente proprio in autostrada a lucerna, gallerie, dove il limite passa all'improvviso da 110 ad 80, andavo ad 86..

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[burian br]

appunto
miliardi di miliardi di replicazioni in più
mica roba da niente

Sì, alla fine ciò che guida la velocità con cui muta un virus non è il tempo, ma il numero di volte in cui si replica che è funzione del numero di persone infettate.